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Publié le 18 décembre 2025 à 15h55. Notre alimentation pourrait bien influencer l’évolution de notre microbiome intestinal à une vitesse surprenante, selon une nouvelle étude de l’Université de Californie à Los Angeles (UCLA). Des chercheurs ont découvert que les bactéries intestinales s’adaptent rapidement aux aliments ultra-transformés, intégrant des gènes leur permettant de digérer les amidons industriels.

• Les bactéries intestinales évoluent rapidement en réponse aux régimes alimentaires, notamment en intégrant des gènes facilitant la digestion des amidons ultra-transformés.
• Ce processus d’adaptation est particulièrement visible dans les populations industrialisées, où la consommation d’aliments transformés est plus élevée.
• Le transfert horizontal de gènes, un mécanisme permettant aux bactéries d’échanger de l’ADN, joue un rôle clé dans cette évolution rapide.

Pendant des siècles, l’évolution a été perçue comme un processus lent, se déroulant sur des millions d’années. Pourtant, des recherches récentes remettent en question cette idée, démontrant que des changements significatifs peuvent se produire au sein de notre propre corps, et plus précisément dans notre microbiote intestinal, en un laps de temps beaucoup plus court.

Une équipe de scientifiques américains, notamment à l’UCLA, a mis en évidence la capacité des microbes intestinaux à s’adapter aux aliments modernes, hautement transformés. Ces bactéries acquièrent des gènes qui leur confèrent la capacité de décomposer les amidons industriels, des composés relativement nouveaux dans l’histoire de l’alimentation humaine.

Cette découverte pourrait expliquer comment notre régime alimentaire influence l’évolution microscopique qui se produit en nous. Les chercheurs ont analysé les génomes de près de trois douzaines d’espèces de bactéries intestinales, en utilisant des données provenant du monde entier. Ils ont identifié un processus appelé transfert horizontal de gènes, dans lequel les bactéries échangent de l’ADN entre elles, accélérant ainsi leur adaptation.

Ce transfert horizontal de gènes est déjà connu pour son rôle dans le développement rapide de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries. Cependant, l’ampleur de ce phénomène au sein du microbiote intestinal était jusqu’à présent méconnue.

« La découverte selon laquelle la capacité de digérer de nouveaux amidons est une cible de la sélection naturelle dans les bactéries intestinales est intéressante, mais nous avons trouvé un signal encore plus fort et convaincant selon lequel il existe différentes cibles de sélection dans de nombreux gènes et espèces, à la fois dans les populations industrialisées et non industrialisées »,

Richard Wolff, doctorant à l’UCLA et premier auteur de l’article

Les chercheurs ont observé des différences notables dans l’évolution des bactéries intestinales entre les régions industrialisées et non industrialisées. Dans les populations industrialisées, un gène particulier, associé à la digestion de la maltodextrine – un amidon de maïs utilisé dans les aliments transformés depuis les années 1960 – s’est propagé de manière significative.

Selon Nandita Garud, professeure d’écologie et de biologie évolutive à l’UCLA, l’étude révèle un “fil conducteur caché” qui relie les microbiomes de différentes personnes, malgré la diversité génétique au sein de chaque espèce bactérienne.

« Différentes souches d’E. coli, par exemple, se sont éloignées les unes des autres autant que les humains se sont éloignés des chimpanzés, et pourtant nous les considérons comme la même espèce. Malgré cette diversité, il existe encore des fragments d’ADN partagés chez de nombreux hôtes : un fil conducteur caché qui relie nos microbiomes »,

Nandita Garud, professeure d’écologie et de biologie évolutive à l’UCLA

Les chercheurs soulignent que les bactéries peuvent acquérir de l’ADN de différentes manières : en le consommant, en étant infectées par des virus porteurs d’ADN, ou par un contact direct entre bactéries. La manière dont ces fragments d’ADN se propagent entre les individus reste une question ouverte, mais les résultats suggèrent que notre alimentation pourrait jouer un rôle plus important que prévu dans la promotion d’une bonne santé.

Les travaux de l’équipe de l’UCLA ont été publiés dans la revue Nature le 17 décembre 2025.