La course virale aux armements | Biotechnologie de la nature

Pour garder une longueur d’avance sur un nombre croissant de variantes du SRAS-CoV-2, la surveillance et le dépistage des agents pathogènes doivent devenir une entreprise globale, plutôt que locale.

Une course aux armements est en cours entre le SRAS-CoV-2 et la population mondiale. Alors que les gouvernements se précipitent pour vacciner autant de personnes que possible, le virus évolue rapidement avec des mutants d’échappement. En Inde, en Amérique latine et en Afrique, de nouvelles variantes virales commencent à dominer les infections. De nombreux pays, tels que le Royaume-Uni, le Danemark et les États-Unis, ont renforcé leur capacité de séquençage, permettant aux agences de santé publique de surveiller la prévalence de variantes hautement transmissibles, de mettre à jour les conceptions d’amorce de diagnostic et d’informer le développement de futurs rappels de vaccins et de vaccins multivalents. Alors que les pays s’efforcent d’ouvrir leurs économies et d’assouplir les restrictions de voyage, il est intéressant et important qu’une intégration rapide du séquençage et des tests puisse guider rationnellement les politiques de santé publique et les contre-mesures. Dans certains endroits, cela peut même fonctionner. Mais globalement, la notion est plus un rêve qu’une réalité.

Après environ dix mois de repos relatif au début de la pandémie, le SRAS-CoV-2 a changé de forme. Les mutations résultent en grande partie d’erreurs de l’ARN polymérase ARN-dépendante du virus. La recombinaison entre différentes souches chez une même personne co-infectée ou via des zoonoses (transmission entre l’animal et l’homme et vice versa) y contribue également. Bien que la plupart des variants n’acquièrent qu’une ou deux nouvelles mutations, dans de rares cas – peut-être en raison d’infections chroniques de faible niveau ou de suppression immunitaire – plusieurs mutations peuvent se recombiner dans un seul isolat (comme dans le cas de B.1.1.7 ou B.1.1 .28 sous-clade P.1).

Hormis les virus porteurs du D614G, peu de variants du SRAS-CoV-2 ont été détectés au cours des premiers mois de 2020, probablement en raison d’un manque de pression sélective et d’une surveillance insuffisante. Alors que les lignées virales d’origine se propagent comme une traînée de poudre dans un monde immunologiquement naïf, la pression sélective sur le virus a augmenté à mesure que de plus en plus de personnes acquièrent une immunité partielle (contre des infections naturelles ou, plus récemment, par la vaccination). Aujourd’hui, des milliers de variantes circulent dans des centaines de milliers de personnes infectées à travers le monde.

De nombreux détails de l’évolution, de la phylogénie et de l’annotation des variantes du SRAS-CoV-2 sont encore en cours d’élaboration. Fin février, l’Organisation mondiale de la santé a fourni des définitions formelles de «variante d’intérêt» ou «variante préoccupante» (COV): le premier est un «virus contenant des changements phénotypiques» et des mutations non synonymes par rapport à l’isolat de référence; ce dernier, un virus présentant une «transmissibilité accrue», un «changement préjudiciable à l’épidémiologie du COVID-19» ou «une virulence accrue ou un autre changement dans la présentation de la maladie» ou entraînant une diminution de «l’efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des diagnostics, vaccins, thérapies disponibles . »

USA-WA1 / 2020, contenant du D614G, est rapidement devenu la forme dominante. Depuis, plusieurs COV ont été identifiés, dont B.1.1.298 au Danemark (lié à une infection chez les visons d’élevage), B.1.1.7 au Royaume-Uni, B.1.1.248 (P.1) au Brésil, B .1.351 en Afrique du Sud et B.1428 / B.1429 aux États-Unis. Le Danemark et la Grande-Bretagne ont joué un rôle de premier plan dans l’identification des COV, les deux pays ayant établi des consortiums de surveillance des agents pathogènes (COG-UK et TestCenter Danemark) et des systèmes nationaux de santé publique capables de faciliter le partage d’échantillons cliniques et de données. Selon GISAID, le Danemark a séquencé et partagé 20% de ses échantillons totaux de COVID-19; Royaume-Uni, 9%.

En revanche, les États-Unis sont à la traîne. De juin à décembre, le réseau SPHERES des Centers for Disease Control (CDC) des États-Unis et le programme NS3 ont partagé 4 000 génomes du SRAS-CoV-2 ou moins avec le GISAID chaque mois. À la fin de l’année, la surveillance américaine des agents pathogènes se classait au 43e rang mondial.

Une partie du problème est le système de santé américain fragmenté qui se superpose à plus de 60 États surmenés et balkanisés et des agences de santé publique locales agissant comme des fiefs indépendants. Un autre défi est l’absence de mandat ou de financement fédéral pour inciter les laboratoires commerciaux à séquencer les échantillons de COVID-19. Enfin, les exigences strictes en matière de confidentialité des patients aux États-Unis ont ralenti le partage des données associées aux échantillons à un rythme glacial.

Depuis le début de l’année, cependant, le CDC a changé les choses. Début février, 5 000 à 8 000 échantillons de coronavirus étaient traités par semaine, et le mois dernier, les États-Unis partageaient environ 44 000 séquences dans GSAID – plus que tout autre pays. Un nouveau président américain a déclenché une injection massive de fonds fédéraux, mettant à disposition 1,7 milliard de dollars pour suivre les mutations virales, créer six «centres d’excellence» universitaires pour la R&D et établir un réseau national de partage de données. Tout cela laisse la surveillance du SRAS-CoV-2 sur des bases plus solides qu’à n’importe quel moment.

Mais il y a encore des raisons d’inquiétude et de vigilance.

Actuellement, il faut trop de temps pour renvoyer les résultats du séquençage aux agences étatiques et municipales; et pour les États-Unis, cela signifie qu’il n’y a toujours pas de fenêtre pour une action de santé publique significative pour contrôler les grappes potentielles ou la transmission, en particulier lorsque certains COV réduisent l’efficacité des vaccins et compromettent les traitements par anticorps approuvés.

Deuxièmement, alors que les efforts de surveillance régionaux et nationaux s’améliorent, trop peu est fait pour coordonner le suivi du SRAS-CoV-2 au niveau international ou pour combler les lacunes évidentes de la surveillance dans les pays les plus pauvres. Des contrôles ponctuels dans les établissements de santé de 24 pays africains ont révélé que seulement 8% des établissements de santé peuvent effectuer des tests PCR, sans parler du séquençage. La montée en flèche massive en Inde et le manque de surveillance sur le terrain rendent le besoin trop clair.

Enfin, il y a un danger de complaisance du public et de fatigue pandémique. En avril, 1,36 million de personnes sont passées par les aéroports américains en une journée et les directives du CDC sur les masques ont été assouplies. Malgré les progrès rapides de la vaccination vaccinale aux États-Unis, l’adoption stagne. Pire encore, des millions de personnes ne se présentent pas pour leur deuxième vaccin, maintenant un pool d’incubateurs partiellement immunisés pour les variantes d’échappement du SRAS-CoV-2. Alors que le virus disparaît des écrans de télévision et de smartphone, l’élan des tests diminue au moment où le besoin de surveiller les variantes est plus important que jamais.

Il est maintenant temps d’agir. Et il est temps d’agir au niveau international. Aucun réseau national de surveillance des agents pathogènes ne peut être efficace si de nouveaux COV sont constamment importés du reste du monde. L’investissement dans la surveillance mondiale est essentiel à tout espoir de mettre fin ou de contrôler la pandémie.

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La course virale aux armements.
Nat Biotechnol (2021). https://doi.org/10.1038/s41587-021-00937-0

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