L’enrichissement de variantes mitochondriales à partir du séquençage d’ARN unicellulaire à haut débit résout les populations clonales

L’enrichissement de variantes mitochondriales à partir du séquençage d’ARN unicellulaire à haut débit résout les populations clonales
  • Giladi, A. & Amit, I. Génomique unicellulaire : un tremplin pour les futures découvertes en immunologie. Cellule 17214–21 (2018).

    Article du CAS Google Scholar

  • Acosta, J., Ssozi, D. & van Galen, P. Séquençage d’ARN unicellulaire pour démêler le système sanguin. Artérioscler. Thromb. Vasc. Biol. 411012-1018 (2021).

    Article du CAS Google Scholar

  • Nam, AS et al. Mutations somatiques et identité cellulaire liées par le génotypage des transcriptomes. Nature 571355–360 (2019).

    Article du CAS Google Scholar

  • van Galen, P. et al. L’ARN-seq unicellulaire révèle les hiérarchies AML pertinentes pour la progression de la maladie et l’immunité. Cellule 1761265-1281 (2019).

    Article du CAS Google Scholar

  • Wagner, DE & Klein, AM Le traçage de la lignée rencontre les omiques unicellulaires : opportunités et défis. Nat. Révérend Genet. 21410–427 (2020).

    Article du CAS Google Scholar

  • Liggett, LA & Sankaran, VG Démêler l’hématopoïèse à travers le prisme de la génomique. Cellule 1821384-1400 (2020).

    Article du CAS Google Scholar

  • Ludwig, LS et al. Traçage de la lignée chez l’homme activé par des mutations mitochondriales et la génomique unicellulaire. Cellule 1761325-1339 (2019).

    Article du CAS Google Scholar

  • Lareau, CA et al. Génotypage massivement parallèle de l’ADN mitochondrial mitochondrial et profilage de la chromatine. Nat. Biotechnol. 39451–461 (2021).

    Article du CAS Google Scholar

  • Xu, J. et al. Traçage de lignée unicellulaire par mutations endogènes enrichies en ADN mitochondrial accessible à la transposase. eVie 8e45105 (2019).

    Article du CAS Google Scholar

  • Velten, L. et al. Identification des cellules souches leucémiques et pré-leucémiques par suivi clonal à partir de la transcriptomique unicellulaire. Nat. Commun. 121366 (2021).

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    Article du CAS Google Scholar

  • Hughes, TK et al. Le scRNA-seq massivement parallèle basé sur la synthèse du second brin révèle les états cellulaires et les caractéristiques moléculaires des pathologies cutanées inflammatoires humaines. Immunité 53878–894 (2020).

    Article du CAS Google Scholar

  • Macosko, EZ et al. Profilage d’expression hautement parallèle à l’échelle du génome de cellules individuelles à l’aide de gouttelettes de nanolitre. Cellule 1611202-1214 (2015).

    Article du CAS Google Scholar

  • Mimitou, EP et al. Profilage évolutif et multimodal de l’accessibilité de la chromatine, de l’expression des gènes et des niveaux de protéines dans des cellules individuelles. Nat. Biotechnol. 391246-1258 (2021).

    Article du CAS Google Scholar

  • Tu, AA et al. Le séquençage du TCR associé à un séquençage d’ARN 3 ‘massivement parallèle révèle des signatures de lymphocytes T clonotypiques. Nat. Immunol. 201692–1699 (2019).

    Article du CAS Google Scholar

  • Abdel-Wahab, O. et al. Caractérisation génétique des altérations TET1, TET2 et TET3 dans les tumeurs malignes myéloïdes. Sang 114144–147 (2009).

    Article du CAS Google Scholar

  • Street, K. et al. Slingshot : lignée cellulaire et inférence pseudo-temporelle pour la transcriptomique unicellulaire. Génomique BMC 19477 (2018).

    Article Google Scholar

  • Moran-Crusio, K. et al. La perte de Tet2 entraîne une augmentation de l’auto-renouvellement des cellules souches hématopoïétiques et de la transformation myéloïde. Cellule cancéreuse 2011–24 (2011).

    Article du CAS Google Scholar

  • Luchman, HA et al. Un modèle in vivo dérivé du patient de gliome endogène IDH1-mutant. Neuro. Oncol. 14184-191 (2012).

    Article du CAS Google Scholar

  • Flavahan, WA et al. Dysfonctionnement de l’isolant et activation de l’oncogène dans les gliomes mutants IDH. Nature 529110-114 (2016).

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    Article du CAS Google Scholar

  • Buenrostro, JD, Giresi, PG, Zaba, LC, Chang, HY & Greenleaf, WJ Transposition de la chromatine native pour un profilage épigénomique rapide et sensible de la chromatine ouverte, des protéines de liaison à l’ADN et de la position du nucléosome. Nat. Méthodes dix1213-1218 (2013).

    Article du CAS Google Scholar

  • Morgan, M., Obenchain, V., Hester, J. & Pagès, H. SummarizedExperiment : SummarizedExperiment container. Package R version 1.24.0 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/SummarizedExperiment.html (2019).

  • Stuart, T. et al. Intégration complète des données unicellulaires. Cellule 1771888–1902.e21 (2019).

    Article du CAS Google Scholar

  • Yang, S. et al. Décontamination de l’ARN ambiant dans l’ARN-seq unicellulaire avec DecontX. Génome Biol. 2157 (2020).

    Article Google Scholar

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