jeÇa commence à ressembler beaucoup à Noël dernier. Le nombre de cas d’une nouvelle variante de Covid explose à travers le Royaume-Uni, et le Premier ministre avertit que des restrictions pourraient être nécessaires. Mais alors que la menace d’Omicron dépasse probablement celle des variantes précédentes, nos outils pour suivre et combattre le virus ont également progressé depuis l’année dernière.
Le monde a été alerté sur Omicron par les scientifiques botswanais et sud-africains qui ont séquencé pour la première fois la nouvelle variante le 24 novembre, et il a été désigné comme une variante préoccupante par l’Organisation mondiale de la santé deux jours plus tard. Il leur était immédiatement évident qu’ils avaient quelque chose d’alarmant entre les mains lorsqu’ils ont vu le grand nombre de mutations dans le génome d’Omicron.
Plus de 20 mutations différencient Omicron de Delta, la variante qui a dominé la pandémie depuis l’été 2021. Et beaucoup de ces mutations se trouvent dans des sites qui modifient la façon dont le virus interagit avec notre système immunitaire ou qui augmentent la transmissibilité.
Ces scientifiques ont réalisé que les mutations signifiaient que la nouvelle variante serait susceptible d’infecter des personnes qui avaient été vaccinées et pourrait même réinfecter des personnes qui avaient déjà eu Covid-19. Et les cas de Covid-19 augmentaient rapidement dans la province du Gauteng en Afrique du Sud.
À cause de toutes ces mutations, Omicron se trouve au bout d’une longue branche dans l’arbre généalogique de Covid-19 – comme un cousin à l’allure assez étrange qui ne semble pas s’intégrer au reste de la famille. Il y a trois explications possibles quant à l’origine de cette variante et comment elle a réussi à accumuler autant de mutations tout en restant cachée.
Cela a peut-être évolué dans une partie du monde qui fait peu de séquençage de virus – l’inégalité de séquençage signifie que nous manquons les premières opportunités de détecter de nouvelles variantes à partir de nombreux endroits. Ou il peut survenir après qu’un humain a infecté une population animale, permettant au virus de muter dans un nouvel environnement sans surveillance, puis de nous être retransmis.
Ou, très probablement, la variante peut provenir d’un patient Covid-19 chroniquement infecté avec un système immunitaire affaibli – une personne vivant avec le VIH, par exemple, ou un patient suivant un traitement contre le cancer. Une telle situation permettrait au virus d’accumuler des mutations sans être défié par une réponse immunitaire normale. On pense que la variante Alpha qui a ravagé le Royaume-Uni à Noël dernier a évolué chez un patient chroniquement infecté.
La première infection à Omicron au Royaume-Uni a été signalée le 27 novembre, quelques jours seulement après que la variante a été identifiée pour la première fois en Afrique. La UK Health Security Agency (UKHSA) et le consortium Covid-19 Genomics UK (Cog-UK) suivent les génomes de Covid-19 depuis le début de la pandémie. Un test PCR régulier ne lit pas l’intégralité de la séquence génétique du virus, donc une proportion de tous les diagnostics de Covid-19 sont entièrement séquencés afin de détecter les mutations inquiétantes et d’identifier les variantes préoccupantes, ce qui nous permet de suivre la propagation du virus et en évolution, afin d’éclairer les politiques.
Cela nous a bien servi tout au long de la pandémie. Dès qu’Alpha a été identifié en décembre 2020, les analyses comparant sa propagation aux variantes précédentes ont montré qu’il était beaucoup plus transmissible. Il était clair que les restrictions déjà en place contre d’autres variantes étaient insuffisantes pour bloquer la propagation d’Alpha, et cette découverte a conduit au troisième verrouillage national en janvier 2021 et à une énorme baisse du nombre de cas quotidiens.
En mars 2021, lorsque la variante Delta a été détectée au Royaume-Uni, elle présentait des mutations dans son génome qui, selon les scientifiques, la rendraient beaucoup plus transmissible qu’Alpha. Une analyse coordonnée par l’UKHSA par l’intermédiaire de son groupe d’experts en modélisation a montré que même si Delta était encore plus transmissible qu’Alpha, les vaccins fonctionnaient également bien contre elle. Pour cette raison, le Royaume-Uni a modifié sa politique en matière de vaccins, accélérant l’administration des deuxièmes doses. Fin juin, Delta représentait presque tous les cas de Covid-19 au Royaume-Uni, et bien que le nombre de cas ait considérablement augmenté, les décès n’ont pas augmenté.
La découverte d’Omicron – et la découverte qu’il est capable d’échapper à l’immunité chez les personnes avec deux doses de vaccin – a également entraîné un changement de politique, cette fois avec l’accélération du programme de rappel.
Le défi actuel consiste à déterminer si la propagation rapide d’Omicron est due au fait que le variant est plus transmissible en général, ou parce qu’il est capable d’infecter des personnes qui ont déjà été vaccinées ou infectées. L’équilibre de ces deux facteurs déterminera comment Omicron se propagera dans les populations qui n’ont pas l’immunité de l’Afrique du Sud et du Royaume-Uni.
Les chercheurs tentent également d’évaluer la gravité des infections Omicron par rapport aux infections Delta, mais cela prendra du temps car les personnes infectées par Omicron cette semaine ne seront pas admises à l’hôpital avant une semaine ou plus. Ces résultats permettront au Royaume-Uni et à d’autres pays de déterminer l’ampleur et le calendrier des afflux d’hôpitaux, afin que nous puissions être mieux préparés.
Même si cette vague d’avant Noël peut sembler similaire à celle de l’année dernière, nous sommes dans une bien meilleure position qu’il y a 12 mois. Surtout, nous avons des vaccins qui réduisent considérablement la gravité de la maladie. Alors que le nombre de cas est sans précédent et en augmentation, les personnes vaccinées présentent jusqu’à présent des symptômes encore plus légers que lors des vagues précédentes.
Et Omicron a été détecté beaucoup plus rapidement que les variantes précédentes. Nous avons pu évaluer rapidement son risque sur la base de notre compréhension croissante des mutations du virus. Enfin, nous avons rationalisé les processus d’agrégation et d’analyse des données, ce qui nous permet de faire des prévisions opportunes et réalistes de l’impact des politiques.
Les épidémies précédentes (telles que la polio, la rougeole ou la grippe de 1918) n’ont été étudiées que rétrospectivement par les épidémiologistes. Pendant cette pandémie, nous sommes dans une course aux armements réels contre le virus, adaptant nos outils contre lui en temps réel alors que nous décodons son génome. Néanmoins, c’est une bataille qui ne peut pas être menée uniquement par les scientifiques, et il reste essentiel que nous continuions à déployer toutes nos défenses : en se faisant vacciner, en évitant les espaces clos et bondés, en réduisant les contacts, en testant lorsque recommandé, et en continuant à porter des masques.
