Ces technologues tentent de faire de l’évaluation des risques liés au COVID-19 une science

Au cours de la pandémie, les autorités de santé publique ont fait de leur mieux pour fournir des directives sur ce qui est ou n’est pas sûr. C’est un travail difficile, pour de nombreuses raisons, dont la moindre n’est pas que la compréhension scientifique du virus COVID-19 et de sa transmission évolue constamment, tout comme les conditions sur le terrain. De plus, l’idée que les activités peuvent être classées comme étant définitivement sûres ou définitivement dangereuses est, de toute évidence, une simplification excessive. Comment décidez-vous alors de ce qui est acceptable ?

Heureusement, un groupe de techniciens bénévoles qui s’appelle tLe projet microCOVID offre un cadre dans lequel prendre des décisions scientifiques sur le comportement quotidien approprié à la lumière du risque que chacun pose d’être infecté par le SRAS-CoV-2. Les outils en ligne du groupe prennent en compte suffisamment de détails pour rendre ces évaluations significatives sans être accablants en termes de quantité de commentaires que vous devez fournir.

L’un des contributeurs au projet micoCOVID est Benjamin Shaya, qui a bien voulu discuter de l’origine et de l’évolution de ce projet avec Spectre.

Spectre IEEE : Pourriez-vous prendre un moment pour décrire ce qu’est le calculateur microCOVID ?

Shaya : La calculatrice microCOVID est un outil Web d’une seule page où vous pouvez entrer des détails sur une activité ou un travail ou une rencontre prolongée avec une personne, comme vivre avec elle ou sortir avec elle, et obtenir une estimation de la probabilité que vous en tiriez COVID. interaction.

Combien d’utilisateurs le calculateur microCOVID compte-t-il ?

Nous obtenons environ 2 000 pages vues par jour pour environ 1 400 visiteurs uniques. Mais l’utilisation a atteint environ le double de ce nombre autour de Thanksgiving.

Et les gens utiliseraient cette calculatrice dans le cadre d’une sorte de budget de risque, n’est-ce pas ?

Oui. Le calculateur de microCOVID vous donne un nombre : le nombre de microCOVID, où un microCOVID représente un millionième de chance d’attraper COVID. Pour prendre une décision, vous définissez les résultats en fonction de votre budget : combien de microCOVID vous êtes prêt à accumuler par semaine, par an, par vie, de la même manière que vous budgétiseriez avec des dollars.

Parle-moi de toi.

Je suis ingénieur logiciel de formation et ingénieur électricien de formation. Maintenant, je travaille pour Google, où j’ai passé la majeure partie de ma carrière.

Pouvez-vous également me parler de vos collaborateurs dans le projet microCOVID ?

L’équipe d’origine est un groupe de six personnes qui vivaient ensemble dans une maison appelée « Ibasho » dans le district missionnaire de San Francisco. C’est une référence au roman de science-fiction d’Ada Palmer Trop comme la foudre [Tor Books, 2016]. Dans ce livre, les gens vivent avec les personnes qu’ils choisissent d’être leur famille, pas leur famille biologique.

Même avant le début des abris sur place, ce groupe était au courant des nouvelles en provenance de Wuhan. Certains d’entre eux sont de bons amis avec des personnes qui travaillent dans le domaine de la biosécurité qui ont sonné l’alarme dès janvier et février 2020 que quelque chose allait se passer. Si cela frappe les États-Unis, ont-ils réalisé, nous allons verrouiller.

Puis, en mars 2020, ils se sont enfermés et ils ont pensé : « Eh bien, ça craint. Nous voulons voir nos amis. Nous voulons voir nos partenaires.

Pendant les quatre mois suivants, ils négociaient essentiellement tout ce que les gens pouvaient faire, et ils ont proposé ce module qui comprenait moi-même et quelques autres personnes, ce qui nous a permis de voir un petit nombre de personnes qui ne vivaient pas dans la maison . Il s’accompagnait d’un tas de règles, par exemple : « Ne faites pas plus qu’autant de promenades avec autant de personnes » et « Signalez si vous avez de la fièvre ».

Vous établissez toutes ces règles, puis tout le monde demande une exception : puis-je voir un dentiste ? Puis-je me faire couper les cheveux ? Le colocataire qui n’a pas de partenaire peut-il sortir avec une nouvelle personne ?

De quelle manière ces personnes étaient-elles qualifiées pour déterminer les règles appropriées pour assurer leur sécurité ?

Par aucune qualification standard, ils ne l’étaient pas. Mais tour vous donner un peu de contexte à propos de ce groupe, l’un d’eux est un médecin, un fournisseur de soins primaires. L’un d’eux fait de la recherche sur l’IA et est titulaire d’un master en neurosciences. Elle a donc les moyens d’aller lire des journaux et de trancher ce qui n’a pas de sens.

Ces règles initiales ont-elles été ensuite codifiées et envoyées ou placées sur un tableau blanc ou quelque chose du genre ?

Oui, ils ont été mis dans un Google Doc. Parce qu’ils étaient si tôt sur ce sujet, leur Google Doc a été copié et diffusé dans toute la communauté. J’ai envisagé de rejoindre des maisons de groupe, et les gens là-bas ont dit : « Oui, voici notre accord. » C’était une copie du Google Doc d’Ibasho.

Mais vous et eux avez travaillé sur plus qu’un simple ensemble de règles. Le cadre que vous avez créé donne à chacun un certain budget de risque à dépenser. Comment ce genre de réflexion sur un budget de risque est-il né ?

Cela a commencé avec Catherine Olsson, une chercheuse en sécurité de l’IA qui réfléchit beaucoup aux risques existentiels pour l’humanité. Vous avez peut-être entendu parler des micromorts, un système conçu en 1980 par les laboratoires de recherche de General Motors pour évaluer le risque de quelque chose en termes de probabilité de vous tuer. De tels schémas sont utiles, car la plupart des gens sont incroyablement mauvais pour estimer les risques.

Beaucoup d’entre nous avaient l’esprit assez numérique, et la réponse de la communauté – et même celle de certaines personnes au sein de la maison – ne semblait pas proportionnelle au risque de COVID. Certains pensaient: «Je dois éviter le COVID à tout prix», ce qui est intuitivement faux, de la même manière qu’éviter à tout prix tout ce qui implique un risque de mort n’est pas compatible avec un mode de vie qui implique de conduire une voiture – ou même vivre, parce que vivre implique une chance de mort.

Donc, à ce stade, quelqu’un a dit : « Nous devons proposer des outils quantitatifs pour évaluer le risque de COVID-19 », est-ce bien cela ?

Catherine et Josh, ingénieur logiciel dans une entreprise FinTech, sont passés en mode recherche approfondie pendant deux mois. Ils ont beaucoup emprunté aux travaux sur les aérosols d’un professeur de chimie de l’Université du Colorado à Boulder, Jose-Luis Jimenez. Une grande partie du modèle pour les aérosols est venue de là.

Je suis vraiment content que vous évoquiez cette tolérance au risque, car c’est l’un des chiffres les plus controversés de tout le projet. Nous pouvons vous dire avec une assez bonne confiance quelle est la probabilité que vous obteniez COVID à partir de telle ou telle interaction. Ce que nous ne pouvons pas vous dire, c’est le niveau de risque que vous devez tolérer. Mais finalement, les membres de ce ménage ont décidé d’utiliser 1% de chance d’obtenir COVID par an comme tolérance à laquelle ils allaient se tenir les uns les autres.

Pour une personne moyenne entre 16 et 49 ans, cela correspond au risque de conséquences à long terme sur la santé de COVID, tel que nous avons compris les risques en juillet 2022, au risque d’avoir des impacts sur la santé à long terme en conduisant la quantité moyenne d’un Les Américains conduisent dans un an.

Est-ce à peu près à l’époque où d’autres programmeurs se sont impliqués ?

Le groupe de six a été tenté de simplement en rester là et d’utiliser le système pour eux-mêmes. Mais ils se sont vite rendu compte que s’ils voulaient utiliser cela pour passer du temps avec d’autres personnes, ces autres personnes devaient au moins adhérer à l’idée. Pour voir des gens en dehors de leur groupe de six, ils devaient à la fois être en sécurité et convaincre les autres de passer du temps avec eux.

Alors ils ont commencé à rédiger un livre blanc. À ce stade, Sarah, le médecin du groupe, a déclaré : « Hé, je veux montrer cela à mes patients. » C’est ce qui a lancé le bal pour diffuser ce travail dans leur communauté immédiate. Les Ibashoans sont tous vraiment des gens à l’esprit communautaire, et je pense qu’entendre parler de la souffrance et de l’isolement de leurs amis était vraiment douloureux pour eux.

Le partenaire de Sarah a lancé le site Web et je suis resté à Ibosho pendant une semaine, la semaine avant qu’ils n’aient l’intention de le mettre en ligne. Tout le monde était tête baissée sur son ordinateur portable, qu’il écrive du code, termine ses recherches ou édite le livre blanc.

Je me suis dit : « Eh bien, je suis là. Je pourrais aussi bien aider. J’avais appris React l’été dernier, alors je me suis impliqué. Juste avant le lancement, nous avons commencé à tout déplacer d’un système ad hoc basé sur un messager Facebook vers GitHub et Slack. Nous avons embauché quelques autres personnes qui ont commencé une fois que nous avons lancé, des personnes publiant des problèmes GitHub ou se portant volontaires pour faire du travail. Et nous avons commencé à ajouter ces personnes à l’équipe Slack et GitHub.

Quand est-ce devenu un outil public que les patients de Sarah peuvent utiliser ?

Nous avions des amis de la maison en beta test, mais c’est fin août que nous sommes officiellement passés en ligne.

Pouvez-vous me parler de l’évolution du projet depuis ?

Certains des six originaux ont déclaré leur rôle terminé après le lancement initial. Mais Catherine est restée une sorte de directrice de recherche jusqu’en mars. Il y avait des recherches sur les purificateurs d’air qui sortaient à l’automne. Nous avons dû nous démener en janvier pour rattraper la variante B.1.1.7, qui faisait les gros titres. Et je pense que nous avons été l’une des premières organisations à quantifier à quel point nous pensions que les vaccins seraient efficaces pour réduire la transmission, en prenant également des données sur la réduction des cas, puis en les combinant avec des modèles que d’autres chercheurs avaient produits pour le risque relatif de transmission des porteurs asymptomatiques par rapport aux porteurs symptomatiques. . Qui est sorti en février. Et puis nous avons suivi lorsque Johnson & Johnson a publié ses données et que les chercheurs ont publié une grande étude sur l’efficacité des vaccins, basée sur des personnes en Israël, ce qui nous a permis d’affiner les choses.

Mais je vois que vous n’avez pas encore intégré les résultats d’une étude encore plus vaste sur l’efficacité des vaccins qui utilise également des données israéliennes, publiée il y a quelques semaines dans La Lancette. Pourquoi donc?

Les mises à jour de modèles sont de grands ascenseurs pour nous, et l’équipe a définitivement mis fin à son implication au cours du dernier mois environ. Nous sommes tous vaccinés à ce stade. Et le sentiment général aux États-Unis est qu’une fois que vous êtes vacciné, vous pouvez reprendre une vie presque normale, ce qui a rendu beaucoup plus urgent de travailler sur le projet.

Mais j’ai pris une pause aujourd’hui et je suis en train d’ingérer des données sur un vaccin. C’est nécessaire car nous avons été bombardés de demandes pour pouvoir calculer quel est le profil de risque pour une personne vaccinée au hasard dans une zone donnée. Et c’est impossible à faire sans savoir combien de personnes dans la région sont vaccinées.

Pouvez-vous décrire l’autre outil que vous proposez sur le site, le Risk Tracker ?

Le Risk Tracker est la forme originale du calculateur microCOVID. Cela fait passer l’idée du budget au niveau supérieur : vous avez un budget, vous pouvez donc dépenser plus d’une semaine de ce budget en une semaine tant que vous ne dépassez pas votre budget au cours d’une année.

Le tracker vous permet d’y entrer vos activités. Et il calcule non seulement le risque que vous avez accumulé au cours de la semaine ou de l’année, mais il utilise également un modèle pour le moment où les symptômes apparaissent pour vous aider à prédire à quel point vous êtes dangereux pour les autres. Au sein de notre communauté, ce niveau de risque est devenu presque une devise.

Quelqu’un d’autre a-t-il produit des outils similaires ?

En développant cela, nous avons examiné un outil appelé COVID : puis-je le faire ?, qui possède un site magnifiquement fluide avec des milliers, voire des millions d’activités. Il évalue sur une échelle de cinq points la sécurité de l’activité. Notre principale critique à ce sujet était qu’il ne prend pas en compte la prévalence du COVID dans votre région. Mais sinon, je pense que c’est un outil merveilleux.

Vous avez dit que vous ralentissiez parce que vous êtes tous maintenant vaccinés. Mais les personnes avec de jeunes enfants essaient toujours de comprendre ce qui est sûr à faire.

J’admets totalement que c’est le résultat du fait qu’aucun de nous n’est parent. Il y a beaucoup de choses sur la dynamique de transmission des enfants qui ne sont pas vraiment représentées dans l’outil. Il y a juste beaucoup de choses à passer au crible pour quelqu’un pour trouver quelque chose de vraiment complet sur ce que les enfants devraient et ne devraient pas faire.

Et il y a la question permanente des conséquences si vous contractez COVID mais que vous ne contractez pas de COVID grave. C’est un peu le spectre dans la pièce. Très peu d’articles que nous avons trouvés font une analyse vraiment détaillée des risques associés au COVID léger ou de la gravité du COVID léger pour les enfants.

Je tiens à vous remercier car votre calculateur microCOVID a été très utile pour ma propre famille. Nous sommes tous vaccinés maintenant et les risques diminuent. Mais s’il existe une variante pour laquelle le vaccin est moins efficace, nous avons un excellent outil à utiliser pour naviguer dans l’avenir.

Merci d’avoir dit ça.