Les médicaments utilisés plusieurs années plus tôt peuvent encore influencer le microbiome intestinal humain, selon une étude à grande échelle menée par l’Institut de génomique de l’Université de Tartu.
Les chercheurs ont examiné les échantillons de selles et les dossiers de prescription de plus de 2 500 participants à la cohorte de microbiome de Biobank estonienne et ont découvert que la plupart des médicaments testés étaient associés à des changements dans les microbes intestinaux.
Beaucoup de ces changements ont persisté pendant des années après que les patients aient cessé de prendre les médicaments. L’influence n’était pas limitée aux antibiotiques ; les antidépresseurs, les bêta-bloquants, les inhibiteurs de la pompe à protons et les benzodiazépines ont également laissé des « empreintes digitales » microbiennes durables.
Importance des antécédents de médicaments dans la recherche sur le microbiome
« La plupart des études de microbiome ne considèrent que les médicaments actuels, mais nos résultats montrent que la consommation de drogues antérieure peut être tout aussi importante, voire un facteur étonnamment fort, pour expliquer les différences individuelles du microbiome », a déclaré le Dr Oliver Aasmets, auteur principal. Cela souligne qu’il est essentiel de tenir compte des antécédents de consommation de médicaments lors de l’étude des liens entre le microbiome et la maladie.
Étonnamment, les benzodiazépines, qui sont couramment prescrites pour traiter l’anxiété, se sont révélées influencer le microbiome intestinal à un degré similaire aux antibiotiques à large spectre. L’étude a également révélé que les médicaments au sein de la même classe de médicaments, tels que le diazépam et l’alprazolam, peuvent varier dans la mesure où ils perturbent les communautés microbiennes.
Chart microbien à long terme confirmé
Les échantillons de suivi d’un sous-ensemble de participants ont confirmé que le démarrage ou l’arrêt de certains médicaments provoquait des décalages microbiens prévisibles, suggérant des effets causaux. Malgré la petite taille de l’échantillon de la deuxième analyse temporelle, les auteurs ont pu vérifier les effets à long terme des inhibiteurs de la pompe à protons, des inhibiteurs sélectifs de la recapture de la sérotonine et des antibiotiques, tels que les pénicillines en association et les macrolides.
« Il s’agit d’une évaluation systématique et complète des effets à long terme des médicaments sur le microbiome, utilisant des données médicales réelles », a déclaré le Professeur Elin Org, auteur correspondant. « Nous espérons que cela encouragera les chercheurs et les cliniciens à prendre en compte les antécédents de médication lors de l’interprétation des données du microbiome. »
Référence : « A hidden confounder for microbiome studies: medications used years before sample collection » par Oliver Aasmets, Nele Taba, Kertu Liis Krigul, Reidar Andreson, Estonian Biobank Research Team et Elin Org, 5 septembre 2025, mSystems. DOI: 10.1128/msystems.00541-25.