Mis à jour le 12 novembre 2025 à 14h52. Des médicaments courants, comme les antidépresseurs ou les bêtabloquants, pourraient perturber durablement l’équilibre de notre flore intestinale, selon de nouvelles recherches. Cette découverte soulève des questions sur l’impact à long terme de ces traitements sur notre santé globale.
- De nombreux médicaments, au-delà des antibiotiques, peuvent modifier la composition du microbiote intestinal pendant des années.
- Ces perturbations pourraient affecter la santé immunitaire, métabolique et même mentale.
- Des experts soulignent la nécessité d’une prescription plus raisonnée et d’une approche globale prenant en compte le rôle crucial du microbiote.
Longtemps considéré comme un simple auxiliaire de la digestion, le microbiote intestinal est désormais reconnu comme un véritable organe, essentiel à notre bien-être. Il influence notre immunité, notre métabolisme et même notre santé mentale. Une nouvelle étude, publiée dans la revue mSystems, vient cependant nuancer cette vision en révélant un impact insoupçonné : de nombreux médicaments largement prescrits pourraient altérer durablement l’équilibre de cet écosystème bactérien, et ce, même après l’arrêt du traitement.
L’impact ne se limite pas aux antibiotiques, dont l’effet néfaste sur le microbiote est bien connu. Les chercheurs de l’université de Groningen, aux Pays-Bas, ont observé que des molécules utilisées pour traiter l’hypertension, l’insomnie, l’anxiété ou encore le reflux gastrique peuvent modifier la flore intestinale sur le long terme. Ces résultats, qui nécessitent d’être confirmés par d’autres études, interrogent sur la « mémoire pharmacologique » de notre intestin et sur la manière de concilier nécessité thérapeutique et préservation de cet allié essentiel.
Pour mieux comprendre les implications de ces découvertes, nous avons interrogé Danilo De Gregorio, professeur associé de pharmacologie à l’Université Vita-Salute San Raffaele de Milan.
L’expert : « Des résultats intéressants, mais à interpréter avec prudence »
« L’étude est intéressante, notamment en raison de la taille de la cohorte analysée – plus de 2 500 individus ont été suivis pour évaluer l’impact de différents médicaments sur le microbiote. Cependant, en tant que pharmacologue, je pense qu’il faut interpréter ces résultats avec prudence. Les auteurs ont analysé un grand nombre de médicaments sur une population hétérogène, allant des plus jeunes aux plus âgés, dont beaucoup suivaient plusieurs traitements en même temps. Dans ces conditions, il est complexe d’isoler l’effet d’un seul médicament, car les interactions entre les molécules peuvent déjà modifier le microbiote, souvent de manière réversible et pas forcément négative. »
Danilo De Gregorio, professeur associé de pharmacologie à l’Université Vita-Salute San Raffaele de Milan
Le professeur rappelle que le microbiote est un système dynamique, influencé par de nombreux facteurs : « L’alimentation, le stress, les processus inflammatoires, voire les facteurs environnementaux. Même un verre de lait peut modifier immédiatement la flore intestinale. Attribuer des changements durables exclusivement aux médicaments peut donc être trompeur. Les données néerlandaises sont utiles pour formuler des hypothèses, mais il est prématuré de tirer des conclusions définitives sur la santé à long terme. »
« Les médicaments restent sûrs : la priorité reste toujours les soins aux patients »
Quoi qu’il en soit, comment gérer l’impact potentiel des médicaments les plus couramment prescrits ? La réponse de Danilo De Gregorio est claire : « La priorité reste le soin des patients. Les bêtabloquants, les antidépresseurs ou les inhibiteurs de la pompe à protons ont des bénéfices avérés et il n’y a aucune raison de les interrompre par crainte d’altérations microbiennes. Il est cependant important de toujours les prescrire de manière appropriée, à la dose minimale efficace et pour la durée strictement nécessaire. Il faut également éviter les polythérapies inutiles : lorsque trop de médicaments sont associés, les interactions augmentent et l’effet global sur le microbiote peut devenir moins prévisible. »
Du point de vue du patient, il est possible d’adopter quelques bonnes pratiques : « Réduire le stress et suivre une alimentation équilibrée permettent de maintenir l’homéostasie intestinale. Mais il n’y a, pour l’instant, aucune raison de limiter ou de modifier les traitements établis sur la base des résultats d’une seule étude. »
Comment « réparer » un microbiome altéré
Et si un traitement médicamenteux avait réellement modifié la flore intestinale ? « L’un des moyens de préserver ou de rééquilibrer le microbiote, explique l’expert, est l’utilisation de prébiotiques ou de probiotiques sélectionnés, associés à une alimentation riche en fibres et en aliments fermentés. La réduction du stress joue également un rôle important. »
Le pharmacologue cite les recherches du neuroscientifique irlandais John Cryan, pionnier dans l’étude de l’axe intestin-cerveau : « Certaines études expérimentales ont montré que le microbiote est altéré chez les patients déprimés et que, dans les cas résistants aux antidépresseurs traditionnels, une greffe fécale provenant de donneurs sains peut améliorer les symptômes. Ce n’est pas encore une thérapie cliniquement approuvée, mais elle illustre la manière dont la modulation du microbiote peut également influencer la santé mentale. »
Un système complexe, à respecter
En réalité, l’étude néerlandaise représente davantage un point de départ qu’une alarme : « Les résultats doivent être pris avec prudence, car ils sont influencés par de multiples facteurs, en particulier chez les personnes qui prennent plusieurs médicaments en même temps. Ces molécules restent sûres et utiles : elles nous rappellent simplement que le corps est un système complexe et que chaque thérapie doit être soigneusement calibrée. »
Pour aller plus loin
