L’histoire jusqu’ici: Début mars, des membres des consortiums génomiques indiens SARS-CoV-2 (INSACOG), un groupe consultatif auprès du gouvernement central, ont mis en garde contre une nouvelle forme contagieuse du nouveau coronavirus. La semaine dernière, Shahid Jameel, éminent virologue et chef de l’INSACOG, a démissionné de son poste de manière inattendue. Bien qu’il n’ait pas cité les raisons de sa sortie, le Dr Jameel a critiqué certains aspects de la gestion par le gouvernement de la pandémie de COVID-19, en particulier sur le partage de données, l’émergence de nouvelles variantes et leur rôle dans la deuxième vague d’infections. .
Qu’est-ce que INSACOG?
INSACOG est un consortium de 10 laboratoires à travers le pays chargés de scanner les échantillons de COVID-19 à partir de pans de patients et de signaler la présence de variantes connues pour avoir augmenté la transmission au niveau international. Il a également été chargé de vérifier si certaines combinaisons de mutations se généralisaient en Inde. Certains de ces laboratoires avaient commencé à rechercher des mutations en avril 2020 même, mais ce n’était pas un effort pan-indien. Les instituts impliqués étaient des spécialistes du séquençage du génome et comprenaient des laboratoires du Département de biotechnologie, du Conseil de la recherche scientifique et industrielle (CSIR), du Conseil indien de la recherche médicale (ICMR) et du Ministère de la santé et du bien-être familial (MoHFW). . Le Centre national de contrôle des maladies (NCDC) du MoHFW a été chargé de coordonner la collecte d’échantillons provenant des États ainsi que de corréler la maladie avec les mutations. Le travail a commencé en janvier par séquençage d’échantillons de personnes ayant déjà voyagé depuis le Royaume-Uni et d’une partie des échantillons positifs dans la communauté.
Quels sont les résultats?
Une note du 6 mai du Département de biotechnologie (DBT) indiquait que 20 000 échantillons avaient été séquencés et qu’environ 3 900 variantes avaient été identifiées.
Les variantes «étrangères» identifiées étaient principalement le B.1.1.7 (identifié pour la première fois au Royaume-Uni) et le B.1.351 (trouvé pour la première fois en Afrique du Sud) et un petit nombre de variantes P2 (du Brésil). Cependant, certains laboratoires ont signalé la présence croissante de variantes identifiées en Inde qui ont été matraquées dans une famille de variantes interdépendantes appelées B.1.617, également connue sous le nom de variante “ double mutant ”, principalement en raison de deux mutations – E484Q et L452R – sur la protéine de pointe. Celles-ci ont été identifiées individuellement ailleurs mais pas ensemble. Cependant, il existe de nombreuses autres mutations qui contribuent par différentes mesures, de manière non entièrement comprise, à la capacité du virus à s’adapter aux hôtes humains.
La famille B.1.617 a été qualifiée de «variante préoccupante» internationale après avoir été liée à une récente flambée de cas au Royaume-Uni. En mars, elle était liée à une poussée de cas dans le Maharashtra. Mais il n’y a pas encore de preuves pour montrer que la variante est associée à une gravité accrue de la maladie. Les laboratoires de l’INSACOG ont également constaté que la variante B.1.1.7, qui est marquée par une infectivité accrue, est nettement plus répandue dans plusieurs États du nord et du centre de l’Inde que dans les États du sud.
Au-delà de l’identification des modèles, pourquoi le séquençage du génome est-il utile?
Le séquençage du génome a pour but de comprendre le rôle de certaines mutations dans l’augmentation de l’infectivité du virus. Certaines mutations ont également été liées à la fuite immunitaire ou à la capacité du virus à échapper aux anticorps, ce qui a des conséquences sur les vaccins.
Des laboratoires du monde entier, dont de nombreux en Inde, ont étudié si les vaccins développés jusqu’à présent sont efficaces contre ces souches mutantes du virus. Pour ce faire, ils extraient le virus d’échantillons positifs au COVID-19 et en cultivent suffisamment. Ensuite, le sérum sanguin des personnes vaccinées et qui ont ainsi des anticorps est prélevé. À l’aide de différentes sondes, les scientifiques déterminent la quantité d’anticorps ainsi extraits nécessaires pour tuer une partie du virus cultivé. En général, les anticorps générés après la vaccination – et c’était le cas des jabs Covaxin, Covishield, Pfizer et Moderna – ont pu neutraliser les variants. Cependant, il y avait moins d’anticorps produits contre le variant sud-africain, brésilien et «double mutant».
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Les niveaux d’anticorps ne sont pas les seuls marqueurs de protection et il existe un réseau parallèle d’immunité cellulaire qui joue un rôle essentiel dans la manière dont les vaccins activent l’immunité. Les preuves actuelles pour la plupart des vaccins COVID-19 sont qu’ils ont une efficacité de près de 75% à 90% pour protéger contre la maladie, mais moins pour prévenir la réinfection. et transmission.
Quels sont les défis auxquels l’INSACOG est confronté?
Étant donné que le nouveau coronavirus se propage, mute et présente des variations géographiques, l’objectif du groupe était de séquencer au moins 5% des échantillons. Pour de nombreuses raisons, cela n’a été jusqu’à présent que d’environ 1%, principalement en raison d’un manque de fonds et de l’insuffisance des réactifs et des outils nécessaires pour intensifier le processus.
Si certaines de ces questions peuvent être expliquées comme des problèmes de démarrage, l’INSACOG, bien que peuplé d’experts scientifiques, est en fin de compte un groupe consultatif auprès du gouvernement central et fait partie de sa structure de communication. Les avertissements concernant les variantes émergentes n’ont pas été rendus publics avec une urgence suffisante et le partage des ensembles de données, même au sein des groupes constituants de l’INSACOG, était loin d’être idéal.
