L’histoire jusqu’ici: La variante Omicron du virus SARS-CoV-2 a été confirmée en Inde et dans au moins 30 autres pays par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Bien que la variante ne puisse être confirmée de manière fiable qu’avec le séquençage du génome, l’OMS a également recommandé que certains tests de détection COVID-19 couramment utilisés, avec des capacités de « rejet du gène S », puissent être utilisés pour dépister rapidement une infection à Omicron.
Qu’est-ce que l’abandon du gène S ?
Les tests recherchent généralement trois gènes cibles liés à des parties du virus : S (épi), N2 (nucléocapside ou zone interne) et E (enveloppe ou enveloppe externe). Le gène S fait référence au gène qui code pour la protéine de pointe, ou la partie la plus distinctive du coronavirus. Le SRAS-CoV-2, comme de nombreux autres coronavirus, possède des régions protéiques clés qui définissent sa structure : la protéine d’enveloppe (E), la protéine de la nucléocapside (N), la protéine membranaire (M) et la protéine de pointe (S). Pour identifier avec précision le virus, des tests de diagnostic sont effectués qui peuvent identifier les gènes caractéristiques qui fabriquent ces protéines. Pour maintenir l’équilibre entre le coût, le délai d’exécution et l’efficacité, les fabricants de kits de diagnostic ciblent généralement 1 à 3 gènes sur ces régions. Le virus SARS-CoV-2 possède d’ailleurs l’un des plus grands génomes de la famille des coronavirus. Un kit populaire, appelé les tests TaqPath COVID-19, identifie trois cibles génétiques de trois régions dont l’une est la région S pour confirmer ou exclure la présence du coronavirus. Certaines versions du coronavirus, notamment B.1.1.7, connue sous le nom de variante Alpha, et la variante Omicron (B.1.1.529), ont des acides aminés caractéristiques manquants sur la protéine S. Les acides aminés sont les éléments constitutifs des protéines.
Lorsque les tests conçus pour rechercher le gène « S » rencontrent ces coronavirus avec les acides aminés manquants, ils se révèlent négatifs pour le gène S et c’est ce qu’on appelle l’échec ciblé du gène S ou populairement l’abandon du gène S. Malgré le « S » négatif, le test reviendra positif en cas de présence du virus SARS-CoV-2 car les gènes sur le « E » et le « N » signaleront probablement une correspondance. Certaines parties du coronavirus sont plus conservées, ou ne changent pas trop, et constituent des cibles de test plus fiables. La protéine de pointe peut beaucoup changer – le coronavirus évolue continuellement, essayant de s’adapter aux anticorps créés à partir de vaccins ou d’infections antérieures – et les tests doivent également continuer à changer pour trouver des cibles appropriées.
En quoi est-ce utile dans le cas d’Omicron ?
Le 26 novembre, l’OMS a déclaré Omicron comme variante préoccupante, pratiquement le niveau de risque le plus élevé qu’elle attribue à des variantes spécifiques. Il a noté que plusieurs laboratoires du monde entier ont indiqué que pour “un test PCR largement utilisé”, l’un des trois gènes cibles n’est pas détecté et qu’il pourrait donc être utilisé comme marqueur pour cette variante, en attendant la confirmation du séquençage. En utilisant cette approche, cette variante avait été détectée à des taux plus rapides que les précédentes poussées d’infection, ce qui suggère que cette variante peut avoir un avantage de croissance.
L’OMS semblait faire référence au test TaqPath, mais ce n’est en aucun cas le test le plus utilisé en Inde. Un défi avec les tests RT-PCR est que les entreprises ne révèlent souvent pas les amorces ou les outils chimiques qu’elles utilisent pour rechercher des gènes viraux spécifiques. Par conséquent, il est difficile de déterminer quel test convient le mieux à certaines variantes et lequel peut échouer. “Le TaqPath est l’un des rares à rechercher trois gènes alors que les règles officielles de l’Inde sont qu’ils ne doivent être équipés que pour en détecter au moins deux”, a déclaré un scientifique du génome, qui a refusé d’être identifié. «Leur test est un substitut utile et une solution rapide. D’autres variantes et mutations peuvent également provoquer un décrochage et il est possible que le TaqPath ne le récupère pas. Si une personne manifeste des symptômes et revient positive sur un test RT-PCR, qui revient également négative sur le gène S, alors c’est un signe que l’échantillon doit être envoyé pour une analyse du génome.
L’Inde ne scanne qu’un petit pourcentage d’échantillons positifs pour déterminer les génomes et donc un test qui donne des résultats intrigants tels qu’un abandon du gène S, peut être priorisé pour une analyse génomique plus approfondie.
Quel est le moyen le plus fiable de vérifier la nouvelle variante ?
Le ministère de la Santé de l’Union a déclaré que tous les tests RT-PCR standardisés couplés au séquençage du génome sont efficaces pour détecter Omicron. Alors que des facteurs tels que les symptômes cliniques et les charges virales aident à déterminer le virus, une variante ne peut être confirmée que par séquençage du génome, ce qui signifie attendre un jour, voire des semaines, selon les installations disponibles.
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