Publié le 21 novembre 2025 11h13. Une nouvelle étude révèle que les antidépresseurs modifient en profondeur la composition du microbiome intestinal, mais l’ajout de prébiotiques à l’alimentation pourrait atténuer ces effets indésirables.
- Les antidépresseurs courants, notamment les ISRS, les IRSN et les antidépresseurs tricycliques, altèrent le microbiome intestinal.
- Ces modifications peuvent réduire la résilience du microbiome, en particulier chez les personnes présentant déjà une résistance aux antibiotiques.
- Les prébiotiques, présents dans certains aliments, pourraient aider à restaurer l’équilibre du microbiome et à protéger contre les effets négatifs des médicaments.
Des chercheurs de l’Université d’Ottawa et de l’Institut de Lifeomics de Pékin ont mis en évidence un lien insoupçonné entre la santé mentale et la flore intestinale. Leur travail, dirigé par le professeur Daniel Figeys, aujourd’hui directeur de l’Institut Quadram du Norwich Research Park, démontre que les médicaments psychotropes ne se limitent pas à agir sur le cerveau, mais qu’ils remodèlent également l’écosystème bactérien complexe qui réside dans nos intestins.
« Nos recherches montrent que les médicaments que nous prenons quotidiennement ne se contentent pas d’agir sur le corps, ils peuvent également remodeler le microbiome intestinal, et cela dépend du niveau initial de protéines résistantes aux antibiotiques exprimées par chaque microbiome intestinal », explique le professeur Figeys. Il précise que les médicaments peuvent rendre le microbiome moins résilient, diminuant sa capacité à faire face aux agressions, notamment en présence d’une résistance aux antibiotiques préexistante.
« Les médicaments peuvent pousser le microbiome vers un nouvel état moins résilient, réduisant ainsi sa capacité à faire face aux défis, en particulier lorsque des niveaux plus élevés de résistance aux antibiotiques sont déjà présents. »
Professeur Daniel Figeys, directeur de l’Institut Quadram du Norwich Research Park
L’étude, publiée dans Communications Nature, a analysé l’impact de plus de 300 médicaments sur le microbiome intestinal de six individus. Les chercheurs ont utilisé leur test de microbiome RapidAIM pour mesurer les modifications des protéomes et évaluer l’impact sur la fonctionnalité de l’écosystème intestinal. Ils ont constaté que de nombreux médicaments affectent le microbiome, et qu’un sous-ensemble de neuropharmaceutiques induit des réponses particulièrement marquées, et ce, quelle que soit la composition initiale du microbiome.
Les résultats ont également révélé une augmentation significative du niveau de protéines de résistance aux antimicrobiens (ARP) après la prise de médicaments, ainsi qu’une diminution de la redondance fonctionnelle. La redondance fonctionnelle, essentielle à la stabilité du microbiome, permet à différentes espèces bactériennes d’assurer la même fonction. Si une espèce disparaît, une autre peut prendre le relais pour maintenir l’équilibre et la production de métabolites essentiels à notre santé.
Face à ces constats, l’équipe de recherche s’est interrogée sur la possibilité d’atténuer les effets néfastes des médicaments. Plutôt que de cibler des microbes spécifiques, ils ont exploré l’intérêt des prébiotiques, des composés alimentaires qui nourrissent les bactéries bénéfiques du microbiome.
Les chercheurs ont utilisé des fructooligosaccharides (FOS), un type de fibre présent dans de nombreux végétaux, qui n’est pas digéré dans l’intestin grêle mais atteint le gros intestin où il sert de nourriture aux bactéries probiotiques. Les FOS peuvent augmenter la redondance fonctionnelle du microbiome, le rendant ainsi plus résilient. L’ajout de FOS a permis d’atténuer les effets négatifs des médicaments sur le microbiome, en préservant la redondance fonctionnelle et en limitant l’expression des protéines de résistance aux antimicrobiens.
« Cela suggère que les FOS pourraient aider à contrecarrer certains des impacts négatifs des ISRS, des IRSN et des antidépresseurs tricycliques sur le microbiome », souligne le professeur Figeys. Il insiste sur la nécessité d’approfondir nos connaissances sur l’interaction entre les médicaments, le microbiome intestinal et la santé. « Ces résultats renforcent le besoin urgent de comprendre comment les médicaments et autres xénobiotiques affectent le microbiome intestinal. Ils soulignent également l’importance d’étudier la résistance aux antibiotiques au sein du microbiome commensal et son lien avec les effets des médicaments. »
« Enfin, ils offrent une note d’espoir, car les prébiotiques peuvent aider à contrecarrer certains des impacts négatifs des médicaments sur le microbiome lorsqu’ils sont administrés ensemble. »
Professeur Daniel Figeys, directeur de l’Institut Quadram du Norwich Research Park
Le microbiome intestinal humain est un ensemble complexe de milliards de micro-organismes, comprenant des centaines d’espèces bactériennes différentes. Ces communautés interagissent pour soutenir l’écosystème intestinal et notre santé, notamment par la production de métabolites essentiels grâce aux enzymes et aux protéines du microbiome.
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