La technologie de séquençage de nouvelle génération a rendu plus facile que jamais le diagnostic rapide des maladies des plantes. «C’est vraiment passionnant de voir comment les technologies de séquençage ont évolué et comment cette nouvelle technologie facilite le séquençage de génomes entiers en si peu de temps», a déclaré Yazmín Rivera, phytopathologiste du programme de protection des plantes et de quarantaine du Département de l’agriculture des États-Unis. qui a récemment publié un article de recherche sur l’efficacité des protocoles d’Oxford Nanopore Technologies.
«Nous voulions fournir une évaluation impartiale de la technologie et des protocoles disponibles pour le séquençage à lecture longue», a expliqué Rivera. Avec d’autres phytopathologistes, Rivera a utilisé les protocoles de l’entreprise pour préparer des bibliothèques d’ARN et d’ADN à partir de matériel végétal infecté par un virus et d’une bactérie phytopathogène, respectivement. Après une heure de séquençage des données, les scientifiques disposaient de suffisamment de données pour assembler de petits génomes.
«Les diagnosticiens apprécieront un examen objectif de cette technologie», a déclaré Rivera. Rivera et ses collègues ont publié leurs résultats dans Progrès de la santé des plantes, présentant une comparaison côte à côte des protocoles qui permettra au lecteur d’identifier quel kit de préparation de bibliothèque est le mieux adapté à ses besoins.
La capacité d’obtenir rapidement le génome entier d’un organisme a de grandes implications pour le domaine de la phytopathologie. «Le fait d’avoir plus d’informations facilement disponibles facilite l’identification des agents pathogènes émergents et des agents pathogènes difficiles à identifier», explique Rivera. Pour plus d’informations, lisez “Comparison of Nanopore Sequencing Protocols and Real-Time Analysis for Phytopathogen Diagnostics” publié dans le numéro de mars de Plant Health Progress.
Avis de non-responsabilité: La mention de noms commerciaux ou de produits commerciaux dans cette publication sert uniquement à fournir des informations spécifiques et n’implique aucune recommandation ou approbation de la part du ministère américain de l’Agriculture.
Source de l’histoire:
Matériel fourni par Société américaine de phytopathologie. Remarque: le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.
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