Dordrecht, Pays-Bas – Le laboratoire régional de microbiologie médicale (RLM) de Dordrecht s’apprête à intégrer une technologie de séquençage génétique de nouvelle génération, capable d’identifier avec précision les agents pathogènes, et ce, dès 2026. Cet outil, aussi compact qu’un smartphone, promet d’améliorer le diagnostic et le suivi des épidémies.
- Le RLM adoptera le séquençage de troisième génération, une technique permettant de cartographier l’intégralité du matériel génétique d’un pathogène.
- Cette méthode, plus rapide et plus précise que le test PCR, permet d’identifier les micro-organismes même lorsque le pathogène suspecté n’est pas connu à l’avance.
- Le séquençage permettra également de retracer l’origine des infections et de mieux contrôler les épidémies en déterminant si les cas sont liés.
Le RLM va s’équiper d’un appareil appelé MinION, capable de lire rapidement de longues séquences d’ADN ou d’ARN, le code génétique unique de chaque organisme. Contrairement aux méthodes traditionnelles, le séquençage ne nécessite pas de connaître à l’avance le pathogène recherché.
« Avec le test PCR, nous comparons l’échantillon du patient à un fragment d’ADN ou d’ARN connu d’une bactérie ou d’un virus. Nous devons donc anticiper quel agent pathogène pourrait être en cause. Si nous ne savons pas précisément ce que nous cherchons, le test PCR n’est pas utilisable », explique le microbiologiste moléculaire médical Tim Schuurman. Il poursuit :
« Avec le séquençage, nous pouvons directement lire le code génétique de l’agent responsable. Nous comparons ensuite les séquences obtenues à des bases de données ou à d’autres séquences connues. Cela nous permet d’effectuer une recherche plus large et d’obtenir des informations plus détaillées. »
Tim Schuurman, microbiologiste moléculaire médical
Cette nouvelle méthode ne remplacera pas les diagnostics bactériologiques et moléculaires courants, qui restent adaptés à la majorité des situations. Cependant, elle apportera une valeur ajoutée dans des cas spécifiques, notamment lorsque les tests PCR sont négatifs alors qu’une infection est suspectée.
Le séquençage sera particulièrement utile pour identifier l’origine des épidémies. En analysant les similitudes génétiques entre les micro-organismes isolés chez différents patients, il sera possible de déterminer s’ils proviennent d’une source commune ou s’il y a transmission interhumaine.
« Si les micro-organismes trouvés sont apparentés, nous devons rechercher la source de l’infection et la supprimer. Dans le cas contraire, nous pouvons éviter une enquête complexe et longue. »
Tim Schuurman, microbiologiste moléculaire médical
Techniquement, le MinION fonctionne en tirant les molécules d’ADN ou d’ARN à travers un minuscule pore et en mesurant les variations du courant électrique qui en résultent. Un ordinateur puissant analyse ces données pour reconstituer la séquence des bases. Bien que prometteuse, cette technique reste coûteuse et exigeante en termes de puissance de calcul. Le RLM prévoit de l’utiliser en priorité dans les situations où elle apportera le plus grand bénéfice aux patients ou permettra de réduire les coûts et les délais de diagnostic.