Publié le 16 janvier 2026 à 11h00. Des scientifiques ont créé l’atlas le plus complet à ce jour du système immunitaire humain, une avancée majeure qui pourrait révolutionner le diagnostic des maladies auto-immunes et de certains cancers en permettant une approche thérapeutique plus personnalisée.
- Un atlas complet du système immunitaire a été créé par des chercheurs du Centre National d’Analyse Génomique (CNAG) et de l’École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL).
- L’étude, basée sur l’analyse de plus de 6,5 millions de cellules provenant de 1 000 individus, promet d’améliorer le diagnostic et le traitement des maladies auto-immunes et de certains cancers.
- L’intelligence artificielle joue un rôle clé dans l’analyse des données et la classification des patients.
Comme pour tout voyage, il est essentiel d’avoir une carte pour trouver son chemin. Cette analogie, bien que simple, illustre l’importance des données et de leur analyse pour comprendre des systèmes complexes. C’est précisément ce que se sont employés à faire des scientifiques du CNAG et de l’EPFL en Suisse, en créant un outil sans précédent : un atlas exhaustif du système immunitaire humain.
Cette initiative ambitieuse a consisté à analyser plus de 6,5 millions de cellules provenant de plus de 1 000 personnes, incluant des individus en bonne santé et des patients atteints de 19 pathologies différentes. Les résultats de cette enquête, publiés dans la revue Nature Medicine, ouvrent la voie à de nouvelles méthodes de diagnostic et de traitement.
L’objectif ultime est de dépasser la simple détection de molécules spécifiques indiquant la présence d’une maladie. Les chercheurs espèrent désormais pouvoir utiliser l’analyse de cellules entières pour obtenir un diagnostic plus complet, permettant de comprendre non seulement la présence de la maladie, mais aussi la manière dont l’organisme y réagit. Comme l’explique Holger Heyn, responsable du groupe Single Cell Genomics au CNAG :
« Nous fournissons la preuve de concept pour transformer les cellules immunitaires en un outil de diagnostic universel, un concept que nous introduisons désormais dans la phase de prototypage clinique. »
Holger Heyn, responsable du groupe Single Cell Genomics, CNAG
Cet atlas représente une étape cruciale vers la médecine personnalisée. En comprenant les schémas inflammatoires spécifiques à chaque patient, les cliniciens pourraient choisir les traitements les plus appropriés plus rapidement et avec plus de précision, réduisant ainsi les essais et erreurs et améliorant les soins. Selon le Dr Juan Nieto, immunologiste au CNAG et auteur de l’étude :
« Cet atlas nous aide à évoluer vers des soins plus personnalisés. Comprendre les schémas inflammatoires spécifiques de chaque patient permettra aux cliniciens de sélectionner les traitements plus tôt et avec plus de précision, réduisant ainsi les essais et erreurs et améliorant les soins aux patients. »
Dr Juan Nieto, immunologiste, CNAG
Chercheurs du CNAG impliqués dans l’étude (de gauche à droite) : Dr Holger Heyn, Dr Sergio Aguilar, Dr Ginevra Caratù, Dr Laura Jiménez, Dr Davide Maspero et Dr Juan Nieto.
En d’autres termes, cet atlas constitue une feuille de route détaillée qui permettra de guider chaque patient vers la guérison en suivant le parcours le plus adapté à sa situation individuelle. Pour parvenir à cette cartographie précise, les chercheurs ont analysé les différents gènes activés lors du processus inflammatoire, ainsi que les voies moléculaires qui régulent l’activité des cellules immunitaires.
Un exemple concret cité par le CNAG concerne le lupus érythémateux disséminé, une maladie auto-immune dont la gravité varie considérablement d’un patient à l’autre. Dans les cas les plus sévères, le système immunitaire produit en permanence un signal d’alarme, l’interféron, qui provoque une attaque contre les propres tissus de l’organisme. En individualisant chaque patient et en mesurant sa réponse inflammatoire, les chercheurs espèrent identifier ceux qui présentent un risque plus élevé de développer une forme grave de la maladie.
L’analyse de cette quantité massive de données a nécessité l’utilisation de modèles d’intelligence artificielle capables de classer les patients en fonction des caractéristiques spécifiques de leurs cellules. Ces IA apprennent à reconnaître les signatures immunitaires associées à chaque maladie et peuvent ensuite identifier ces mêmes schémas dans de nouveaux échantillons, permettant ainsi un dépistage cellulaire précis et rapide.
Cet outil, mis à disposition en source ouverte, a déjà fait ses preuves dans des environnements simulés. Les chercheurs travaillent actuellement à la mise en place de protocoles rigoureux pour garantir la qualité et la fiabilité des données, afin de pouvoir les intégrer en toute sécurité dans la pratique clinique. À terme, ils ambitionnent d’élargir cet atlas en incluant d’autres voies inflammatoires et en ajoutant de nouveaux points de départ (maladies), afin de pouvoir proposer à chaque patient un traitement personnalisé et efficace.
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