Les experts en santé publique et en maladies infectieuses avertissent qu’il reste encore beaucoup à apprendre sur la nouvelle variante du SRAS-CoV-2, Omicron (ou B.1.1.529), mais voici ce que nous savons jusqu’à présent, ventilé par questions clés.
Le nouveau variant a été détecté pour la première fois au Botswana le 11 novembre, puis identifié en Afrique du Sud 3 jours plus tard. Il a également été détecté le 13 novembre à Hong Kong chez un ressortissant de retour d’Afrique du Sud.
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a qualifié de “variante préoccupante” vendredi dernier.
Un total de 168 échantillons de la variante de 11 pays ont été téléchargés sur GISAID lundi à 15 h HE.
L’Omicron est-il plus transmissible ?
Il n’est pas encore clair si Omicron est plus transmissible que les versions précédentes du SRAS-CoV-2, mais les responsables de la santé sud-africains ont noté que l’augmentation rapide des cas dans la province de Gauteng est préoccupante.
Au cours d’une point de presse la semaine dernière, Tulio de Oliveira, PhD, directeur du Center for Epidemic Response & Innovation en Afrique du Sud, a déclaré que les taux de positivité des tests dans la région de Tshwane (qui se trouve dans la province de Gauteng) sont passés de 1% à plus de 30% au cours des 3 dernières semaines seulement , et presque tous les échantillons récents de la province ont été la variante Omicron.
Les experts ont averti que le pic pourrait être dû à “l’effet fondateur”, dans lequel un seul cas dans une zone de faible prévalence est responsable de milliers de cas là-bas. On ne sait pas encore si c’est ce qui s’est passé en Afrique du Sud, et une meilleure réponse est attendue dans les prochaines semaines.
Omicron provoque-t-il une maladie plus grave ?
Il n’y a pas encore de preuve qu’Omicron provoque une maladie plus grave, mais encore une fois, les chercheurs auront une image plus claire dans quelques semaines.
Il y a eu une certaine excitation à la fin de la semaine dernière lorsqu’un médecin sud-africain qui avait sonné l’alarme pour la première fois au sujet de la nouvelle souche a déclaré que la plupart des cas qu’elle avait traités étaient “extrêmement bénins”. Angelique Coetzee, MD, présidente de l’Association médicale sud-africaine, a déclaré au BBC que les symptômes étaient « inhabituels » et différaient de la variante Delta, en se concentrant sur la fatigue et les courbatures.
Pourtant, ce petit échantillon ne peut inclure que des patients plus jeunes qui sont moins susceptibles de souffrir d’une maladie grave due à une infection, ont averti les experts. Plus de données doivent être recueillies avant de tirer des conclusions sur la gravité.
Omicron peut-il échapper à l’immunité ?
L’OMS a déclaré avoir des preuves préliminaires d’un risque accru de réinfection avec Omicron, mais l’agence n’a pas partagé les données à l’appui, a noté Jeremy Faust, MD, du Brigham and Women’s Hospital de Boston, dans son bulletin, À l’intérieur de la médecine.
En ce qui concerne l’immunité vaccinée, Faust a déclaré qu’il était “possible, et peut-être même probable, qu’Omicron réduise partiellement l’efficacité de nos vaccins contre l’infection”.
C’est parce qu’il a 32 mutations dans la seule protéine de pointe, dont certaines étaient associées à une évasion immunitaire pour les variantes précédentes.
Pourtant, Faust a ajouté qu’il est possible que les vaccins résistent à une maladie grave face à cette nouvelle variante.
Quelles mutations sont concernées ?
Omicron présente de multiples mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) et le domaine N-terminal (NTD) qui sont associées à la résistance aux anticorps neutralisants et aux traitements par anticorps monoclonaux, a déclaré de Oliveira lors de la conférence de presse sud-africaine.
Richard Lessells, MD, médecin spécialiste des maladies infectieuses à l’Université du KwaZulu-Natal à Durban, en Afrique du Sud, a souligné quelques-uns des mutations les plus préoccupantes pour un centre sud-africain de journalisme sur la santé. Cela comprend un groupe de mutations adjacentes au site de clivage de la furine S1/S2, qui sont associées à une entrée cellulaire plus efficace (H655Y, N679K et P681H).
Il a également la suppression nsp6 (similaire à celle observée avec Alpha, Beta, Gamma et Lambda) qui a été associée à l’évasion immunitaire. De plus, il existe des mutations R203K et G204R dans la protéine de la nucléocapside (observées dans Alpha, Gamma et Lambda) qui ont été associées à une infectivité accrue.
Jeffrey Barrett, responsable de l’initiative de génomique COVID-19 au Wellcome Sanger Institute en Angleterre, a créé une clé codée par couleur du 32 mutations de protéines de pointe. Neuf d’entre eux sont rouges, le niveau le plus préoccupant.
Faust a noté que le nombre élevé de mutations suggère que la variante est apparue chez un seul patient dont le corps n’a pas pu éliminer l’infection.
Edward Nirenberg, un blogueur COVID-19, averti sur Twitter qu’il est « difficile de savoir quel est l’effet de toutes ces mutations ensemble [will be]. Différentes mutations interagissent les unes avec les autres de manière complexe.”
Où la variante a-t-elle été détectée ?
Jusqu’à présent, 11 pays ont signalé la détection d’Omicron à GISAID : Afrique du Sud (114), Botswana (19), Pays-Bas (12), Australie (5), Hong Kong (5), Italie (4), Royaume-Uni (4) , Canada (2), Allemagne (1), Belgique (1) et Israël (1).
La variante n’a pas encore été détectée aux États-Unis, bien que les experts disent que ce n’est qu’une question de temps, car elle est probablement déjà là.
Punir l’Afrique du Sud ?
Certains chercheurs sud-africains ont exprimé leur inquiétude de ne pas être punis pour avoir alerté le monde de l’existence de la variante.
« Le monde devrait apporter son soutien à l’Afrique du Sud et à l’Afrique et ne pas les discriminer ni les isoler ! En les protégeant et en les soutenant, nous protégerons le monde ! de Oliveira a écrit sur Twitter.
Ingrid Katz, MD, de l’Université Harvard, tweeté, “Nous savons ce que nous savons PARCE QUE l’Afrique du Sud a investi dans le séquençage génomique avancé. Nous leur devons une dette de gratitude – pas de punition.”
L’administration Biden a émis une interdiction de voyager pour l’Afrique du Sud et plusieurs autres pays africains à la fin de la semaine dernière. Le président sud-africain Cyril Ramaphosa a appelé les États-Unis et d’autres pays, dont le Royaume-Uni et l’Union européenne, à lever leurs interdictions de voyager contre son pays.
Les autorités mondiales ont également noté que l’émergence de la variante témoigne fortement de l’urgence d’aider à fournir des doses de vaccin aux pays qui en ont besoin.
Lors d’une réunion de l’OMS lundi, Richard Hatchett, MD, chef de la Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (un des fondateurs de l’initiative mondiale de partage de vaccins COVAX), a déclaré que l’émergence d’Omicron « a rempli, d’une manière précise, les prédictions de les scientifiques qui ont averti que la transmission élevée du virus dans les zones avec un accès limité au vaccin accélérerait son évolution. »
Quel est le résultat en ce moment ?
Bob Wachter, MD, de l’Université de Californie à San Francisco, l’a bien résumé en quatre étapes sur Twitter: faites-vous vacciner, faites-vous booster, “préparez-vous mentalement à agir avec plus de prudence si Omicron s’avère plus infectieux, immuno-évasif ou les deux” et “suivez l’actualité et la science – ce sera beaucoup plus clair dans 2-3 semaines. “
En effet, le CDC a mis à jour ses directives de rappel lundi, conseillant désormais à tous les adultes âgés de 18 ans et plus de recevoir un rappel 6 mois après leur première série d’ARNm ou 2 mois après leur injection Johnson & Johnson.
“L’émergence récente de la variante Omicron (B.1.1.529) souligne davantage l’importance de la vaccination, des rappels et des efforts de prévention nécessaires pour se protéger contre le COVID-19”, a déclaré l’agence dans un communiqué.
.
