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Nouvelle variante de coronavirus trouvée au Bengale occidental

by Les Actualites

Des variants de coronavirus porteurs de certaines des mutations associées à B.1.618 ont également été trouvés aux États-Unis, en Suisse, à Singapour et en Finlande.

Avec les élections en cours au Bengale occidental, les scientifiques rapportent l’émergence d’une nouvelle lignée de coronavirus qui pourrait comprendre jusqu’à 15% des génomes de l’État de janvier à mars.

La nouvelle variante, B.1.618, possède une mutation majeure appelée E484K – trouvée dans plusieurs des variantes préoccupantes identifiées au niveau international – qui l’aident à échapper au système immunitaire et éventuellement à compromettre l’efficacité du vaccin.

Le 8 avril, INSACOG (Indian SARS-CoV-2 Consortium on Genomics), un groupe de 10 laboratoires indiens travaillant à travers le pays sur le séquençage des génomes de patients atteints de coronavirus, a nommé un “ double variant mutant ” comme B.1.617 qui contient deux mutations, E484Q et un autre L245R. Bien que d’autres études soient en cours, on soupçonne que cette variante, dont les mutations ont également été trouvées dans des variantes dans d’autres pays, pourrait jouer un rôle important dans l’augmentation exponentielle de près d’un mois dans les cas qui voient maintenant plus de 270000 nouvelles infections par jour, le plus au monde, et met à rude épreuve l’infrastructure sanitaire de l’Inde.

Le B.1.618 a été isolé pour la première fois le 25 octobre 2020 et plus récemment le 17 mars.

Des variants de coronavirus porteurs de certaines des mutations associées à B.1.618 ont également été trouvés aux États-Unis, en Suisse, à Singapour et en Finlande. Alors que des mutations se produisent dans toutes les parties du génome du coronavirus, les changements clés de la protéine de pointe – qui aident le virus à mieux se lier aux cellules du corps – sont les plus étroitement suivis. Dans le cas de B.1.618, il existe quatre mutations caractéristiques de la protéine de pointe associées à une infectivité accrue et à une fuite immunitaire.

«La proportion de B.1.618 a considérablement augmenté ces derniers mois au Bengale occidental», a déclaré Vinod Scaria, qui étudie les mutations génomiques au CSIR-Institut de génomique et de biologie intégrative (IGIB) sur Twitter, ajoutant «avec B.1.617 il forme une lignée majeure au Bengale occidental. » L’IGIB fait partie de l’INSACOG.

Les échantillons détaillant la structure génétique du virus ont été collectés par l’Institut national de génomique biomédicale (NIBG), Kalyani, Bengale occidental – également un laboratoire INSACOG. Bien que son objectif soit d’échantillonner 5% des échantillons de coronavirus, le consortium a échantillonné environ 1%.

M. Scaria a ajouté qu’à l’heure actuelle, il n’y avait pas de preuve «concluante» que la lignée était le moteur de l’épidémie au Bengale occidental, à part le fait que les nombres et les proportions étaient en augmentation.

Comme d’autres États, le Bengale occidental a également connu une forte augmentation des cas. Le 1er avril, il signalait 829 cas par jour et cela a depuis grimpé à 7 000 cas par jour avec 53 000 cas actifs signalés mardi. Cela a incité certains partis d’opposition à annoncer leur retrait des campagnes et à appeler au club les phases restantes du scrutin.

Partha Majumdar, généticienne et ancienne directrice du NIBG a déclaré que bien que la variante se propage rapidement, elle ne peut à elle seule être liée à l’accélération des cas au Bengale occidental. “Les mutations jouent un rôle mais comme seulement 15% des personnes infectées sont porteuses du B.1.618, elles ne peuvent à elles seules expliquer la poussée.”

Les 15% ne représentent que le nombre d’échantillons dont les données ont été partagées par des scientifiques indiens sur le référentiel mondial GISAID, un forum permettant aux chercheurs du monde entier de collecter des données et de suivre les variantes et les souches émergentes. Malgré son grand nombre de cas, il y a relativement moins d’échantillons et de détails de leurs informations génétiques régulièrement téléchargés hors de l’Inde.

Certains laboratoires ont commencé à tester le virus, contenant ces mutations, pour voir s’ils sont efficaces contre les mutations.

Rakesh Mishra du Center for Cellular and Molecular Biology, Hyderabad, a déclaré que l’institut testait le plasma de ceux inoculés avec Covishield et Covaxin contre des variantes du virus pour vérifier s’il échappait aux anticorps.

Des études jusqu’à présent ont montré que les vaccins Novavax, Johnson et Johnson et Pfizer étaient moins efficaces contre le variant sud-africain, qui contient la mutation E484K. Certains fabricants de vaccins sont déjà en train de développer des vaccins qui expliqueraient la mutation.

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