Ces derniers jours, des scientifiques ont signalé qu’un hybride des variantes de coronavirus Omicron et Delta a fait son apparition dans plusieurs pays d’Europe. Voici ce que l’on sait jusqu’à présent sur l’hybride, qui a repris les surnoms frankensteiniens de Deltamicron ou Deltacron.
Comment a-t-il été trouvé ?
En février, Scott Nguyen, un scientifique du Washington, DC, Public Health Laboratory, inspectait GISAID, une base de données internationale sur les génomes des coronavirus, lorsqu’il a remarqué quelque chose d’étrange.
Il a trouvé des échantillons prélevés en France en janvier que les chercheurs avaient identifiés comme un mélange de variantes Delta et Omicron. Dans de rares cas, les gens peuvent être infectés par deux variantes de coronavirus à la fois. Mais lorsque le Dr Nguyen a examiné attentivement les données, il a trouvé des indices que cette conclusion était erronée.
Au lieu de cela, il a semblé au Dr Nguyen que chaque virus de l’échantillon portait en fait une combinaison de gènes des deux variantes. Les scientifiques appellent ces virus recombinants. Lorsque le Dr Nguyen a cherché le même modèle de mutations, il a trouvé plus de recombinants possibles aux Pays-Bas et au Danemark. “Cela m’a amené à soupçonner que ceux-ci pourraient être réels”, a-t-il déclaré dans une interview.
Le Dr Nguyen a partagé ses découvertes sur un forum en ligne appelé cov-lineages, où les scientifiques s’entraident pour suivre de nouvelles variantes. Ces collaborations sont essentielles pour vérifier d’éventuelles nouvelles variantes : un supposé recombinant Delta-Omicron trouvé en janvier à Chypre s’est avéré être un mirage résultant d’un travail de laboratoire défectueux.
“Il y a beaucoup de preuves qui sont nécessaires pour montrer que c’est réel”, a déclaré le Dr Nguyen.
Il s’est avéré que le Dr Nguyen avait raison.
“Ce jour-là, nous nous sommes précipités pour vérifier ce qu’il soupçonnait”, a déclaré Etienne Simon-Lorière, virologue à l’Institut Pasteur de Paris, dans une interview. “Et, oui, nous avons rapidement confirmé que c’était le cas.”
Depuis, le Dr Simon-Loriere et ses collègues ont trouvé d’autres échantillons du virus recombinant. Ils ont finalement obtenu un échantillon congelé à partir duquel ils ont réussi à développer de nouveaux recombinants en laboratoire, qu’ils étudient actuellement. Le 8 mars, les chercheurs ont publié le premier génome du recombinant sur GISAID.
Où le nouvel hybride a-t-il été trouvé ?
Dans une mise à jour du 10 mars, une base de données internationale de séquences virales fait état de 33 échantillons du nouveau variant en France, huit au Danemark, un en Allemagne et un aux Pays-Bas.
Comme indiqué pour la première fois par Reuters, la société de séquençage génétique Helix a découvert deux cas aux États-Unis. Le Dr Nguyen a déclaré que lui et ses collègues jetaient un regard neuf sur certaines séquences de bases de données des États-Unis dans le but de trouver plus de cas.
Est-ce dangereux?
L’idée d’un hybride entre Delta et Omicron peut sembler inquiétante. Mais il y a plusieurs raisons de ne pas paniquer.
“Ce n’est pas une nouvelle préoccupation”, a déclaré le Dr Simon-Lorière.
D’une part, le recombinant est extrêmement rare. Bien qu’il existe depuis au moins janvier, il n’a pas encore montré sa capacité à croître de façon exponentielle.
Le Dr Simon-Loriere a déclaré que le génome de la variante recombinante suggérait également qu’il ne représenterait pas une nouvelle phase de la pandémie. Le gène qui code pour la protéine de surface du virus – connue sous le nom de spike – provient presque entièrement d’Omicron. Le reste du génome est Delta.
La protéine de pointe est la partie la plus importante du virus lorsqu’il s’agit d’envahir les cellules. C’est aussi la cible principale des anticorps produits par les infections et les vaccins. Ainsi, les défenses que les gens ont acquises contre Omicron – par le biais d’infections, de vaccins ou des deux – devraient tout aussi bien fonctionner contre le nouveau recombinant.
“La surface des virus est super-similaire à Omicron, donc le corps le reconnaîtra aussi bien qu’il reconnaît Omicron”, a déclaré le Dr Simon-Loriere.
Les scientifiques soupçonnent que le pic distinctif d’Omicron est également en partie responsable de sa faible probabilité de provoquer une maladie grave. La variante l’utilise pour envahir avec succès les cellules du nez et des voies respiratoires supérieures, mais elle ne réussit pas aussi bien au fond des poumons. Le nouveau recombinant peut afficher le même penchant.
Le Dr Simon-Loriere et d’autres chercheurs mènent des expériences pour voir comment le nouveau recombinant se comporte dans des boîtes de cellules. Des expériences sur des hamsters et des souris fourniront plus d’indices. Mais ces expériences ne donneront pas d’informations avant plusieurs semaines.
“C’est tellement récent que nous n’avons aucun résultat”, a déclaré le Dr Simon-Lorière.
D’où viennent les virus recombinants ?
Les gens sont parfois infectés par deux versions du coronavirus à la fois. Par exemple, si vous allez dans un bar bondé où plusieurs personnes sont infectées, vous risquez d’inhaler des virus provenant de plusieurs d’entre elles.
Il est possible que deux virus envahissent la même cellule en même temps. Lorsque cette cellule commence à produire de nouveaux virus, le nouveau matériel génétique peut être mélangé, produisant potentiellement un nouveau virus hybride.
Il n’est probablement pas rare que les coronavirus se recombinent. Mais la plupart de ces remaniements génétiques seront des impasses évolutives. Les virus avec des mélanges de gènes peuvent ne pas se comporter aussi bien que leurs ancêtres.
L’appelons-nous vraiment Deltacron ?
Pour l’instant, certains scientifiques se réfèrent au nouvel hybride comme étant le recombinant AY.4/BA.1. Cela changera probablement dans les semaines à venir.
Une coalition de scientifiques a mis au point un système pour nommer officiellement les nouvelles lignées de coronavirus. Ils donnent aux virus recombinants une abréviation à deux lettres commençant par X. XA, par exemple, est un hybride né en décembre 2020 d’un mélange de la variante Alpha et d’une autre lignée de coronavirus appelée B.1.177.
Il est probable que le nouveau recombinant du Dr Nguyen sera désigné XD.
Mais le 8 mars, ce processus s’est embrouillé lorsqu’une deuxième équipe de chercheurs français a mis en ligne une étude avec leur propre analyse du même recombinant. Comme le Dr Simon-Lorière et ses collègues, ils ont isolé le virus. Mais dans le titre de leur étude, qui n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique, ils l’ont appelée Deltamicron.
Le Dr Nguyen a critiqué l’équipe pour ne pas avoir crédité l’équipe du Dr Simon-Lorière pour avoir partagé à l’origine les premiers génomes de virus recombinants. Il a également critiqué les scientifiques pour avoir déchaîné des surnoms sinistres pour le recombinant qui ont été immédiatement repris dans des articles de presse et publications sur les réseaux sociaux prétendant qu’il s’agissait d’un canular ou qu’il avait été produit dans un laboratoire.
“Ces noms non conventionnels attisent un nid de frelons de théories du complot”, a déclaré le Dr Nguyen.
Il reste à voir à quel point le nom XD colle.
