La manipulation du microbiote intestinal avec des antibiotiques a permis d’étudier comment les perturbations du microbiome influencent les processus physiologiques dans les modèles animaux, mais l’action large des antibiotiques ne permet pas de comprendre comment des bactéries spécifiques y contribuent. Les modèles gnotobiotiques, dans lesquels des animaux sans germes sont colonisés par des populations bactériennes définies, peuvent permettre des études spécifiques à la souche, mais leur pertinence dans les paramètres physiologiques est limitée.
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