Seulement 184 génomes séquencés en juillet.
La deuxième vague n’a pas encore atteint son creux et il y a des signes qu’une troisième vague pourrait être au coin de la rue, mais les efforts de l’Inde pour séquencer les génomes pour suivre les variantes émergentes ont chuté après avril.
Les données du National SARS-CoV-2 Genome Consortium (INSACOG), un réseau de 28 laboratoires à travers le pays équipés pour séquencer les génomes du coronavirus pour les variantes émergentes, montrent qu’en juillet, seuls 184 génomes ont été séquencés. En juin, 4 381 échantillons ont été séquencés, ce qui constitue en soi une forte baisse par rapport à mai (13 142 échantillons) et avril (15 546 échantillons). Au cours des deux derniers mois, l’Inde a subi le plus gros de la deuxième vague qui a vu le nombre de cas quotidiens atteindre 400 000.
Au 30 juillet, l’INSACOG avait séquencé 58 240 génomes, dont 46 124 échantillons avaient été analysés et leurs lignées (historique des variantes) déterminées et soumises au National Center for Disease Control (NCDC), selon la réponse à une question dans le Lok Sabha. .
Cependant, les données de l’INSACOG visibles sur un site Web géré par le Council of Scientific and Industrial Research-Institute of Genomics and Integrative Biology, l’un des principaux laboratoires de l’INSACOG, montrent que 49 770 génomes ont été analysés et attribués à 232 lignées. Ces chiffres incluent les génomes séquencés par le Kerala et le Maharashtra, qui ont leurs propres programmes de surveillance du génome. En chiffres absolus, le Maharashtra représente un cinquième des génomes nationaux étudiés et le Kerala environ un dixième.
Renu Swarup, secrétaire du département de biotechnologie, qui coordonne l’INSACOG, a déclaré que les chiffres disponibles sur le site Web public n’étaient pas les plus récents pour juin et juillet. « Ce ne sont pas les données complètes pour juin ou juillet. Cela ne vous donne donc que des données sur les séquences analysées et ce n’est pas en temps réel. Nous avons maintenant un portail en temps réel et bientôt son lien sera disponible », a-t-elle déclaré. L’Hindou.
Un scientifique de l’un des laboratoires de l’INSACOG a déclaré qu’il y avait toujours un décalage lorsque les échantillons d’une région, de n’importe quel mois, étaient analysés, et qu’il y aurait une augmentation des échantillons de juillet dans les semaines à venir. Cependant, il y a des défis dans le programme. L’initiative de l’INSACOG était initialement prévue pour trois mois, et comme le projet n’a été prolongé que récemment, les fonds disponibles aux laboratoires pour effectuer le séquençage ont été retardés. L’autre raison, a déclaré cette source, était que de nombreux États n’envoyaient pas d’échantillons : « Le National Center for Disease Control a spécifié qu’au moins 300 échantillons devraient être envoyés de chaque État par mois. Très peu d’États se conforment réellement à cette directive.
Le ministère de la Santé a déclaré dans le Lok Sabha la semaine dernière que les directives existantes consistaient à séquencer 15 échantillons de chaque site sentinelle tous les 15 jours dans chaque État afin que les districts soient représentés d’un point de vue épidémiologique. Chaque État devrait disposer de 10 sites sentinelles de ce type, qui sont des laboratoires et des hôpitaux de soins tertiaires notifiés. « Il s’agit d’une stratégie d’échantillonnage plus diversifiée par rapport à un séquençage aléatoire d’échantillons de 5 % », a noté le ministère.
La base de données de l’INSACOG a la contribution de 28 États et territoires de l’Union. Ainsi, idéalement, il devrait y avoir 8 400 échantillons par mois, ce qui, comme le suggèrent les chiffres de juin et juillet, est bien en deçà des besoins.
La variante dominante en Inde continue d’être la variante Delta, mais un séquençage limité signifie qu’il sera impossible de savoir si de nouvelles variantes peuvent entraîner des poussées. Actuellement, le Kerala signale environ la moitié du nombre de cas quotidiens, et des trajectoires croissantes sont observées dans plusieurs États du nord-est. Le Meghalaya, le Mizoram, l’Assam et Tripura ont chacun contribué à moins de 200 échantillons pour le séquençage du génome, selon la base de données de l’INSACOG.
Bien que le mois de juillet ait le moins d’échantillons, la proportion d’échantillons de variante Delta est tombée à 73% par rapport à plus de 85% des échantillons analysés en mai et juin.
.
