Maxime Langevin
Present address: Pasteur, Department of Chemistry, École Normale Supérieure, PSL University, Paris, France
Maxime Langevin
Adresse actuelle : Molecular Design Sciences – Integrated Drug Discovery, Sanofi R&D, Vitry-sur-Seine, France
Yining Liu et Achille Nazaret
Adresse actuelle : Department of Computer Science, Columbia University, New York, NY, États-Unis
Gabriel Misrachi
Adresse actuelle : Gleamer, Paris, France
Oscar Clivio
Adresse actuelle : Département de statistique, Université d’Oxford, Oxford, Royaume-Uni
Ces auteurs ont contribué à parts égales : Adam Gayoso, Romain Lopez et Galen Xing
Centre de biologie computationnelle, Université de Californie, Berkeley, Berkeley, Californie, États-Unis
Adam Gayoso, Galen Xing, Valeh Valiollah Pour Amiri, Justin Hong, Chenling Xu, Tal Ashuach, Mariano Gabitto, Aaron Streets, Michael I. Jordan et Nir Yosef
Département de génie électrique et d’informatique, Université de Californie, Berkeley, Berkeley, Californie, États-Unis
Romain Lopez, Pierre Boyeau, Valeh Valiollah Pour Amiri, Justin Hong, Katherine Wu, Michael Jayasuriya, Yining Liu, Mariano Gabitto, Michael I. Jordan & Nir Yosef
Chan Zuckerberg Biohub, San Francisco, Californie, États-Unis
Galen Xing, Aaron Streets et Nir Yosef
École Normale Supérieure Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette, France
Pierre Boyeau, Edouard Mehlman & Oscar Clivio
Centre de Mathématiques Appliquées, École polytechnique, Palaiseau, France
Edouard Mehlman, Maxime Langevin, Gabriel Misrachi & Achille Nazaret
Mines Paristech, PSL University, Paris, France
Jules Samaran
Institut de biologie computationnelle, Centre Helmholtz de Munich, Munich, Allemagne
Mohammad Lotfollahi et Fabian J. Theis
École des sciences de la vie Weihenstephan, Université technique de Munich, Munich, Allemagne
Mohammad Lotfollahi et Fabian J. Theis
Serqet Therapeutics, Cambridge, MA, États-Unis
Valentin Svensson
Division de biologie et de génie biologique, California Institute of Technology, Pasadena, Californie, États-Unis
Eduardo da Veiga Beltrame & Lior Pachter
Programme de génétique cellulaire, Wellcome Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Cambridge, Royaume-Uni
Vitalii Kleshchevnikov & Carlos Talavera-López
EMBL-Institut européen de bioinformatique, Wellcome Genome Campus, Cambridge, Royaume-Uni
Carlos Talavera-Lopez
Département d’informatique et de sciences mathématiques, California Institute of Technology, Pasadena, Californie, États-Unis
Lior Pacher
Département de bioingénierie, Université de Californie, Berkeley, Berkeley, Californie, États-Unis
Rues d’Aaron
Département de statistique, Université de Californie, Berkeley, Berkeley, Californie, États-Unis
Michael I.Jordan
Département de statistique, Université du Michigan, Ann Arbor, MI, États-Unis
Jeffrey Régier
Ragon Institute of Massachusetts General Hospital, MIT et Harvard, Cambridge, MA, États-Unis
Nir Yossef
AG, RL et GX ont contribué à parts égales. AG a conçu l’interface de programmation d’application scvi-tools avec l’apport de GX et RLGX et AG a dirigé le développement d’outils scvi avec l’apport de RLGX a réimplémenté scVI, totalVI, AutoZI et scANVI avec l’apport d’AGRL a implémenté Stéréoscope avec l’apport d’AG Analyse des données dans ce manuscrit a été dirigé par AG, RL et GX, avec la contribution de NYAG, RL, PB, EM, M. Langevin., YL, JS, GM et AN, OC a travaillé sur la version initiale de la base de code (package scvi), avec la contribution de MIJ, JR et NYRL, EM et CX ont contribué au modèle scANVI, avec la contribution de JR et NYAG ont implémenté totalVI avec la contribution de AS et NYTA ont implémenté peakVI avec la contribution de AGAG ont implémenté scArches avec la contribution de M. Lotfollahi., FJT et NYVS ont apporté plusieurs contributions. à la base de code, y compris le modèle LDVAE. PB a contribué à l’interface de programmation des expressions différentielles. EdVB et CT-L. fourni des tutoriels sur l’expression différentielle et la déconvolution de la transcriptomique spatiale, avec la contribution de LPKW, a implémenté CellAssign dans la base de code avec la contribution d’AGVVPA, JH et MJ ont apporté des contributions générales au code et aidé à maintenir les outils scvi. JH a implémenté LDA. TA et MG ont implémenté MultiVI. VK a amélioré la prise en charge de Pyro dans les outils scvi et a porté Cell2Location pour utiliser les outils scvi. NY a supervisé toutes les recherches. AG, RL, GX, JR et NY ont rédigé le manuscrit.
