Les lecteurs réagissent à la fuite de laboratoire n ° 6

Depuis le lecteur TPM MN

Tout d’abord, par souci de crédibilité, je suis post-doctorant en biologie computationnelle à [*******]. J’ai fait des recherches sur le génome du SRAS-CoV-2, mais cela n’a pas été mon objectif principal comme pour beaucoup de gens. Néanmoins, je suis au moins au courant de la discussion sur les mutations génomiques et l’évolution, bien que la virologie du laboratoire Web de nitty Gritty ne soit pas mon domaine.

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Deuxièmement, quelques points sur les prises précédentes. 1) J’ai été ravi de voir l’ouvrage classique de Harry Frankfurt cité, c’est un excellent manuscrit de tous les temps. 2) Le rapport de l’OMS contenait beaucoup de bonnes informations mais il était aussi comique, en particulier les non-sequiturs répétés abordant l’idée que le virus était importé à Wuhan à la surface de produits alimentaires surgelés. Quelqu’un avec une certaine influence voulait *vraiment* que cette possibilité soit explorée et on pouvait presque sentir l’écrivain rouler des yeux. 3) Je ne suis pas dingue de l’article de Garry ou des discussions de TWIV qui UN J cité. Plusieurs des points de Garry sont bons, mais la suggestion selon laquelle tout cela est totalement incompatible avec une fuite de laboratoire est un bond en avant, en particulier la présence de deux lignées sur deux marchés différents. Bien sûr, toutes choses égales par ailleurs, elles sont compatibles avec un débordement, mais il suggère qu’une fuite de laboratoire nécessiterait qu’ils divergent alors qu’ils sont encore dans le laboratoire, ce qui n’est tout simplement pas vrai. Ces lignées étaient différentes de deux nucléotides, qui pouvaient facilement s’accumuler pendant quelques semaines de circulation non détectée.

Pour être clair, je m’éloigne toujours de l’hypothèse des fuites de laboratoire, mais je l’ai trouvée intrigante, car ce qui est différent dans cette série de spéculations, c’est qu’elle est basée sur quelque chose qui s’approche d’une théorie sur la façon dont cela s’est réellement passé. En fait, Garry en parle dans cet article, mais l’idée est essentiellement que l’épine dorsale était ce génome RaTG13 qui avait été muté via un passage en série à quelque chose comme 96% de similitude avec la copie originale, puis le RBD de la protéine de pointe du pangolin le virus a été épissé, puis d’une manière ou d’une autre, il a acquis le site de clivage et il est parti pour les races. Le premier de ces deux me semble au moins plausible, bien qu’une personne ayant une connaissance intime de la virologie et de la façon dont les mutations s’accumulent dans ces deux processus de laboratoire puisse être en mesure de souligner des détails qui rendent cela improbable. La troisième étape semble peu susceptible d’avoir été intentionnelle puisque la mutation est hors cadre, mais ce n’est pas impossible. Mais sur cette note, je veux faire deux points qui sont la véritable raison pour laquelle j’écris.

Tout d’abord, une bonne façon de procéder serait de parler aux membres du laboratoire et aux chercheurs pour comprendre si quelque chose de ce genre a été fait et à quelle fréquence les génomes de divers spécimens viraux ont été séquencés (puisque leurs bases de données ont apparemment déjà été consultées). Il est donc certainement un peu ennuyeux qu’une coopération supplémentaire semble avoir été exclue. Mais deuxièmement, si c’est ainsi que cela s’est produit, je suppose qu’il y a des miettes de pain quelque part dans les différents ensembles de données de séquençage que le laboratoire Shi et d’autres de WIV ont déposés au fil des ans. Les creuser prend du temps et nécessitera de nombreuses analyses sur mesure, mais les données sont généralement accessibles au public. J’explorerais cela moi-même s’il y avait plus de temps dans la journée. Un point connexe est que ce genre de chose est une niche relative, donc ce n’est pas vraiment soumis à l’hypothèse d’un marché efficace et, en corollaire, il n’est pas tout à fait vrai que ce cycle de discussion ne repose sur aucune nouvelle information. Il a fallu un certain temps pour que suffisamment de points soient connectés pour que même cette théorie à moitié cuite se soit réunie, et il est fort possible que nous n’ayons pas entendu le dernier mot à ce sujet.

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