Des villes comme Londres et Tokyo ont leurs propres microbiomes uniques

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L’horizon de Tokyo, Japon

Sara Winter / Alamy

Chaque ville possède son propre microbiome, selon une vaste enquête sur les microbes dans 60 zones urbaines du monde entier qui a également découvert 11 000 nouveaux virus et bactéries.

Christopher Mason de l’Université Cornell à New York et son équipe ont demandé à des collègues du monde entier de collecter des écouvillons dans les systèmes de transport urbain, tels que les métros, entre 2015 et 2017. En tout, 4728 échantillons ont été collectés dans des villes comme Londres, New York, Rio de Janeiro et Tokyo. Environ 58% des villes se trouvent en Asie de l’Est et en Europe.

Les écouvillons en nylon, qui ont été placés dans un tube contenant un agent de conservation d’ADN et d’ARN, ont ensuite été analysés génétiquement pour voir quels types de bactéries et de virus existaient sur les surfaces. «Je prends le métro tous les jours pour me rendre au laboratoire, alors je voulais savoir ce que j’attrapais sous mes mains», dit Mason.

À partir de là, chaque ville s’est vu attribuer un score d’endémicité – le nombre d’espèces microbiennes endémiques à une zone spécifique qui peut définir l’empreinte digitale unique de chaque ville.

Plus la ville est grande, plus la vie microbienne est complexe et diversifiée. Et dans n’importe quelle ville, quelle que soit sa taille, chaque kilomètre de distance entre deux échantillons était associé, en moyenne, à une différence de 0,056 pour cent des microbes échantillonnés.

«Nous pourrions probablement dire avec une précision d’environ 90% d’où venait quelqu’un, et ces données s’améliorent lorsque nous procédons à davantage d’échantillonnage», déclare Mason.

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Cela suggère que les microbiomes pourraient avoir des applications dans les enquêtes médico-légales, peut-être pour déterminer si une personne a visité une ville particulière dans un passé récent.

Mason et son équipe ont découvert 10 928 nouveaux virus et 748 nouvelles bactéries qui n’existaient dans aucune base de données de référence. «J’ai été surpris de voir combien il y en avait», dit-il. «Je pense que c’est une merveilleuse affirmation de tout ce qu’il nous reste à découvrir sur le monde.»

L’équipe prévoit d’étendre l’échantillonnage des surfaces aux eaux usées et a l’intention d’analyser des échantillons des prochains Jeux olympiques de Tokyo – s’ils se poursuivent. L’espoir est d’intégrer les résultats dans les bases de données de santé publique pour suivre les nouveaux virus.

Référence du journal: Cellule, DOI: 10.1016 / j.cell.2021.05.002

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