Comment les États-Unis ont battu les variantes du coronavirus, pour le moment

Le 29 décembre, un garde national du Colorado est devenu le premier cas connu aux États-Unis d’une nouvelle variante contagieuse du coronavirus.

La nouvelle était troublante. La variante, appelée B.1.1.7, avait ébranlé la Grande-Bretagne, commençait à déferler en Europe et menaçait de faire de même aux États-Unis. Et bien que les scientifiques ne le sachent pas encore, d’autres mutants apparaissaient également dans tout le pays. Ils comprenaient des variantes qui avaient dévasté l’Afrique du Sud et le Brésil et qui semblaient pouvoir contourner le système immunitaire, ainsi que d’autres locales en Californie, en Oregon et à New York.

Ce mélange de variantes n’aurait pas pu arriver à un pire moment. La nation était au début d’une vague de cas après les vacances qui éclipserait toutes les vagues précédentes. Et la distribution de vaccins puissants fabriqués par Moderna et Pfizer-BioNTech a été bâclée par le chaos et une mauvaise communication. Les scientifiques ont averti que les variantes – et B.1.1.7 en particulier – pourraient conduire à une quatrième vague et que le système de santé déjà tendu pourrait se déformer.

Cela ne s’est pas produit. B.1.1.7 est devenu la version prédominante du virus aux États-Unis, représentant désormais près des trois quarts de tous les cas. Mais les experts craignaient que les surtensions ne se terminent par un simple échec dans la majeure partie du pays. Le total national des nouveaux cas quotidiens a commencé à baisser en avril et a maintenant chuté de plus de 85% par rapport aux horribles sommets de janvier.

« C’est assez humiliant », a déclaré Kristian Andersen, virologue chez Scripps Research à La Jolla, en Californie. « Nous pourrions en fait faire beaucoup mieux que ce à quoi je m’attendais. »

Le Dr Andersen et d’autres observateurs de virus considèrent toujours les variantes comme une source potentielle de problèmes dans les mois à venir – en particulier celle qui a frappé le Brésil et qui se développe rapidement dans 17 États américains. Mais ils font également le bilan des derniers mois pour mieux comprendre comment la nation a esquivé la menace alternative.

Les experts soulignent une combinaison de facteurs – masques, distanciation sociale et autres restrictions, et peut-être une baisse saisonnière des infections – qui a fait gagner un temps crucial à des dizaines de millions d’Américains pour se faire vacciner. Ils attribuent également une bonne dose de sérendipité, car B.1.1.7, contrairement à certains de ses concurrents, est impuissant face aux vaccins.

«Je pense que nous avons eu de la chance, pour être honnête», a déclaré Nathan Grubaugh, épidémiologiste à l’Université de Yale. «Nous sommes sauvés par le vaccin.»

Après l’apparition de B.1.1.7 à la fin du mois de décembre, de nouvelles variantes avec des combinaisons de mutations troublantes sont apparues. Les scientifiques se sont inquiétés de la façon dont la concurrence entre les variantes pourrait se dérouler.

En janvier, des chercheurs californiens ont découvert une variante avec 10 mutations qui y était de plus en plus courante et qui avait dérivé vers d’autres États. Des expériences en laboratoire ont suggéré que le variant pouvait éviter un traitement par anticorps qui avait bien fonctionné contre les formes précédentes du virus, et qu’il était peut-être aussi plus contagieux.

Dans les mois qui ont suivi, les États-Unis ont considérablement amélioré leur surveillance de la mutation des variantes. La semaine dernière, plus de 28 800 génomes de virus, soit près de 10% de tous les cas de test positifs, ont été téléchargés dans une base de données internationale en ligne appelée GISAID. Cette image plus claire a permis aux scientifiques de voir comment les mutants rivalisent.

La variante californienne s’est avérée être un concurrent faible et ses chiffres ont fortement chuté en février et mars. Il est encore répandu dans certaines parties du nord de la Californie, mais il a pratiquement disparu des régions du sud de l’État et n’a jamais trouvé de pied ailleurs dans le pays. Le 24 avril, il ne représentait que 3,2% de tous les échantillons de virus testés dans le pays, alors que B.1.1.7 a grimpé à 66%.

« B.1.1.7 est allé pour le KO, et c’est comme, » Bye bye, variante californienne «  », a déclaré le Dr Andersen.

De l’autre côté du pays, des chercheurs ont rapporté en février qu’une variante appelée B.1.526 se répandait rapidement à New York et semblait être un redoutable adversaire pour B.1.1.7. En février, chacune de ces variantes était passée à environ 35 pour cent des échantillons recueillis par le laboratoire du Dr Grubaugh dans le Connecticut. Mais B.1.1.7 est arrivé en tête.

En fait, B.1.1.7 semble avoir l’avantage sur presque toutes les variantes identifiées jusqu’à présent. Lors d’une audition devant le Congrès mardi, le Dr Rochelle P. Walensky, directrice des Centers for Disease Control and Prevention, a déclaré que B.1.1.7 représentait 72% des cas dans le pays.

«Nous voyons vraiment B.1.1.7 pousser d’autres variantes de manière décisive», a déclaré Emma Hodcroft, épidémiologiste à l’Université de Berne.

Les variantes identifiées en Californie et à New York se sont avérées être modérément plus contagieuses que les anciennes versions du virus, et une grande partie de leur succès initial a peut-être été la chance. Le boom global des cas de l’automne dernier a amplifié ce qui aurait autrement pu passer inaperçu.

On ne sait pas ce qui donne à B.1.1.7 un avantage sur les autres. «Est-ce la plus grande de toutes les variantes? C’est vraiment difficile à dire pour le moment », a déclaré Angela Rasmussen, virologue à l’Organisation des vaccins et des maladies infectieuses de l’Université de la Saskatchewan. «Nous avons besoin de plus de recherche pour en savoir plus sur ce que font toutes ces combinaisons de mutations.» Certaines réponses peuvent venir de Californie, où les chercheurs organisent une compétition en tête-à-tête dans un laboratoire, injectant à des souris un cocktail de B.1.1.7 et de six autres variantes.

«L’idée est de voir lequel l’emportera», a déclaré le Dr Charles Chiu, virologue à l’Université de Californie à San Francisco, qui a été le premier scientifique à découvrir la variante californienne.

Dans le Michigan, l’un des rares États à avoir vu l’augmentation prévue des cas ce printemps, B.1.1.7 a trouvé un crochet chez les jeunes qui retournaient à l’école et pratiquaient des sports de contact.

«Parce qu’il est plus transmissible, le virus trouve des fissures dans le comportement qui normalement n’auraient pas été autant de problèmes», a déclaré Emily Martin, épidémiologiste à l’Université du Michigan.

Mais dans le reste du pays, les gens sont naturellement devenus plus prudents face au bilan horrible du virus après les vacances. On pense que B.1.1.7 est environ 60 pour cent plus contagieux que les formes précédentes du virus, mais son mode de propagation n’est pas différent. La plupart des États avaient au moins des restrictions partielles sur les repas à l’intérieur et institué des mandats de masque.

« B.1.1.7 est plus transmissible, mais il ne peut pas sauter à travers un masque », a déclaré le Dr Hodcroft. «Nous pouvons donc encore arrêter sa propagation.»

Mais d’autres experts sont toujours déconcertés par le fait que le virus semble avoir défié les prédictions.

«Je ne peux pas nécessairement l’attribuer uniquement au comportement», a déclaré Sarah Cobey, biologiste évolutionniste à l’Université de Chicago. Les virus respiratoires traversent parfois des cycles saisonniers, mais on ne sait pas pourquoi le cycle du coronavirus l’aurait fait décliner au milieu de l’hiver. «Cela me fait me sentir peut-être encore plus ignorant», dit-elle.

Il est également surprenant de savoir pourquoi les variantes qui ont frappé d’autres pays ne se sont pas encore largement répandues aux États-Unis. B.1.351 a rapidement dominé l’Afrique du Sud et certains autres pays africains à la fin de l’année dernière. Il a été signalé pour la première fois aux États-Unis le 28 janvier, mais ne représente toujours que 1% des cas. C’est peut-être parce qu’il ne peut pas devancer le B.1.1.7 qui se propage rapidement.

«Je pense que c’est parce qu’il n’a pas vraiment beaucoup d’avantage en matière de transmission», a déclaré William Hanage, épidémiologiste à la Harvard TH Chan School of Public Health.

Le P.1, une variante qui ravage le Brésil, a démarré lentement aux États-Unis, mais on estime désormais qu’il représente plus de 10% des cas du pays.

«Je pense que ce n’est qu’une question de temps avant que la variante P.1 ne devienne l’une des plus répandues aux États-Unis», a averti le Dr André Ricardo Ribas Freitas, épidémiologiste médical à la Faculdade São Leopoldo Mandic au Brésil.

Pourtant, Nels Elde, biologiste évolutionniste à l’Université de l’Utah, a déclaré que les événements des quatre derniers mois soulevaient la question de savoir s’il valait la peine de s’inquiéter des différentes variantes, plutôt que de se concentrer sur les comportements qui peuvent les contenir toutes.

«Nous divisons les cheveux entre une poignée de mutations ici et là, nous avons perdu une certaine perspective», a-t-il déclaré. «C’est de l’herbe à chat pour un esprit curieux.»

Les États-Unis disposent également d’un approvisionnement suffisant en vaccins puissants qui font des variantes plus une préoccupation académique qu’une cause d’inquiétude pour la personne moyenne. Les vaccins peuvent être légèrement moins efficaces contre les variantes identifiées en Afrique du Sud et au Brésil, mais ils préviennent les maladies graves de toutes les variantes connues.

Il n’est pas impossible que la situation s’aggrave. Aux États-Unis, environ 35 pour cent seulement des personnes ont été complètement vaccinées et la protection contre les vaccins pourrait diminuer d’ici l’hiver. Personne ne sait comment se comporteront ici des variantes émergeant dans d’autres parties du monde, comme celle qui est devenue proéminente en Inde et qui circule à de faibles niveaux aux États-Unis. Et pourtant, d’autres variantes apparaîtront inévitablement dans les endroits où le virus est endémique, a averti le Dr Cobey: «Il reste encore beaucoup d’évolution à faire.»

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