Un cas d’interférence virale ?

Trois ans après le début de la pandémie, Covid-19 est toujours aussi fort, provoquant vague après vague alors que le nombre de cas monte en flèche, diminue, puis remonte à nouveau. Mais l’automne dernier a vu quelque chose de nouveau – ou plutôt, quelque chose d’ancien : le retour de la grippe. De plus, le virus respiratoire syncytial (VRS) – un virus qui fait peu la une des journaux les années normales – s’est enflammé dans sa propre poussée, créant une «triple épidémie».

Les poussées de ces anciens ennemis ont été particulièrement frappantes car la grippe et le VRS ont pratiquement disparu au cours des deux premiers hivers de la pandémie. Encore plus surprenant, une version particulière de la grippe a peut-être disparu au début de la pandémie de Covid. Le programme de surveillance de l’Organisation mondiale de la santé n’a pas définitivement détecté la souche de grippe B/Yamagata depuis mars 2020. « Je ne pense pas que quiconque va se mettre en quatre et dire que c’est parti pour l’instant », déclare Richard Webby, virologue à St Hôpital de recherche pour enfants Jude à Memphis. Mais, ajoute-t-il, “nous espérons qu’il a été évincé”. Une telle extinction serait un événement super rare, dit Webby.

Mais ensuite, les dernières années ont été des moments très inhabituels pour les relations homme-virus, et les confinements et les masques ont largement contribué à empêcher la grippe et le VRS de s’infiltrer dans les narines humaines. Pourtant, Webby pense qu’un autre facteur a pu les tenir à distance pendant que Covid faisait rage. C’est ce qu’on appelle l’interférence virale, et cela signifie simplement que la présence d’un virus peut en bloquer un autre.

L’interférence virale peut se produire dans des cellules individuelles en laboratoire, ainsi que chez des animaux et des personnes exposés à plusieurs virus – mais elle peut également se produire dans des populations entières, si suffisamment de personnes contractent un virus pour qu’il entrave l’épanouissement des autres à grande échelle . Il en résulte des vagues d’infections par des virus individuels qui dominent à tour de rôle. “En regardant en arrière au cours des deux dernières années, je suis assez confiant pour dire que Covid peut certainement bloquer la grippe et le VRS”, déclare Webby.

Ce ne serait pas la première fois que des scientifiques observent de tels schémas. En 2009, par exemple, le virus à craindre était la grippe porcine, qui était passée des porcs aux humains au printemps de cette année-là. Il semblait sur le point de s’accélérer à l’arrivée de l’automne – mais soudain, dans certaines parties de l’Europe, il a stagné. Le rhinovirus, responsable du rhume et probablement propagé par les enfants qui retournent à l’école, a occupé le devant de la scène pendant une série de semaines avant que la grippe porcine ne reprenne le dessus. Cette souche de grippe a ensuite retardé la hausse typique du VRS en automne jusqu’à deux mois et demi.

Interférence de course

Les interférences peuvent se produire dans le corps de plusieurs façons. L’un se produit lorsque deux virus utilisent la même molécule pour pénétrer dans les cellules hôtes. Si le virus A arrive le premier et s’accroche à toutes ces poignées de porte moléculaires, alors le virus B n’aura pas de chance.

Un autre type d’interférence peut se produire si deux virus se disputent les mêmes ressources à l’intérieur de la cellule, comme la machinerie pour fabriquer de nouvelles protéines virales ou les moyens de s’échapper de cette cellule pour en infecter d’autres. “Considérez cela comme une course entre deux virus”, déclare Webby.

Mais la méthode d’interférence la mieux comprise concerne une molécule défensive appelée interféron qui est fabriquée par les cellules de tous les animaux avec une colonne vertébrale (et peut-être aussi certains invertébrés). En effet, l’interférence virale est la raison pour laquelle l’interféron tire son nom. Quand une cellule détecte un virus, n’importe quel virus, elle commence à produire de l’interféron. Et cela, à son tour, active une multitude de gènes défensifs. Certains des produits de ces gènes agissent à l’intérieur de la cellule ou à ses limites, où ils empêchent d’autres virus d’entrer et empêchent les virus déjà présents de se répliquer ou de sortir de la cellule.

Les cellules sécrètent de l’interféron dans leur environnement, avertissant les autres cellules de monter leur garde. Le résultat de tout cela : si un deuxième virus survient, les cellules ont déjà leurs défenses activées et elles peuvent peut-être l’éliminer.

Ce message « méfiez-vous » peut se propager dans tout le corps. Ainsi, en théorie, contracter un virus respiratoire tel que le rhinovirus pourrait activer des défenses dans, disons, l’intestin, protégeant la même personne d’un virus entièrement différent, tel que le norovirus. Mais la situation variera en fonction des virus impliqués, de la quantité d’interféron produite et d’autres facteurs. “La plupart des virus eux-mêmes ont des moyens de neutraliser le système d’interféron”, explique Ganes Sen, virologue à la Cleveland Clinic dans l’Ohio, qui a écrit sur les interactions entre l’interféron et les virus pour le Revue annuelle de virologie en 2015. “C’est un bras de fer.”

Les scientifiques étudient ce va-et-vient chez les animaux et d’autres systèmes en laboratoire. Par exemple, Ellen Foxman, immunologiste à la Yale School of Medicine, étudie les interactions virales dans des tissus cultivés en laboratoire à partir de vraies cellules des voies respiratoires humaines. Dans une expérience, elle a étudié la grippe porcine et un représentant typique de la famille des rhinovirus. Lorsque les chercheurs ont d’abord infecté les tissus humains avec le rhinovirus, puis avec la grippe porcine, l’interféron a empêché la grippe de s’implanter. Dans des études similaires, elle a découvert que l’infection par le rhinovirus interférait également avec l’infection ultérieure par le SRAS-CoV-2.

Il est difficile d’extrapoler des tissus en laboratoire aux personnes ou aux populations, mais Foxman pense que les études reflètent la vérité biologique. “Il est probable que si vous contractez une infection par le rhinovirus, cela vous rendra relativement résistant à un autre virus pendant un certain temps”, dit-elle. Foxman suppose que l’effet protecteur dure probablement des jours ou des semaines.

Mais ne comptez pas sur un rhume qui vous accordera une immunité temporaire contre d’autres virus. L’interférence n’est pas garantie : il est certainement possible d’attraper plus d’un virus en même temps. Et l’interféron n’est pas toujours bénéfique non plus; parfois, cela peut rendre les gens plus sensibles à l’infection, pas moins. Un exemple bien connu est que la grippe rend les gens plus sensibles à une infection bactérienne secondaire.

Dans la pandémie en cours, il est encore difficile de dire quel rôle, le cas échéant, l’interférence a joué dans l’arrêt du VRS et de la grippe dans les populations du monde entier. Lors de la première vague de Covid en 2020, Foxman pense qu’il n’y avait pas assez de personnes atteintes de Covid pour qu’il interfère avec d’autres virus à grande échelle. (Le RSV a connu un pic estival inhabituel en 2021 alors que les gens assouplissent le masquage et d’autres précautions.)

Mais au deuxième hiver Covid, en 2021-22, Webby pense voir des preuves d’interférence au niveau de la population. La grippe commençait à reprendre à l’automne, dit-il, mais la variante omicron de Covid a fait irruption sur la scène. Les taux de grippe ont chuté – même si les gens étaient de retour au travail et à l’école et voyageaient pour les vacances. Le coronavirus avait un gros avantage cette saison-là, dit-il, car de nombreuses personnes n’y étaient toujours pas immunisées. Cela ne signifie pas que Covid éliminera toujours la grippe à l’avenir.

Dans le troisième hiver Covid en cours dans l’hémisphère nord, les conditions sont encore différentes. De nombreuses personnes sont désormais immunisées contre Covid, suite à un combat récent ou à la vaccination, mais moins ont connu le VRS ou la grippe dans la mémoire récente. Cela a préparé le terrain pour que la grippe et le RSV organisent un double retour massif, frappant tôt et durement.

Toute interférence potentielle au cours de l’hiver tripledémique 2022-23 deviendra plus évidente une fois que les épidémiologistes pourront revenir sur la saison et voir si chaque virus a pris son tour. Déjà, il y a des indicateurs que les poussées automnales de VRS et de grippe pourraient avoir culminé, tandis que Covid est en hausse après les vacances d’hiver. Mais il reste encore plusieurs mois froids à venir, offrant de nombreuses opportunités à l’un des trios de se relever.

Ambre Danse est un Magazine connaissable contributeur à Los Angeles. Chaque fois qu’elle est malade, elle s’émerveille de la capacité de minuscules virus à l’anéantir.

Cet article a été initialement publié dans Knowable Magazine le 12 janvier 2023. Knowable Magazine est une entreprise journalistique indépendante d’Annual Reviews, un éditeur à but non lucratif dédié à la synthèse et à l’intégration des connaissances pour le progrès de la science et le bénéfice de la société. Inscrivez-vous à la newsletter de Knowable Magazine.