Comment des chercheurs sud-africains ont identifié la variante Omicron de COVID

On sait peu de choses sur la variante Omicron, qui a été détectée pour la première fois en Afrique australe, mais la nature de ses mutations et son émergence apparemment rapide ont préoccupé les gouvernements du monde entier. Les scientifiques travaillent actuellement pour déchiffrer à quel point la nouvelle variante est contagieuse et mortelle et dans quelle mesure elle est capable d’échapper à l’une des protections offertes par les COVID-19 vaccins. Entre-temps, les États-Unis, la Grande-Bretagne et une grande partie de l’Europe ont imposé des interdictions de voyager à l’Afrique australe ; Le Japon, Israël et le Maroc ont interdit tous les visiteurs étrangers.

J’ai récemment parlé au téléphone avec Tulio de Oliveira, directeur du Center for Epidemic Response and Innovation de l’Université de Stellenbosch, en Afrique du Sud. De Oliveira et son équipe sont les scientifiques qui ont d’abord alerté l’Organisation mondiale de la santé et d’autres autorités de la nouvelle variante. Au cours de notre conversation, qui a été modifiée pour plus de longueur et de clarté, nous avons discuté de la façon dont il a appris pour la première fois l’existence d’Omicron, de l’impact des interdictions de voyager sur la future coopération internationale et des raisons pour lesquelles les taux de vaccination de l’Afrique du Sud sont à la traîne par rapport à ceux des pays plus riches.

Quand avez-vous eu pour la première fois une idée de l’existence de cette nouvelle variante ?

Je suis le chercheur principal et le chef du Réseau de surveillance génomique en Afrique du Sud, qui comprend sept installations génomiques réparties dans tout le pays. Il y a eu une légère augmentation des cas dans la province du Gauteng. Ce n’était qu’une légère augmentation : nous avions chaque jour environ deux cents cas dans tout le pays. Mais ils ont commencé à se développer, et nous avons donc rencontré notre réseau et leur avons dit que nous devions comprendre pourquoi ils se développaient dans la province qui avait connu la plus grande vague précédente d’infections de Delta. Cette variante était extrême à Gauteng, avec quelque part entre soixante et quatre-vingts pour cent des personnes ayant été infectées par COVID, selon les tests sérologiques.

Ainsi, le vendredi 19 novembre, nous avons décidé que nous devions augmenter la surveillance génomique dans le Gauteng. Et mardi dernier, nous avons appris d’un membre de notre réseau qu’un laboratoire privé, Lancet Laboratories, avait envoyé six génomes d’un virus très muté. Et, lorsque nous avons examiné les génomes, nous nous sommes beaucoup inquiétés car ils ont découvert une défaillance de l’une des sondes lors du test PCR. Nous sommes retournés à toutes les données nationales et avons remarqué que cet échec augmentait dans de nombreux tests PCR. Les tests PCR fonctionnaient toujours car ils avaient trois sondes, mais l’une d’entre elles était un échec. Et puis nous avons discuté des six génomes. Nous avons été surpris, mais nous devions nous assurer que ce n’était pas qu’une petite chaîne de transmission. C’était répandu. Nous avons donc eu cette réunion mardi dernier et j’ai demandé des échantillons à d’autres laboratoires.

Lorsque j’ai remarqué cette variante mutée mardi, j’ai téléphoné au directeur général de la santé, et il m’a dit qu’il organiserait une réunion avec moi et le ministre de la santé dans trente-six heures. Nous avons donc eu trente-six heures pour confirmer si c’était réel. En même temps, j’ai écrit à l’Organisation mondiale de la santé, car je fais partie du groupe de travail sur l’évolution du virus. Le lendemain matin, nous avons obtenu plus d’une centaine d’échantillons provenant d’une trentaine de cliniques du Gauteng, et nous avons commencé le génotypage, et nous avons analysé la mutation du virus. Nous avons lié toutes les données avec l’abandon de la PCR, l’augmentation des cas en Afrique du Sud et du taux de positivité, puis nous avons commencé à voir que cela pourrait être une variante émergente très soudainement. Jeudi matin, nous avons récupéré tous les génomes, et il s’agissait tous de la même variante – une centaine d’échantillons choisis au hasard, provenant de tout le Gauteng, dans lesquels le même test a échoué. À ce moment-là, j’étais suffisamment confiant pour présenter les résultats à notre ministre de la Santé et ministre de la Science et de l’Innovation, qui a pris les résultats très au sérieux et m’a demandé de parler au président, Cyril Ramaphosa, à 10 h 30. UN M, ce que j’ai fait.

Comment était cette conversation ?

Il a examiné les résultats et obtenu les commentaires des ministres, et à ce moment-là, les premiers rapports parvenaient dans les médias d’une nouvelle variante potentielle d’Afrique australe. Alors le Président a donné une réponse simple : il vaut mieux que nous le présentions dans un format transparent, car nous avons suffisamment de preuves. Et puis il a demandé au ministre de la santé d’organiser un point de presse à midi. Ainsi, le moment où nous avons découvert la variante, puis confirmé son existence dans des centaines d’échantillons à travers la province, jusqu’au moment où nous l’avons présenté aux principaux ministres et parlé au président et rendu public, était d’environ trente-six heures.

Qu’essayez-vous d’apprendre sur la nouvelle variante à ce stade ?

Mercredi dernier, nous avons passé tout ce temps à organiser et à analyser les données, mais nous avons également eu la première discussion avec l’OMS, et nous avons également discuté des données avec trois ou cinq des meilleurs biologistes évolutionnistes au monde, au Royaume-Uni et dans le États Unis. Alors que nous discutions des données mercredi, ils étaient tous préoccupés par le nombre et l’emplacement des mutations. Vendredi, nous avons publié des centaines de génomes et de données sur les autres tests, et nous avons eu une réunion du groupe de travail technique de l’OMS sur l’évolution du virus. Le groupe a décidé de le classer comme une « variante préoccupante », ce qui est très inhabituel, car nous pensions qu’il contenait des mutations et des données épidémiologiques très préoccupantes. Cela comprenait des données sur la réinfection, qui ont montré que cette variante peut potentiellement réinfecter les gens. Et donc, vendredi, l’OMS a envoyé son communiqué de presse, et a donné un nom grec à la variante, et a souligné qu’il s’agissait d’une “variante préoccupante” pour le monde.

Pouvez-vous parler de la COVID situation en Afrique du Sud avant cela?

Je le diviserais en deux périodes. La situation au cours du dernier mois était d’infections minimes, environ deux cents infections par jour avec un taux de positivité des tests inférieur à 1%, ce qui signifie que nous avons eu plus qu’assez de tests. Certains scientifiques pensaient que nous n’aurions pas de quatrième vague parce que nous avions un niveau d’immunité de la population si élevé. Donc, à ce moment du mois dernier, nous avons pensé que c’était tout. Nous n’aurons plus de problèmes avec COVID. Les gens étaient détendus, pensant que nous pourrions reprendre une vie normale. Même mon laboratoire séquençait d’autres agents pathogènes et virus parce que c’est ce que nous faisons.

Nous avons donc été très surpris de voir une variante émerger dans un endroit avec la plus forte immunité de population du pays. Je pense que c’est une des choses que le monde ne réalise pas. Certaines personnes ont essayé d’attribuer la variante à l’hésitation à la vaccination. Nous avons un problème avec cela, même s’il n’est peut-être pas aussi grave qu’aux États-Unis. Mais les gens pensaient vraiment que nous étions sortis du bois. Malheureusement, la nouvelle variante est apparue et il semble clair qu’elle peut réinfecter les gens, ce qui est potentiellement le dernier clou dans le cercueil de l’immunité collective, dont l’un de vos présidents a parlé.