Une image d’un microscope électronique du virus monkeypox (orange) sur des cellules infectées (vert).
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Une image d’un microscope électronique du virus monkeypox (orange) sur des cellules infectées (vert).
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Les mêmes techniques de surveillance des eaux usées qui sont apparues comme un outil essentiel dans la détection précoce des épidémies de COVID-19 sont adaptées pour être utilisées dans la surveillance de la propagation surprenante du monkeypox dans la région de la baie de San Francisco et dans certaines autres communautés américaines.
Avant la pandémie de COVID, on pensait que les boues d’épuration étaient prometteuses en tant qu’indicateur précoce des menaces pour la santé communautaire, en partie parce que les gens peuvent excréter des preuves génétiques de maladies infectieuses dans leurs matières fécales, souvent avant de développer des symptômes de maladie. Israël surveille depuis des décennies les eaux usées pour la poliomyélite. Mais avant le COVID, une telle surveillance des risques aux États-Unis se limitait en grande partie aux activités académiques.
Avec le début de la pandémie, une collaboration de recherche impliquant des scientifiques de l’Université de Stanford, de l’Université du Michigan et de l’Université Emory a lancé des efforts pour recalibrer les techniques de surveillance pour la détection du coronavirus, marquant la première fois que des eaux usées ont été utilisées pour suivre un maladie respiratoire.
Cette même équipe de recherche, le Sewer Coronavirus Alert Network, ou SCAN, est désormais un chef de file dans l’expansion de la surveillance des eaux usées pour détecter le monkeypox, un virus autrefois obscur endémique des régions reculées d’Afrique qui, en quelques mois, a infecté plus de 26 000 personnes dans le monde. et plus de 7 000 aux États-Unis. L’administration Biden a déclaré la semaine dernière que l’épidémie de monkeypox était une urgence de santé publique, à la suite de décisions similaires prises par des responsables de la santé en Californie, en Illinois et à New York.
Et les scientifiques du SCAN envisagent un avenir dans lequel les boues d’épuration serviront de réservoir pour suivre une multitude de problèmes de santé publique menaçants. “Nous examinons toute une gamme de choses que nous pourrions tester”, a déclaré Marlene Wolfe, professeure adjointe de santé environnementale à Emory.
Depuis l’extension de sa surveillance à la mi-juin, l’équipe SCAN a détecté la variole du singe dans plusieurs des égouts du nord de la Californie qu’elle surveille, notamment Palo Alto, San Jose, Gilroy, Sacramento et deux sites à San Francisco. Financé par des subventions de la National Science Foundation et de la CDC Foundation, SCAN effectue une surveillance similaire dans le Colorado, la Géorgie, le Michigan et quatre autres États, et souhaite étendre jusqu’à 300 sites américains.
Il s’agit de l’un des nombreux projets de surveillance des eaux usées à travers les États-Unis menés conjointement par des universités, des agences de santé publique et des services publics qui transmettent les résultats de la COVID aux agences étatiques et fédérales. Le nombre de ces réseaux qui ont étendu leur recherche au monkeypox n’est pas clair. Les sites SCAN en Californie, en Géorgie, au Michigan et au Texas, et une équipe de recherche au Nevada sont parmi les rares à avoir signalé des échantillons de boues testés positifs pour le virus monkeypox.
Un autre outil de santé publique
Comme pour le COVID, les données sur le monkeypox peuvent être utilisées pour comparer les tendances entre les régions, mais il y a des limites à ce que ce type de surveillance peut accomplir. La surveillance des eaux usées ne permet pas de déterminer qui est infecté ; il ne révèle que la présence d’un virus dans une zone donnée. Et il faut un spécialiste pour analyser les échantillons. Les chercheurs considèrent la surveillance des eaux usées comme un complément aux autres outils de santé publique, et non comme un substitut.
“Nous sommes toujours vraiment en première ligne pour découvrir le potentiel ici”, a déclaré Heather Bischel, professeure adjointe en génie civil et environnemental à l’Université de Californie à Davis, qui a inclus la surveillance des eaux usées dans le cadre de son programme Healthy Davis Together COVID. programme de test pour le campus et la communauté environnante. “Mais ce que nous avons vu montre déjà que ce type de surveillance est adaptable à d’autres menaces pour la santé publique.”
Certaines communautés américaines prélevaient des échantillons d’eaux usées avant la pandémie pour déterminer quels types d’opioïdes les résidents utilisaient. Plus récemment, avec COVID et monkeypox, la technologie s’est révélée prometteuse pour surveiller la grippe et le virus respiratoire syncytial, ou RSV. Les centres fédéraux de contrôle et de prévention des maladies prévoient des études pilotes pour voir si les eaux usées peuvent révéler des tendances en matière d’infections résistantes aux antibiotiques, de maladies d’origine alimentaire et de candida auris, une infection fongique.
Une grande partie des tests d’eaux usées qui se sont intensifiés au cours de la première année de la pandémie ont été effectués de concert avec les universités ou les bureaux de comté et dépendent du financement fourni par la législation fédérale de secours COVID. Sur le campus de Bischel, ces fonds ont été combinés avec l’argent des donateurs universitaires pour mettre en place un programme complet de test et de traitement pour l’école et la ville de Davis qui comprenait la surveillance des eaux usées. L’analyse des eaux usées est en cours dans le cadre d’une subvention distincte.
Actuellement, le CDC ne rapporte que les résultats COVID sur son système national de surveillance des eaux usées, ce qui reflète le nombre limité de bassins d’égouts qui testent jusqu’à présent la variole du singe.
La propagation mondiale du monkeypox a été détectée pour la première fois au Royaume-Uni en mai et a incité à supposer que ce virus pourrait également se répandre dans les eaux usées, soit par les matières fécales, soit lorsqu’une personne infectée avec une plaie ouverte prend une douche. Les égouts dans les zones où se trouvent des personnes infectées pourraient alors “s’éclairer” avec des preuves de la maladie – si les tests d’eaux usées pouvaient l’identifier.
“Il s’est allumé”, a déclaré Brad Pollock, qui préside les sciences de la santé publique à UC Davis Health. “Cela agit comme un système d’alerte, et vous n’avez pas à persuader les gens de passer des tests individuels pour utiliser les informations ; elles sont collectées passivement, vous obtenez donc un aperçu plus large de la communauté.”
Une urgence de santé publique
On pense que le virus se propage principalement par contact intime de peau à peau et par exposition à des lésions symptomatiques, bien que les chercheurs explorent d’autres moyens de transmission potentiels. Pour l’instant, l’épidémie aux États-Unis se concentre en grande partie dans les communautés homosexuelles parmi les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes.
La découverte du monkeypox dans le système d’assainissement de San Francisco en juin, la première découverte de ce type dans le pays, a déclenché des alarmes dans une ville avec une population LGBTQ + florissante. Le 28 juillet, San Francisco a déclaré la variole du singe une urgence de santé publique, exhortant le gouvernement fédéral à intensifier sa distribution de vaccins.
Pour sa surveillance de la Californie du Nord, SCAN s’associe aux autorités sanitaires locales et aux universités pour collecter des échantillons, puis les envoie à Verily Life Sciences – une société de technologie de la santé appartenant à la société mère de Google, Alphabet – pour analyse. Dans la région d’Atlanta, SCAN travaille avec les responsables de la santé des comtés d’Emory et de Fulton.
Toutes les agences de santé publique n’avancent pas aussi vite. Un plan de surveillance des eaux usées pour le virus vient seulement d’être mis en place dans le comté de Los Angeles, qui avait confirmé plus de 300 cas de monkeypox à la fin du mois de juillet.
Et bien que la Californie collecte des données sur la variole du singe auprès de ses partenaires de surveillance, elles ne sont pas disponibles pour toutes les régions, ce qui souligne que la surveillance des virus dans les eaux usées est encore une méthodologie émergente.
“Avec chaque nouvelle chose que nous ajoutons à la plate-forme de test, nous apprenons des choses”, a déclaré Wolfe de SCAN. “La pandémie a vraiment ouvert notre imagination pour un outil qui existait déjà mais qui n’avait pas été développé à sa pleine capacité. Cela change maintenant.”
KHN (Kaiser Health News) est une salle de presse nationale qui produit un journalisme approfondi sur les questions de santé. Il s’agit d’un programme d’exploitation éditorialement indépendant de KFF (Fondation de la famille Kaiser).
