La souche de monkeypox impliquée dans l’épidémie mondiale actuelle diffère de sa souche mère par environ 50 polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) – bien plus que ce à quoi on pourrait s’attendre pour un orthopoxvirus, ont rapporté les chercheurs.
Il existe également des preuves d’une évolution et d’une adaptation continues au cours de la transmission interhumaine qui se produisent plus rapidement que prévu, ce qui peut expliquer sa transmissibilité apparemment accrue, João Paulo Gomes, PhD, de l’Institut national de la santé du Portugal à Lisbonne, et ses collègues ont rapporté dans Médecine naturelle.
“Compte tenu des caractéristiques du génome de ce type de virus, pas plus d’une ou deux mutations ne sont susceptibles d’émerger chaque année”, a déclaré Gomes. MedPage aujourd’hui par email. “Cependant, étant donné que cette année 2022 [strain] est probablement un descendant de l’un lors de l’épidémie de 2017 au Nigeria, on ne s’attendrait pas à plus de cinq à 10 mutations supplémentaires au lieu des quelque 50 mutations observées.
De nombreuses mutations “affectent les protéines qui interagissent avec le système immunitaire, ce qui, hypothétiquement, peut entraîner une sorte d’évasion immunitaire”, a ajouté Gomes. “Nous espérons que des groupes spécialisés vont maintenant étudier le rôle de ces multiples mutations sur la transmission.”
Grant McFadden, PhD, expert en monkeypox à l’Arizona State University, qui n’a pas participé à l’article, a noté qu’il est “difficile de dire” si l’une des mutations a modifié le comportement viral.
“Je ne sais pas à quelle vitesse nous saurons si les fondamentaux de la maladie ont changé ou non, mais les caractéristiques de la maladie semblent un peu plus bénignes que ce que nous avons vu en Afrique de l’Ouest, en termes de nombre de lésions et de la façon dont elles ‘ redistribué », a déclaré McFadden MedPage aujourd’hui.
“Les changements dans les nucléotides peuvent n’être qu’un ensemble de mutations qui se sont produites sur une période plus longue que ce que nous aurions prédit”, a-t-il ajouté. “Et maintenant que c’est dans un nouvel hôte, les pressions de sélection sont un peu différentes sur le virus qu’elles ne l’étaient chez les rongeurs, et cela peut exercer une pression sélective pour acquérir plus d’allèles. Mais nous ne savons pas quelle est la signification fonctionnelle de tous les changements sont.”
Néanmoins, a-t-il dit, il sera important de faire ce travail.
Pour leur étude, Gomes et ses collègues ont analysé la première séquence de monkeypox publiée publiquement le 20 mai 2022 par le Portugal, ainsi que des séquences supplémentaires publiées avant le 27 mai, totalisant 15 séquences, dont la plupart provenaient du Portugal.
Ils ont confirmé que la nouvelle variante appartenait au clade 3, qui fait partie du clade moins meurtrier d’Afrique de l’Ouest (par rapport au clade plus meurtrier d’Afrique centrale), et ont constaté que toutes les souches étaient étroitement regroupées, suggérant une origine unique pour l’épidémie en cours.
La souche épidémique actuelle est divergente mais descend d’une branche associée à des cas exportés de monkeypox du Nigeria vers le Royaume-Uni, Israël et Singapour en 2018-2019, et a des liens génétiques avec une grande épidémie au Nigeria en 2017-2018, ont-ils rapporté.
Ainsi, ils disent qu’il est probable que l’épidémie actuelle indique qu’il y a eu une ou plusieurs importations du virus d’une seule origine et qu’il y a eu “une circulation et une évolution continues” du virus impliqué dans l’épidémie de 2017-2018 au Nigeria. Les événements à grande diffusion – tels que les “saunas utilisés pour les rencontres sexuelles” – et les voyages internationaux “déclenchent probablement[ed] la propagation mondiale rapide” du virus, ont-ils écrit.
Les chercheurs ont noté qu’ils ne pouvaient pas exclure l’hypothèse de disséminations cryptiques prolongées chez l’homme ou chez l’animal dans un pays non endémique, mais une transmission interhumaine silencieuse semble moins probable étant donné les caractéristiques de la maladie des individus affectés, ont-ils écrit. La transmission animale cryptique et les débordements récents seraient encore moins probables, ont-ils déclaré.
Qu’est-ce qui est responsable de l’écart de 50 SNP entre le virus parent et celui impliqué dans l’épidémie actuelle ? Une certaine famille d’enzymes impliquée dans l’édition du génome viral pourrait jouer un rôle, ont-ils rapporté : l’apolipoprotéine B mRNA-editing catalytic polypeptide-like 3 (APOBEC3).
Ces enzymes peuvent être régulées positivement en réponse à une infection virale, car elles peuvent inhiber un large éventail de virus en introduisant des mutations. Dans certaines circonstances, ont déclaré les chercheurs, les mutations médiatrices d’APOBEC3 peuvent ne pas perturber complètement le virus, augmentant les chances de créer des variantes hypermutées mais viables.
Gomes et ses collègues ont également trouvé des preuves d’évolution et d’adaptation en cours, avec 15 SNP découverts avec une transmission interhumaine dans l’épidémie en cours.
“[M]Les multiples mutations que nous observons lors de la transmission interhumaine de 2022 affectent les protéines associées au système immunitaire humain, cela pourrait donc signifier un processus d’adaptation à l’homme », a déclaré Gomes par e-mail. « Et, oui, cela semble se produire à un rythme plus rapide que prévu, ce qui est en ligne avec le constat également inattendu de l’excès de mutations de la 2022 [strain] par rapport à son ancêtre.”
Stephen Goldstein, PhD, virologue évolutionnaire à l’Université de l’Utah à Salt Lake City, qui n’était pas impliqué dans l’article, a déclaré MedPage aujourd’hui que les changements adaptatifs continus sont encore spéculatifs.
“Sans comprendre la pertinence fonctionnelle de l’une de ces mutations, il est assez difficile de faire valoir cet argument”, a déclaré Goldstein.
“Nous en savons si peu sur la transmission de ces virus”, a-t-il poursuivi. “Nous n’avons pas observé de transmission de la variole à l’ère de la génomique moderne, et nous n’en avons pas beaucoup plus en ce qui concerne le monkeypox. Je ne pense tout simplement pas que nous comprenions suffisamment la transmission de ces virus pour lier tout type de changements génétiques à différentes dynamiques de transmission.
Gomes a déclaré que les caractéristiques décrites dans leur article indiquent que “nous avons définitivement affaire à un virus différent de ce à quoi on pourrait s’attendre”, bien qu’il ait noté que l’augmentation de la transmissibilité n’est pas encore confirmée.
“Même si ce 2022 [strain] est plus transmissible que les versions précédentes… la stratégie doit être le blocage des chaînes de transmission”, écrit-il.
“Ainsi, les autorités de santé publique doivent concerter leurs efforts sur les aspects épidémiologiques de l’épidémie, et la communauté la plus touchée (HSH – hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes) doit être consciente que le contact physique étroit est incontestablement le déclencheur du nombre d’infections. que nous voyons maintenant dans le monde entier », a ajouté Gomes. “Des mesures de prévention doivent également être prises par les personnes concernées et les contacts proches, en plus des directives des autorités sanitaires.”
Divulgations
Gomes n’a révélé aucun conflit d’intérêts pertinent.
