Le test du microbiome détecte les cancers de la bouche

La société de santé du microbiome intestinal Viome a réorienté sa technologie d’analyse d’ARNm et d’apprentissage automatique pour développer un test de salive pour dépister les cancers de la tête et du cou. Le test de diagnostic de Viome, qui a reçu la désignation Breakthrough Device de la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis en mai, est basé sur les résultats d’une étude combinant l’ARN microbien (le métatranscriptome) dans la salive en utilisant le séquençage de nouvelle génération avec l’apprentissage automatique pour identifier les biomarqueurs aux cancers de la bouche. L’algorithme a repéré les premiers signes de cancer buccal avec une sensibilité de 83 % et une spécificité de près de 98 %. Le risque de cancer de la bouche augmente chez les personnes de plus de 50 ans ou ayant des antécédents de tabagisme ou de consommation excessive d’alcool, et de nombreuses études au cours de la dernière décennie ont révélé des associations entre les modifications du microbiome buccal et le cancer. Pour développer un outil de diagnostic, les scientifiques du Viome Research Institute, la branche de recherche de la société, ont utilisé le profilage du transcriptome du microbiome pour étudier le microbiome de la salive de 71 patients atteints d’affections précancéreuses buccales ou de cancer diagnostiquées et de 171 témoins sains. Le séquençage de l’ARNm fournit une indication des gènes qui sont exprimés au sein d’une communauté, en se concentrant sur la fonction et l’activité bactériennes (plutôt que sur la métagénomique telle qu’évaluée par l’ARN ou l’ADN ribosomique 16S). Une découverte est que de grandes quantités de transcrits de bactéries parodontales Fusobactérie, Prévotella et Prophyromonas dans les échantillons de salive et huit autres espèces microbiennes impliquées dans la formation de biofilm sont associées à la tumorigenèse. Chaque année, 350 000 à 400 000 patients dans le monde reçoivent un nouveau diagnostic de cancer buccal. En l’absence d’outils de détection précoce, le diagnostic est principalement à des stades tardifs et, par conséquent, la survie à cinq ans est restée à 40 % pendant quatre décennies. Mais avant que le métatranscriptome microbien puisse servir de diagnostic précis et non invasif pour prévenir les cancers buccaux, des études prospectives dans des groupes de patients bien caractérisés seront nécessaires. Viome n’a pas encore reçu l’approbation de la FDA pour le test du cancer buccal.

Leave a Reply

Your email address will not be published.

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

Recent News

Editor's Pick