Coronavirus: quelles sont les variantes préoccupantes?

Si les manuscrits sont copiés à la main à plusieurs reprises, les fautes d’orthographe sont courantes. De même, lorsque des «scripts génétiques» codés dans l’ADN ou l’ARN sont copiés à plusieurs reprises pour la réplication du virus, des erreurs se produisent. Les virus à ARN sont plus sujets aux erreurs que les virus à ADN. Le génome du SRAS-CoV-2 est un ARN simple brin, et des erreurs – en biologie, des mutations – se produisent fréquemment.

Le SRAS-CoV-2 est nouveau chez l’homme et à mesure qu’il se propage, les mutations sont très fréquentes. Les variantes émergentes avec une efficacité de transmission plus élevée deviennent dominantes, tendant à en remplacer d’autres. Ces pionniers émergent dans différentes communautés géographiques où le virus est épidémique et se propage largement. Des variantes ont été détectées au Royaume-Uni et en Afrique du Sud parce que des études génétiques ont été systématiquement effectuées. La variante du Brésil a été découverte au Japon, chez des voyageurs du Brésil, et son origine remonte.

La capacité de détecter et de suivre les variantes dépend de la capacité du laboratoire pour le séquençage du génome entier des virus. À ce jour, plus d’un million de génomes du SRAS CoV-2 ont été séquencés dans le monde, offrant une lecture granulaire spatio-temporelle de l’évolution du virus à haute résolution. Plus important encore, cela a permis l’identification et la documentation de virus variants aux propriétés modifiées par rapport au virus qui a déclenché la pandémie. L’importance des “ variantes préoccupantes ” (COV) ayant été appréciée, le Consortium génomique indien SARS CoV-2 (INSACOG), un réseau de dix laboratoires publics compétents pour la surveillance génomique, a été mis en enquêté en Inde.

Schémas de nomenclature

Il existe trois schémas différents de nomenclature des variantes du SRAS-CoV-2. Le plus largement utilisé est «l’attribution phylogénétique des lignées mondiales d’épidémies» (PANGOLIN) qui utilise un système hiérarchique basé sur la parenté génétique – un outil inestimable pour la surveillance génomique. Il utilise des alphabets (A, B, C, P) et des chiffres commençant par 1. Les lignées variantes sont à la pointe émergente de la pandémie dans différentes zones géographiques. La lignée B est la plus prolifique. Les variantes en circulation sont B.1; B.1.1; B.1.1.7; B.1.167; B.1.177; B.1.351, B.1.427 et B.1.429. La lignée P.1 s’est écartée de l’original B.

Pour plus de commodité, les trois plus fréquents sont nommés par leur géographie d’origine – «variante britannique» pour B.1.1.7; «Variante Afrique du Sud» pour B.1.351; et «variante Brésil» pour P.1. Ils avaient été détectés en 2020 – septembre (Royaume-Uni), octobre (Afrique du Sud) et décembre (Brésil). Les variantes en Inde comprennent le soi-disant double mutant B.1.617 se répandant dans le Maharashtra et B.1.618 se propageant au Bengale occidental.

Les mutations peuvent être localisées en utilisant la position des nucléotides sur le génome et les acides aminés commutés consécutifs à la mutation. Le virus pandémique d’origine (variante fondatrice) était Wu.Hu.1 (virus de Wuhan). En quelques mois, la variante D614G est apparue et est devenue dominante à l’échelle mondiale.

Questions préoccupantes

La «préoccupation» dans les COV comprend trois propriétés sinistres – l’efficacité de la transmission, la gravité de la maladie et l’échappatoire à la couverture immunitaire de la vaccination.

Dans de nombreux pays, dont l’Inde, les COV, en raison d’une transmissibilité accrue, ont déclenché une ou plusieurs nouvelles vagues de transmission épidémique. Malheureusement, à ce moment précis, comme le nombre de cas était faible, il y avait une relaxation généralisée du comportement approprié au COVID. Ensemble, cela a contribué à une deuxième vague en rapide ascension – les nombres quotidiens dépassant de loin ceux de la vague précédente.

En ce qui concerne la virulence (propension à provoquer une maladie grave / potentiellement mortelle), la variante britannique est pire. Les variantes de l’Afrique du Sud et du Brésil ne semblent pas avoir une virulence plus élevée.

La troisième préoccupation concerne la couverture immunitaire offerte par la vaccination utilisant des antigènes fabriqués à partir du variant D614G – qui s’applique à la plupart des vaccins actuellement utilisés. Une efficacité moindre des vaccins a été constatée davantage avec la variante sud-africaine et moins avec la variante brésilienne. Par conséquent, une réinfection peut se produire malgré l’immunité par une infection ou une vaccination D614G plus précoce. L’efficacité du vaccin peut être plus faible maintenant que ce qui a été déterminé dans les essais de phase 3, car les COV n’étaient pas alors largement répandus. Heureusement, les vaccins à ARNm (Pfizer et Moderna) ont une immunité plus large pour différentes raisons, et ils protègent mieux contre ces deux variantes.

L’Institut Karolinska en Suède a créé un antigène en utilisant un nouveau peptide RBD variant avec un adjuvant, et des singes inoculés déjà amorcés avec un vaccin plus ancien. La réponse de rappel résultante était non seulement élevée mais également large, couvrant de nouvelles variantes. Cette approche, appelée «hétéro-boosting» par un vaccin différent, offre un moyen de gérer les variantes de «fuite de vaccin» jusqu’à ce que de nouveaux vaccins soient disponibles.

Leçons apprises

Une leçon importante que la pandémie nous a apprise en Inde est l’importance cruciale de la recherche biomédicale et du renforcement des capacités – pour sauver des vies et la croissance économique. Nous avons besoin d’une base de recherche à grande échelle, dans les universités, les facultés de médecine et les entreprises de biotechnologie, qui doivent toutes être financées, encouragées, appréciées et récompensées par les talents. Si certains efforts ont été lancés, ils doivent décoller en grand et l’Inde doit investir massivement dans les biosciences. Après une décennie, ses produits et ses bénéfices nous rendront plus sains et plus riches.

(T. Jacob John est professeur à la retraite, et Mahesh Moorthy est actuellement professeur, Département de virologie clinique, Christian Medical College, Vellore.)