Le virus monkeypox : origines et épidémies

L’histoire jusqu’ici: Avec des cas signalés à travers le monde, la variole du singe a attiré l’attention de tous. L’épidémie actuelle a fait plus de 220 cas confirmés répartis dans 19 pays. Le Royaume-Uni, l’Espagne et le Portugal sont en tête du peloton avec le plus grand nombre de cas confirmés, mais aucun décès signalé à ce jour.

L’épidémie actuelle a été intéressante à bien des égards. Alors que des épidémies sporadiques se sont produites en Afrique et quelques-unes en dehors de l’Afrique dans des régions qui avaient enregistré des voyages depuis des zones où des épidémies se sont produites, de telles flambées massives couvrant plusieurs pays simultanément ne se sont jamais produites auparavant. De plus, de nombreux patients touchés ne se sont pas rendus dans des régions où la maladie est considérée comme répandue et les premiers cas concernaient en grande partie, mais pas exclusivement, des jeunes qui s’identifient comme des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH).

L’ESSENTIEL

Monkeypox appartient à la famille des virus poxvirus et a été identifié pour la première fois chez des singes en 1958. L’épidémie actuelle a fait plus de 220 cas confirmés répartis dans 19 pays.

Un certain nombre de séquences génomiques ces dernières années en Afrique et dans le monde suggèrent qu’il existe deux clades distincts du virus – le clade du bassin du Congo / Afrique centrale et le clade ouest-africain.

Le vaccin contre la variole/vaccinie offre une protection contre le virus. Alors que le vaccin a été interrompu en 1980 suite à l’éradication de la variole, des stocks d’urgence de vaccins sont maintenus par de nombreux pays.

Qu’est-ce que le virus de la variole du singe ?

Monkeypox n’est pas un nouveau virus. Le virus, appartenant à la famille des virus poxvirus, a été identifié pour la première fois chez des singes en 1958, d’où son nom. Le premier cas humain a été décrit en 1970 en République démocratique du Congo et de nombreuses épidémies sporadiques de transmission d’animal à humain et d’homme à homme se sont produites dans le passé en Afrique centrale et occidentale avec une mortalité importante. Après l’élimination de la variole, le monkeypox est devenu l’un des poxvirus dominants chez l’homme, avec une augmentation des cas au fil des ans et une réduction conséquente du groupe d’âge affecté. Étant donné que la transmission ne se produit qu’en cas de contact étroit, les épidémies se sont dans de nombreux cas autolimitées. Étant donné que chez la majorité des personnes touchées, la période d’incubation varie de cinq à 21 jours et est souvent bénigne ou spontanément résolutive, les cas asymptomatiques pourraient transmettre la maladie sans le savoir. On pense que les épidémies en Afrique centrale ont été causées par un contact étroit avec des animaux dans des régions voisines des forêts. Alors que les singes ne sont peut-être que des hôtes accidentels, le réservoir n’est pas connu. On pense que les rongeurs et les primates non humains pourraient être des réservoirs potentiels.

Le virus mute-t-il ?

Le virus Monkeypox est un virus à ADN avec un assez grand génome d’environ 2 00 000 bases nucléotidiques. Bien qu’il s’agisse d’un virus à ADN, le taux de mutations du virus de la variole du singe est nettement inférieur (~ 1 à 2 mutations par an) par rapport aux virus à ARN comme le SRAS-CoV-2. Le faible taux de mutation limite donc la large application de la surveillance génomique pour fournir des indices détaillés sur les réseaux de transmission du monkeypox, contrairement à ce qui était possible pour le SARS-CoV-2.

Un certain nombre de séquences génomiques ces dernières années en Afrique et dans le monde suggèrent qu’il existe deux clades distincts du virus – le clade du bassin du Congo / Afrique centrale et le clade ouest-africain. Chacun des clades a en outre de nombreuses lignées. On pense que le clade du bassin Afrique centrale/Congo a une transmission et une virulence plus élevées que le clade ouest-africain. Il est remarquable et remarquable que l’énorme capacité et l’expertise dans le séquençage et l’analyse des séquences génomiques d’agents pathogènes viraux construits pendant la pandémie de COVID-19 se soient révélées utiles pour enquêter sur les épidémies actuelles.

Que disent les génomes ?

Avec plus d’une douzaine de séquences génomiques de monkeypox désormais disponibles dans le monde entier en raison de l’épidémie actuelle, il est rassurant de constater que les séquences sont assez identiques les unes aux autres, ce qui suggère que seules quelques introductions ont entraîné la propagation actuelle des cas. De plus, presque tous les génomes proviennent du clade ouest-africain, qui a beaucoup moins de mortalité que celui de l’Afrique centrale.

Cela corrobore également à peu près la compréhension épidémiologique selon laquelle les principales congrégations du passé récent ont contribué à la transmission généralisée dans différents pays. Alors que contrairement au COVID-19, la lenteur des mutations nous empêche d’utiliser des séquences génomiques pour le traçage fin des réseaux de contact, les séquences appartiennent en grande partie à la lignée ouest-africaine du virus, qui s’est avérée associée à une virulence moindre. Les génomes du virus présentent également une similitude très étroite avec ceux de la récente épidémie au Nigeria au cours de la période 2017-2019, ce qui suggère que l’épidémie actuelle n’est pas provoquée par une nouvelle variante particulière, mais peut-être liée à des réseaux de transmission uniques.

A-t-il un vaccin efficace ?

Il est rassurant d’en savoir beaucoup plus sur le virus et ses modes de transmission. Nous avons également des moyens efficaces de prévenir la propagation, y compris un vaccin. Le vaccin contre la variole/vaccinie offre une protection. Alors que le vaccin a été interrompu en 1980 suite à l’éradication de la variole, des stocks d’urgence de vaccins sont maintenus par de nombreux pays. Les individus plus jeunes sont peu susceptibles d’avoir reçu le vaccin et sont donc potentiellement sensibles au monkeypox, ce qui pourrait expliquer en partie son émergence chez les individus plus jeunes.

Apprendre de l’énorme richesse des connaissances des pays africains qui ont efficacement géré les épidémies de monkeypox dans le passé contribuerait grandement à contenir l’épidémie actuelle. Bien que nous ayons de nombreux moyens efficaces de contenir l’épidémie, y compris la recherche des contacts et un vaccin, les efforts visant à combler le fossé en matière de santé, de connaissances, d’expérience et d’infrastructure pourraient contribuer à un impact durable dans la prévention et la gestion des futures épidémies et contribuer à une et la santé publique mondiale.

Les auteurs sont des chercheurs du CSIR Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB). Toutes les opinions exprimées sont personnelles.

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