Les scientifiques ont découvert que les variantes de Salmonella peuvent avoir des effets différents sur la santé des porcs et les risques qu’ils présentent pour la sécurité alimentaire.
Deux types étroitement liés de Salmonella Typhimurium, appelés U288 et type séquence (ST) 34, sont particulièrement dominants chez les porcs et diffèrent par la colonisation de l’intestin et des tissus environnants et la gravité de la maladie qu’ils produisent. La variante ST34 représente plus de la moitié de toutes les infections humaines à Salmonella Typhimurium au Royaume-Uni, tandis que l’U288 est rarement associé à une infection humaine.
Le professeur Rob Kingsley du Quadram Institute et le professeur Mark Stevens du Roslin Institute ont travaillé avec des scientifiques de l’Earlham Institute pour étudier les variantes courantes de Salmonella chez les porcs au Royaume-Uni.
En utilisant le séquençage du génome entier, l’équipe de recherche a découvert que les deux types de Salmonella Typhimurium circulent chez les porcs britanniques depuis 2003. Les chercheurs ont précédemment examiné l’émergence et la propagation de Salmonella chez les porcs.
Prédire les stratégies de risque et de contrôle
Dans l’industrie porcine, elle peut avoir un impact sur la santé et le bien-être des porcs et avoir des effets potentiels sur la productivité. Salmonella Typhimurium est relativement courante dans les troupeaux de porcs et les procédés dans les abattoirs tentent de prévenir la contamination de la viande destinée à la chaîne alimentaire.
Les résultats de l’étude, publiés dans la revue Communications Biology, pourraient aider à prédire le risque de variantes de Salmonella pour les animaux et les humains, et aider les stratégies de prévention ou de contrôle des infections.
«Comprendre comment des variantes de Salmonella émergent et identifier les signatures génétiques responsables de l’adaptation à différents hôtes et la capacité de produire des maladies offrira des opportunités pour améliorer les diagnostics et la surveillance. Cela aidera à son tour à prédire le risque que posent les variantes de Salmonella pour la santé animale et la sécurité alimentaire », a déclaré Stevens.
L’étude a analysé la composition génétique des souches de Salmonella isolées chez les porcs et les humains, pour identifier les variantes et comprendre comment elles ont évolué et se comportent. Des échantillons ont été prélevés sur des infections cliniques humaines lors du diagnostic de routine et sur des animaux lors de la surveillance de routine.
Cela comprenait 1826 isolats de Salmonella Typhimurium provenant d’infections humaines en Angleterre et au Pays de Galles entre avril 2014 et décembre 2015 et 79 souches de Salmonella Typhimurium U288 isolées d’animaux au Royaume-Uni en 2014 et 2015 dans le cadre de la surveillance APHA et 77 autres de 2005 à 2016.
Différences de souches
Les travaux ont impliqué Public Health England et l’Agence pour la santé animale et végétale (APHA) et ont été financés par le Conseil de recherche sur la biotechnologie et les sciences biologiques.
Des bactéries ST34 considérablement plus viables ont été récupérées après dessiccation pendant 24 heures, par rapport à U288. La Salmonella Typhimurium ST34 monophasique s’est également répliquée à un taux plus élevé que l’U288 en culture, un trait qui, selon les experts, pourrait entraîner un niveau plus élevé de contamination dans les aliments.
La variante U288 a évolué pour acquérir des gènes associés à la résistance aux antimicrobiens et aux variations de molécules liées à la virulence ainsi qu’à une croissance plus lente en laboratoire.
«Nous avons déjà vu ces types de changements dans des variantes de Salmonella qui se sont adaptées à des espèces hôtes spécifiques et provoquent une maladie plus invasive, y compris le type de Salmonella qui provoque la fièvre typhoïde chez les humains mais n’affecte pas les autres espèces», a déclaré Kingsley.
«L’une des découvertes intéressantes est la rapidité avec laquelle les agents pathogènes peuvent s’adapter, et comment même quelques changements génomiques peuvent conduire à des résultats de maladie très différents», a déclaré le Dr Matt Bawn, chercheur dans l’étude basée à l’Earlham Institute et au Quadram Institute.
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