Publié le 24 septembre 2025 10h15. Une étude approfondie du génome du grillon des dunes Schizodactylus jimo révèle des informations cruciales sur son adaptation à des environnements arides et offre de nouvelles perspectives sur l’évolution des orthoptères.
Des chercheurs ont séquencé et analysé le génome complet de Schizodactylus jimo, un grillon des dunes originaire de Chine, en utilisant des technologies de pointe telles que le séquençage PacBio HiFi et le Hi-C. Cette analyse détaillée, dont les données sont disponibles sur NCBI BioProject, permet de mieux comprendre les mécanismes génétiques qui sous-tendent la survie de cet insecte dans des conditions environnementales extrêmes.
L’étude a révélé une taille de génome de 1,5 milliard de paires de bases (1,5 Gbp) et a identifié un grand nombre d’éléments transposables, représentant environ 30 % du génome total. Ces éléments génétiques mobiles jouent un rôle important dans l’évolution et l’adaptation des espèces. Les chercheurs ont utilisé des outils bioinformatiques tels que RepeatMasker (http://www.repeatmasker.org), Dfam (https://doi.org/10.1186/s13100-020-00230-y) et Repbase (https://doi.org/10.1186/s13100-015-0041-9) pour identifier et caractériser ces éléments.
L’analyse phylogénétique, basée sur des locus ribosomiques, confirme la position de Schizodactylus jimo au sein de la sous-famille des Schizodactylinae, au sein de l’ordre des Orthoptères. Les données génomiques ont été comparées à celles d’autres espèces d’orthoptères, notamment grâce aux ressources OrthoDB et BUSCO (https://doi.org/10.1093/nar/gkae987), permettant de retracer l’histoire évolutive de ce groupe d’insectes.
Les chercheurs ont également étudié les gènes impliqués dans la perception sensorielle et la réponse au stress environnemental, ce qui pourrait expliquer la capacité de Schizodactylus jimo à prospérer dans les dunes de sable. Des outils comme BRAKER2 (https://doi.org/10.1038/s41592-020-01056-5) et AUGUSTUS ont été utilisés pour l’annotation du génome. Les données de séquençage d’ARN (RNA-seq) ont été analysées avec StringTie2 (https://doi.org/10.1186/s13059-019-1910-1) pour identifier les gènes activement exprimés.
Les données brutes de séquençage sont accessibles via l’ NCBI SRA (SRR34590780, SRR34590781, SRR34590782, SRR34590783) et le génome assemblé est disponible sur NCBI Genbank (GCA_053542775.1). Les résultats de cette étude, publiés sur Figshare, ouvrent de nouvelles voies pour la recherche sur l’adaptation des insectes aux environnements extrêmes et la conservation de la biodiversité.
Les outils bioinformatiques utilisés dans cette étude incluent Minimap2 (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191), SAMtools et BCFtools (https://doi.org/10.1093/gigascience/giab008), Chromap (https://doi.org/10.1038/s41467-021-26865-w), YaHS (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac808), Juicer (https://doi.org/10.1016/j.cels.2016.07.002), tRNAscan-SE (https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9173-0_1), InterPro (https://doi.org/10.1093/nar/gkac993), eggNOG-mapper (https://doi.org/10.1093/molbev/msab293), DIAMOND (https://doi.org/10.1038/s41592-021-01101-x) et Pfam (https://doi.org/10.1093/nar/gky995).