Publié le 28 octobre 2025 20:09:00. Face à la menace grandissante des bactéries résistantes aux antibiotiques, une équipe de chercheurs argentins s’engage dans une course contre la montre pour découvrir de nouvelles molécules capables de contrer ces infections de plus en plus mortelles, grâce à un financement de la Fondation Bill et Melinda Gates.
- La résistance aux antimicrobiens est désormais la troisième cause de décès dans le monde, après les maladies cardiaques et les accidents vasculaires cérébraux.
- Un consortium international, incluant des scientifiques argentins de l’Université de Buenos Aires (UBA), a obtenu 2 2407 075 dollars pour la recherche de nouveaux antibiotiques.
- La guerre en Ukraine révèle une augmentation alarmante des infections bactériennes résistantes chez les soldats blessés, entraînant une hausse des amputations et des décès.
Bien avant la pandémie de Covid-19, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) avait déjà sonné l’alarme concernant une crise sanitaire silencieuse : l’augmentation de la résistance des microbes aux antibiotiques. Cette urgence mondiale, confirmée par un rapport de 2023, touche désormais une infection bactérienne sur six. L’absence de nouveaux médicaments depuis des années rend la situation particulièrement préoccupante. Selon une étude publiée dans The Lancet, la résistance aux antimicrobiens était en 2024 plus mortelle que le VIH ou le paludisme, et pourrait causer près de 40 millions de décès au cours des 25 prochaines années.
La situation est d’autant plus inquiétante que la menace se concrétise sur le terrain, comme le souligne Richard Stone dans un article pour Knowablemagazine.org. En Ukraine, les médecins constatent une recrudescence d’infections chez les soldats blessés, dues à des souches bactériennes extrêmement résistantes aux médicaments. Cela se traduit par une augmentation du nombre d’amputations et de décès. Les bactéries colonisent les plaies et les brûlures, puis peuvent se propager dans le sang, provoquant une septicémie potentiellement fatale.
Le danger ne se limite pas aux zones de conflit. Si la tendance actuelle se maintient, des affections courantes, comme certaines infections respiratoires, ou des interventions médicales simples, telles que les extractions dentaires ou les opérations chirurgicales, pourraient devenir risquées. Face à cette situation critique, la Fondation Bill et Melinda Gates a lancé un appel à projets international pour stimuler la recherche de nouveaux antibiotiques. Sur 800 candidatures, moins de 20 ont été sélectionnées, parmi lesquelles un consortium international mené en partie par des chercheurs de la Faculté des Sciences Exactes et Naturelles de l’UBA.
« Nous ne savons pas encore combien d’entre nous ont été retenus après une nouvelle phase de sélection, mais nous avons déjà signé le contrat », explique le biologiste Darío Fernández Do Porto, chercheur indépendant au Conicet et responsable de l’équipe argentine. « Nous collaborons avec des groupes du Canada, du Brésil et du Portugal. L’équipe brésilienne est dirigée par le Dr. Marisa Nicolás, une autre chercheuse argentine qui travaille au Brésil depuis plusieurs années. Et il y a également une équipe de l’Université du Manitoba à Winnipeg, au Canada, dirigée par le Dr. Silvia Cardona, également argentine et diplômée de l’UBA. »
La Fondation Bill et Melinda Gates a alloué 2 2407 075 dollars au consortium international pour mener à bien ses recherches. L’équipe argentine, forte d’une solide expérience en bioinformatique et en intelligence artificielle, se concentre sur l’identification de nouvelles cibles moléculaires pour le développement de médicaments. « Avec nos collègues brésiliens, nous collaborons depuis dix ans, et avec ceux du Canada, un peu moins », précise Do Porto. « Notre force réside dans la priorisation et la sélection de cibles moléculaires grâce à l’intégration d’informations à l’échelle génomique. L’apport du Canada est précieux car ils valident expérimentalement nos découvertes. » Récemment, l’équipe a réussi à identifier des composés prometteurs pour combattre Pseudomonas aeruginosa, un pathogène considéré comme prioritaire par l’OMS en raison de l’émergence de résistances.
Le groupe de l’UBA s’intéresse également à Klebsiella pneumoniae, une bactérie nommée d’après le microbiologiste allemand Edwin Klebs et classée parmi celles nécessitant de nouveaux antibiotiques. « Avec nos collègues brésiliens, nous avons publié deux articles et nous sommes sur le point d’en publier un troisième sur ce micro-organisme, en priorisant les cibles moléculaires », détaille Fernández Do Porto. Cette bactérie est particulièrement dangereuse en raison de sa capacité à acquérir facilement des gènes de résistance auprès d’autres bactéries. Elle provoque des infections graves, allant de celles qui se propagent par la circulation sanguine à celles qui affectent les voies urinaires ou génèrent des abcès, et les souches sensibles aux médicaments sont de plus en plus rares.
L’intelligence artificielle révolutionne la recherche scientifique. La méthode traditionnelle consistait à tester un grand nombre de molécules sur les bactéries pour voir lesquelles étaient actives. « Nous ‘lancions’ des molécules sur les bactéries et observions celles qui empêchaient leur réplication », explique Fernandez Do Porto. Avec l’essor de la bioinformatique, les chercheurs se concentrent désormais sur l’identification de cibles moléculaires spécifiques, en analysant les génomes bactériens. Grâce à de vastes bases de données et à des outils d’analyse à grande échelle, il est désormais possible de sélectionner des cibles potentielles pour les médicaments.
L’étape suivante consiste à analyser la structure tridimensionnelle des protéines pour identifier des cavités où un médicament pourrait se loger. Cette analyse peut être réalisée expérimentalement, mais des outils d’intelligence artificielle, comme AlphaFold, un programme de DeepMind, permettent désormais de prédire la structure des protéines à partir de leur séquence d’acides aminés avec une précision remarquable. Les créateurs d’AlphaFold, John Jumper et Demis Hassabis, ont reçu le prix Nobel de chimie 2024 pour cette avancée majeure. En 2022, AlphaFold intégrait les structures d’environ 200 millions de protéines provenant d’un million d’espèces, couvrant presque toutes les protéines connues sur Terre.
« En plus de la structure, des algorithmes d’intelligence artificielle nous permettent de déduire où les composés vont se lier, en identifiant les molécules ayant des caractéristiques similaires à celles des médicaments », explique le scientifique. « Enfin, nous utilisons l’intelligence artificielle pour découvrir quels types de médicaments peuvent se lier dans ces cavités et lesquels sont les plus susceptibles de le faire. »
Une bactérie comme Klebsiella peut produire jusqu’à 4 000 protéines différentes. Identifier les protéines essentielles et qui ne présentent pas de similarités avec les protéines humaines est crucial pour éviter les effets secondaires. « Il existe des expériences à l’échelle génomique qui me permettent de déterminer tous les gènes essentiels [et donc les protéines qu’ils codent] », précise Fernández Do Porto. « Nous utilisons également des informations sur leur conservation, car il est important que les protéines soient conservées au moins au niveau de l’espèce que l’on veut attaquer. »
En 2018, l’équipe a publié dans Nucleic Acids Research une plateforme appelée Pathogen Target, qui intègre toutes ces informations pour faciliter la recherche de cibles moléculaires. Cette subvention de recherche représente une immense fierté pour Do Porto et Adrián Turjanski, ainsi que pour Miranda Palumbo, Gustavo Schottlender, Gabriel García, Joaquín Messano, Lorenzo Morro et Germán Jurado, les étudiants qui composent l’équipe. Elle constitue également un soutien crucial à l’heure où l’Agence nationale pour la recherche scientifique et technologique est confrontée à des difficultés financières et où les projets de recherche sont de plus en plus difficiles à financer.
« Cela nous sauve la vie et c’est excellent que nous l’ayons obtenu », souligne Do Porto. « Mais rien de tout cela n’aurait été possible sans les universités publiques et la contribution de l’État. J’ai fait toute ma formation à l’UBA, mes étudiants ont été formés à l’université publique… Sans le système scientifique public, nous ne pouvons pas progresser. Si la science argentine continue de réussir malgré les obstacles, imaginons ce qu’elle pourrait accomplir si elle était pleinement soutenue. »
