Le 25 novembre, des scientifiques sud-africains ont annoncé la découverte d’une nouvelle variante « fortement muté » du coronavirus, déclenchant une panique mondiale. Les pays ont rapidement imposé des interdictions de voyager et fermé leurs frontières, mais la variante a déjà été détectée dans au moins 23 pays, dont les États-Unis
L’une des raisons des réactions instinctives est le nombre élevé de mutations de la nouvelle variante : Omicron, comme il a été surnommé par l’Organisation mondiale de la santé, a plus de 30 modifications de sa protéine de pointe. Cette protéine permet au virus d’infecter et de s’emparer des cellules humaines, et est également la cible de la plupart des vaccins. On pense que les modifications des protéines de pointe dans les variantes précédentes, telles que Delta et Alpha, ont rendu le virus plus infectieux ou plus susceptible d’échapper au système immunitaire et aux vaccins. Il n’est pas encore clair si Omicron est plus transmissible, ou provoque une maladie plus grave que les variantes précédentes, ou s’il rendra les vaccins moins efficaces. Mais une nouvelle étude pré-imprimée publiée jeudi par des scientifiques sud-africains, qui n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique, suggère qu’Omicron est trois fois plus susceptible de réinfecter les gens.
Les mutations se développent spontanément lorsqu’un virus se réplique et se propage, mais les scientifiques essaient maintenant de comprendre comment tant de mutations sont apparues dans Omicron dans un laps de temps apparemment si court.
« La question est de savoir comment cela [rapid evolution] s’est produit, où cela s’est produit et quelles sont les conditions qui ont alimenté [it]”, explique Gonzalo Bello, virologue à l’Institut Oswaldo Cruz de Rio de Janeiro. Bello faisait partie de l’équipe qui a suivi la montée de la variante Gamma au Brésil en novembre 2020, qui a alimenté les épidémies dans ce pays. Avec Gamma, « nous avons réalisé que les mutations n’apparaissaient pas en une seule étape chez un seul individu », explique Bello. Au lieu de cela, certaines mutations se sont produites chez certains individus mais pas chez d’autres. La montée de Gamma « était un processus qui s’est produit dans une population d’individus, pas dans un seul [person],” il dit.
Une possibilité d’apparition d’une variante fortement mutée, telle qu’Omicron, est que le virus a commencé à circuler et à muter dans un groupe isolé de personnes, où il aurait eu la possibilité de changer radicalement par rapport aux variantes en dehors de cette bulle. Il aurait alors pu être introduit, avec ses nombreuses mutations, dans la population plus large, où il a pu voyager dans différents groupes et pays, dit Bello.
Alternativement, le virus peut avoir muté de manière significative chez un seul individu avant de trouver un nouvel hôte. “Cela pourrait arriver chez une personne immunodéprimée”, comme une personne séropositive, Anna-Lise Williamson, chaire de vaccinologie à l’Université du Cap, et Ed Rybicki, directeur de l’unité de recherche en biopharmacie de l’université, ont écrit en réponse à e -questions envoyées par courrier. L’Afrique du Sud a la plus grande épidémie de VIH au monde, avec plus de sept millions de personnes infectées par le virus. Les pays voisins ont également des infections à VIH généralisées. Cela a conduit certains scientifiques à émettre l’hypothèse que l’Omicron est apparu en Afrique australe parce qu’il y a été identifié pour la première fois, mais des cas plus anciens ont depuis été identifiés dans les pays européens et aux États-Unis.
Les personnes en bonne santé ont de nombreuses cellules immunitaires appelées cellules T CD4+, qui stimulent un autre type appelé cellules T tueuses, expliquent Williamson et Rybicki. Chez les personnes en bonne santé qui contractent le COVID, ces cellules T tueuses détruisent les cellules infectées par le virus. Mais chez les personnes immunodéprimées, qui ont un faible nombre de cellules T CD4+, « le virus établit une infection persistante » en raison d’un manque de réponses des cellules T tueuses. Leur système immunitaire produit cependant des cellules immunitaires appelées cellules B qui déclenchent une réponse en anticorps, ce qui « entraîne une course aux armements entre le virus et les anticorps », selon Williamson et Rybicki. La faible réponse des lymphocytes B ne crée pas suffisamment d’anticorps pour éliminer complètement le virus et, par conséquent, la séquence génétique de la protéine de pointe du virus subit une pression pour muter afin d’échapper aux anticorps.
Il existe des preuves à l’appui de cette idée. Dans une étude préliminaire publiée en juin, des chercheurs sud-africains ont décrit une femme séropositive infectée par le SRAS-CoV-2 depuis plus de six mois. Pendant ce temps, le virus en elle a évolué et a développé un certain nombre de mutations, dont certaines sur la protéine de pointe.
Une autre hypothèse possible sur la façon dont le virus a rapidement acquis autant de mutations est qu’il s’est déversé dans un réservoir animal avant de réinfecter les humains, dit Bello. Des preuves convaincantes suggèrent que le SRAS-CoV-2 d’origine est probablement apparu chez une chauve-souris, et il y a eu de nombreux cas d’autres mammifères sauvages et domestiqués contractant le virus. L’année dernière, des épidémies de coronavirus ont été signalées dans des élevages de visons en Amérique du Nord et en Europe, et aux Pays-Bas, il y a eu un cas confirmé de vison infectant un ouvrier agricole.
Omicron est peut-être passé des animaux aux humains de cette manière, dit Bello. « Chez une autre espèce, le virus sera confronté à un type de pression immunitaire différent, et il pourrait donc accumuler des mutations assez rapidement », dit-il. L’idée est principalement conjecture à ce stade, cependant.
Pour bien comprendre où Omicron est apparu, il est utile de déterminer le premier patient humain ou la première communauté dans laquelle il s’est propagé. Mais il est difficile d’identifier le patient zéro pour une variante, explique Akiko Iwasaki, professeur d’immunobiologie et de biologie moléculaire, cellulaire et du développement à l’Université de Yale. “C’est parce que [virus] les efforts de surveillance ne capturent qu’une fraction des personnes infectées », dit-elle. Au fur et à mesure que de plus en plus de personnes sont testées et que leurs génomes viraux sont séquencés, il peut être possible de déterminer une zone géographique générale et une heure approximative à laquelle le virus a muté en Omicron, dit Iwasaki.
Pour Michael Head, chercheur principal en santé mondiale à l’Université de Southampton au Royaume-Uni, Omicron est un signal d’alarme sur l’inégalité des vaccins et la nécessité d’un meilleur accès. Selon la plate-forme Our World in Data de l’Université d’Oxford, au 30 novembre, environ huit milliards de vaccins avaient été administrés dans le monde, et seulement 6% des personnes dans les pays à faible revenu avaient reçu au moins une dose. Les pays africains ont administré plus de 235 millions de vaccins, selon les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies, mais la population du continent dépasse 1,2 milliard de personnes.
“Les principales variantes qui ont suscité des inquiétudes jusqu’à présent – en termes d’alpha à delta, essentiellement – sont apparues à la suite d’épidémies incontrôlées dans des populations non vaccinées”, a déclaré Head. « C’est là que COVID se développe le mieux et c’est là que le virus a le plus de chances de muter. Si [the vaccine] pouvez garder les épidémies sous contrôle, vous réduisez ces opportunités. »
Le directeur général de l’Organisation mondiale de la santé, Tedros Adhanom Ghebreyesus fait écho à ces sentiments le 28 novembre : « La variante Omicron reflète la menace d’une injustice vaccinale prolongée », a-t-il écrit dans un tweet. « Plus nous mettons de temps à livrer #VaccinEquity, plus nous permettons au virus #COVID19 de circuler, de muter et de devenir potentiellement plus dangereux. »
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