Publié le 1er octobre 2025. Des chercheurs new-yorkais ont mis au point un nouvel outil logiciel, baptisé Giotto Suite, destiné à faciliter l’analyse des données complexes générées par les technologies d’omique spatiale, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives dans la compréhension de maladies telles que le cancer et les troubles neurodégénératifs.
- Giotto Suite est une suite logicielle modulaire intégrée au langage de programmation R, conçue pour analyser les données spatiales issues de diverses plateformes.
- L’outil permet d’intégrer des données de différents types et résolutions, et offre une grande flexibilité d’analyse.
- Il est disponible gratuitement pour la communauté scientifique sur http://giottosuite.com.
Les avancées récentes dans le domaine de l’omique spatiale ont permis de cartographier avec précision l’ARN et les protéines au sein des tissus biologiques. Ces technologies offrent un aperçu précieux du comportement cellulaire et de ses interactions dans différents microenvironnements, ce qui est crucial pour mieux comprendre des pathologies complexes. Cependant, l’analyse et l’interprétation de ces données massives représentent un défi majeur pour les chercheurs.
« Alors que les technologies d’omique spatiale génèrent des données incroyablement riches sur le paysage moléculaire des tissus, le véritable défi réside désormais dans l’analyse et l’interprétation de ces données », explique Guo-Cheng Yuan, professeur de génétique et de sciences génomiques à l’École de médecine Icahn du mont Sinaï et co-auteur principal de l’étude. « Le plus grand obstacle n’est plus de générer les informations, mais de leur donner un sens. »
Pour répondre à ce besoin, une équipe de recherche issue de l’École de médecine Icahn du mont Sinaï, du Boston Medical Center et de l’Université de Boston Chobanian & Avedisian School of Medicine a développé Giotto Suite. Cet outil est conçu pour fonctionner avec les données spatiales de n’importe quelle plateforme et prend en charge un large éventail d’analyses, notamment l’intégration de données de différents types et résolutions. Sa structure flexible permet aux utilisateurs de démarrer l’analyse en fonction de leurs besoins spécifiques.
« De nombreux outils existants exigent que les utilisateurs combinent plusieurs programmes pour effectuer une analyse complète », souligne Ruben Sèche, professeur adjoint de médecine, d’hématologie et d’oncologie médicale à l’Université de Boston et co-auteur principal. « Cet outil regroupe ces étapes dans un seul cadre, afin de simplifier le processus. Nous l’avons également conçu pour qu’il puisse s’adapter à la taille croissante et à la complexité des ensembles de données spatiaux. »
Ruben Sèche, professeur adjoint de médecine, d’hématologie et d’oncologie médicale à l’Université de Boston
Les chercheurs précisent que la version actuelle de Giotto Suite ne comprend qu’un sous-ensemble des méthodes analytiques disponibles et qu’elle peut ne pas convenir à toutes les questions de recherche. Ils prévoient toutefois de continuer à développer et à améliorer la plateforme, en ajoutant de nouvelles fonctionnalités et en améliorant son interopérabilité avec d’autres logiciels. Ils s’engagent également à fournir une formation et un soutien à la communauté scientifique.
À l’avenir, l’équipe prévoit d’appliquer Giotto Suite à ses propres études sur le cancer et les maladies neurodégénératives, tout en intégrant les retours d’expérience de la communauté scientifique. L’article présentant Giotto Suite a été publié dans la revue Nature Methods le 1er octobre 2025 (DOI: 10.1038/s41592-025-02817-w). Les auteurs de l’étude sont Jaiaji Adriana Scinac Jarzabeth, Guo-Cheng Yuan et Reuben Dires.
Ce travail a été financé par l’initiative Chan Zuckerberg (2022-252544), la Fondation Alex’s Lemonade Stand for Childhood Cancer et les National Institutes of Health (NIH) (RF1MH128970, RF1MH133703, R01AG066028).
À propos de l’École de médecine Icahn du mont Sinaï
L’École de médecine Icahn du mont Sinaï est reconnue internationalement pour ses programmes exceptionnels de recherche, de formation et de soins cliniques. Elle est le seul partenaire universitaire des sept hôpitaux membres du Mount Sinai Health System, l’un des plus grands systèmes de santé académiques des États-Unis, offrant des soins à une population de patients importante à New York.
L’École de médecine Icahn du mont Sinaï propose des programmes de MD, de doctorat, de MD-PHD et de maîtrise très sélectifs, avec plus de 1 200 étudiants inscrits. Elle dispose du plus grand programme de formation médicale diplômée du pays, avec plus de 2 600 résidents cliniques et boursiers dans l’ensemble du système de santé. Son école supérieure des sciences biomédicales propose 13 programmes de diplômes, mène des recherches de pointe et forme plus de 560 boursiers de recherche postdoctorale.
Classée 11e au niveau national en termes de financement des National Institutes of Health (NIH), l’École de médecine Icahn du mont Sinaï figure parmi le 99e centile en termes de dollars de recherche par chercheur, selon l’Association of American Medical Colleges. Plus de 4 500 scientifiques, éducateurs et cliniciens travaillent au sein et à travers des dizaines de départements universitaires et d’instituts multidisciplinaires, en mettant l’accent sur la recherche translationnelle et la thérapie. Grâce à Mount Sinai Innovation Partners (MSIP), le système de santé facilite l’application et la commercialisation des percées médicales réalisées au mont Sinaï.
* Hôpitaux membres du Mount Sinai Health System : Mount Sinai Hospital ; Mount Sinai Brooklyn ; Mount Sinai Morningside ; Mount Sinai Queens ; Mount Sinai South Nassau ; Mount Sinai West ; et New York Eye and Ear Infirmary of Mount Sinai.
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