Les écouvillons de métro trouvent une jungle de microbes – et des milliers de nouvelles espèces

Des équipes de chercheurs et de bénévoles se sont dispersées dans les réseaux de transport en commun de 60 villes, collectant des milliers d’échantillons de 2015 à 2017. Ils ont nettoyé une grande variété de surfaces, y compris des tourniquets, des balustrades, des kiosques à billets et des bancs à l’intérieur des stations de transport en commun et des wagons de métro. (Dans une poignée de villes qui ne disposaient pas de systèmes de métro, les équipes se sont concentrées sur le système de bus ou de train.)

Les expéditions d’échantillonnage souterraines des scientifiques ont souvent attiré l’attention. Certains navetteurs sont devenus si curieux qu’ils ont rejoint le corps des volontaires, tandis que d’autres ont insisté sur le fait qu’ils ne voulaient absolument pas savoir ce qui vivait sur les poteaux du métro. Les passagers ont parfois mal compris ce que les chercheurs faisaient avec leurs minuscules écouvillons. «Un homme nous a remerciés avec effusion d’avoir nettoyé le métro», a déclaré le Dr Mason.

Les chercheurs ont également collecté des échantillons d’air des systèmes de transit de six villes – New York, Denver, Londres, Oslo, Stockholm et Hong Kong – pour un article d’accompagnement sur le «microbiome de l’air» qui a été publié mercredi dans la revue Microbiome.

«C’est énorme», a déclaré Erica Hartmann, microbiologiste à l’Université Northwestern qui n’a pas participé à l’étude. «Le nombre d’échantillons et la diversité géographique des échantillons – c’est sans précédent.»

Ensuite, l’équipe a extrait et séquencé l’ADN de chaque échantillon pour identifier les espèces qu’il contenait. Au total, sur tous les échantillons de surface, ils ont trouvé 4 246 espèces connues de micro-organismes. Les deux tiers d’entre eux étaient des bactéries, tandis que le reste était un mélange de champignons, de virus et d’autres types de microbes.

Mais ce n’était que le début: ils ont également trouvé 10 928 virus et 748 types de bactéries qui n’avaient jamais été documentés. «Nous avons pu voir que c’était réel – ce sont des micro-organismes – mais ils ne sont nulle part dans aucune base de données», a déclaré Daniela Bezdan, ancienne directrice exécutive de MetaSUB qui est maintenant associée de recherche à l’hôpital universitaire de Tübingen en Allemagne.

La grande majorité de ces organismes posent probablement peu de risques pour les humains, ont déclaré les experts. Presque tous les nouveaux virus qu’ils ont trouvés sont probablement des bactériophages ou des virus qui infectent les bactéries, a déclaré le Dr Danko. De plus, le séquençage génétique ne peut pas faire la distinction entre les organismes qui sont morts et ceux qui sont vivants, et aucun environnement n’est stérile. En fait, notre corps s’appuie sur une communauté de microbes riche et dynamique pour fonctionner correctement.