Qu’est-ce qu’Omicron ? En quoi est-il différent des autres variantes ? Où tout le variant du coronavirus B.1.1.529 a-t-il été détecté ?
L’histoire jusqu’ici: Une nouvelle lignée de SARS-CoV-2 a été identifiée dans des échantillons séquencés et déposés dans le domaine public du Botswana, d’Afrique du Sud et de Hong Kong et a été assignée sous le nom B.1.1.529. La variante a été désignée comme variante préoccupante (VoC) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et a été nommée Omicron.
Pourquoi la variante Omicron est-elle intéressante ?
La variante Omicron est intéressante du fait qu’elle présente un grand nombre de mutations par rapport aux autres variantes répandues circulant dans le monde. Cela comprend 32 mutations dans la protéine de pointe. Beaucoup de ces mutations se situent dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine de pointe, un élément clé de la protéine nécessaire à la liaison aux protéines réceptrices humaines pour l’entrée dans la cellule, et peuvent donc jouer un rôle important dans la reconnaissance par les anticorps générés en raison de une infection antérieure ou par des vaccins.
La variante a été signalée en Afrique du Sud et épidémiologiquement liée à une augmentation récente des cas dans la province de Gauteng en Afrique du Sud et a été identifiée parmi les voyageurs d’Afrique du Sud en dehors des autres pays de la région.
À quoi servent les mutations de pointe ?
Il a déjà été suggéré que de nombreuses mutations de la protéine de pointe provoquent une résistance aux anticorps ainsi qu’une transmission accrue. Ainsi, il est possible que cette variante soit plus susceptible de réinfecter les personnes qui ont développé une immunité contre les variantes précédentes du virus. Bien que le comportement du virus ne soit pas prévisible avec précision sur la base des preuves de mutations individuelles, car l’effet de la combinaison de mutations n’est pas la somme totale des mutations individuelles, une telle analyse peut fournir des informations utiles et des orientations à explorer encore plus loin. Une analyse plus approfondie de l’effet de ces mutations sur la transmissibilité et l’évasion vaccinale est en cours.
D’un point de vue diagnostique, certaines des mutations de la protéine de pointe font que les amorces utilisées dans certains kits de RT-PCR ne fonctionnent pas comme prévu. Ceci est également connu sous le nom d’abandon de gène de pointe ou d’échec de cible de gène de pointe (SGTF). Alors que la plupart des kits utilisent plusieurs ensembles d’amorces ciblant différents gènes dans l’ARN du SRAS-CoV-2 pour le diagnostic, cela ne devrait pas affecter négativement le diagnostic, mais peut être utilisé comme substitut pour une identification rapide de la variante. Néanmoins, cette approche n’est pas spécifique à Omicron, car d’autres variants pourraient également avoir des mutations similaires qui peuvent provoquer un pic de décrochage génique.
La variante entraîne-t-elle des infections à rupture vaccinale ?
Certains des premiers individus identifiés comme infectés par le variant ont été vaccinés contre le COVID-19 et, par conséquent, le variant peut en effet provoquer des infections à rupture vaccinale. Cela ne devrait pas être préoccupant, car il a été démontré que les variantes courantes préoccupantes, y compris Delta, provoquent des infections à percée. On ne sait pas actuellement si la variante provoque plus d’infections révolutionnaires que Delta.
Combien de pays ont signalé Omicron ?
À ce jour, neuf pays ont confirmé la présence d’Omicron. Cela comprend l’Afrique du Sud, le Botswana, l’Angleterre, Hong Kong, l’Australie, l’Italie, Israël, la République tchèque et la Belgique.
Les cas suspects font l’objet d’un suivi dans un certain nombre d’autres pays. Les pays ont identifié la variante grâce à des programmes de surveillance génomique. Les premiers rapports de la variante ont été rendus possibles grâce aux efforts inlassables de chercheurs au Botswana et en Afrique du Sud ainsi que dans les pays qui ont signalé des infections chez les voyageurs entrants.
L’Inde dispose d’un programme national de surveillance génomique (INSACOG) ainsi que de programmes de surveillance ciblés au Kerala, au Maharashtra, à Delhi et au Karnataka, outre des programmes de recherche indépendants. Dans le dernier bulletin de l’INSACOG, aucun des échantillons séquencés en Inde n’a la variante Omicron jusqu’à ce jour. Une surveillance accrue de la variante est en cours.
Comment se préparer à la variante ?
Des efforts accrus de surveillance et de séquençage du génome sont essentiels pour détecter et suivre la prévalence de la variante Omicron. Le partage rapide des séquences du génome du virus et des données épidémiologiques qui y sont liées avec des bases de données accessibles au public aidera à développer une meilleure compréhension du variant. Les mesures de santé publique et sociales existantes doivent être renforcées pour contrôler et prévenir la transmission.
L’amélioration de la couverture vaccinale dans différentes régions ainsi que l’accès aux tests, aux traitements et au soutien seront essentiels pour lutter contre la nouvelle variante. Un accès équitable aux vaccins serait essentiel pour contrôler la variante Omicron et ralentir l’émergence de toute variante future.
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