Avec un million de patients pédiatriques et adolescents âgés de 5 à 17 ans aux États-Unis seulement, même un marché de l’autisme segmenté est attrayant, en particulier s’il dessert une gamme de sous-types. Mais obtenir un diagnostic ferme est difficile car de nombreux troubles du développement neurologique, tels que la déficience intellectuelle, l’épilepsie et les troubles de la parole, présentent des symptômes similaires ou similaires. Les tests génétiques sont la clé d’un diagnostic approprié, avant même que des thérapies puissent être envisagées.
Mais la création de diagnostics en elle-même est un défi, car ces dernières années ont vu un essor de la découverte de gènes. Amanda Lindy, directrice de la neurogénétique chez GeneDx, un développeur de diagnostics issu des National Institutes of Health des États-Unis en 2001, dit qu’ils parcourent la littérature à la recherche de nouvelles variantes, et mènent leur propre découverte avec des patients qui viennent à eux à la recherche d’un diagnostic.
Et comme la population de patients diagnostiqués avec un TSA a considérablement augmenté ces dernières années, le nombre et le type de diagnostics disponibles ont également augmenté. Stephen Scherer, un généticien médical au Hospital for Sick Children de Toronto, a effectué une analyse systématique des diagnostics de TSA commercialisés et constate qu’ils sont partout sur la carte, en ce qui concerne à la fois le nombre et l’identité des variantes interrogées. Dans une enquête de 2018 sur les tests commerciaux de TSA, le nombre de variantes testées par un produit variait de 26 à 2562. Les tests génétiques actuels commencent généralement avec des puces à ADN, qui capturent 7% (principalement des variantes du nombre de copies), et si rien ne se produit, se poursuivent avec le séquençage de l’exome, qui révèle 7% de variantes non chevauchantes, généralement des changements plus petits tels que le point mutations ou petites délétions, selon Scherer. «Les deux technologies sont pour la plupart complémentaires», dit-il. Bien que certaines entreprises signalent des exomes, beaucoup séquencent en fait tout le génome, car il est plus efficace et plus rapide d’obtenir les données, dit-il.
Ambry Genetics propose de vastes tests pour les maladies neurologiques avec un panel d’environ 200 gènes qui, selon eux, couvre plus de 60% des patients identifiés comme ayant une cause génétique pour un trouble neurodéveloppemental, y compris un retard de développement, une déficience intellectuelle et / ou un TSA. Mais ils offrent également des diagnostics plus ciblés; pour les TSA, ils testent quelques dizaines de gènes. «Il y a un intérêt certain à créer des panels plus spécifiques», déclare Kelly Radtke, responsable des spécialistes des maladies rares chez Ambry. Des panels plus petits se concentrent sur les gènes considérés comme responsables, plutôt que simplement associés, des TSA. Pour le panel sur l’autisme, «nous avons inclus des gènes qui n’ont été observés que chez des patients qui présentaient des signes neurologiques isolés tels qu’un retard de développement ou des troubles du comportement, mais pas des syndromes génétiques multisystémiques qui présentent de nombreux symptômes supplémentaires, souvent très identifiables», explique Radtke.
Mais il y a des raisons de couvrir de nombreux gènes. Comme les tests ne sont pas bon marché et que tous les payeurs ne sont pas d’accord pour payer des évaluations approfondies, l’augmentation du nombre de variantes couvertes dans un test augmente les chances de trouver quelque chose. «Les entreprises ne pouvaient pas justifier le coût d’un petit panel qui ne capturerait qu’un ou deux pour cent de l’autisme. Ainsi, ils ajoutent tout, pour plus que l’autisme – c’est pourquoi certains panels ont un millier de variantes, voire plus – mais aussi des variantes pour les retards de développement neuronal et les gènes associés à l’autisme qui sont partagés avec certaines maladies mendéliennes », explique Scherer .
Le panel Autism / ID Xpanded de GeneDx, par exemple, comprend plus de 2300 gènes, dont environ 400 ont des variantes pathogènes connues (par opposition à de simples associations). «Nous avons analysé plus de 10 000 patients à l’aide de cette liste de gènes. Le nombre de patients que nous testons via ce panel augmente chaque jour, tout comme le nombre de gènes à partir desquels nous avons signalé des variantes pathogènes », explique Lindy. Bien que les listes de gènes deviennent rapidement obsolètes – il a été dit que le jour où un panel de séquençage de gènes TSA est créé, il est déjà obsolète – «les panels basés sur des exomes axés sur le phénotypage sont plus rapides et plus faciles à mettre à jour, ce qui en fait les moins hors de- panneaux de date sur le marché », dit-elle.
Et avec une plus grande attention aux TSA, les parents et les soignants se tournent de plus en plus vers les tests génétiques pour trouver des réponses. Les tests de dépistage de l’autisme ont grimpé en flèche, dit Lindy. “[Our] Les commandes de test pour le panel Autism Xpanded ont augmenté de manière exponentielle, et non linéaire, par rapport à d’autres types de tests. »
Finalement, l’objectif est de trouver des gènes associés à des caractéristiques spécifiques à l’autisme, avec des attributs particuliers tels que le comportement social, l’anxiété ou la déficience intellectuelle. Scherer est sceptique qu’un seul gène puisse provoquer quelque chose comme un comportement social. «Mais nous ne le saurons pas tant que nous n’aurons pas regardé», dit-il. Et il y a lieu d’être optimiste. Lindy dit qu’avec certains phénotypes associés aux TSA, il a été possible de trouver des gènes qui causent une grande proportion de cas. Avec l’épilepsie, par exemple, ils ont constaté que 24,8% des cas positifs (probands avec une variante causale) avaient une variante pathogène dans le SCN1A gène et 13,2% en avaient un dans le KCNQ2 gène8.
