Publié le 30 décembre 2025. Des chercheurs ont découvert que les virus responsables de certaines gastro-entérites peuvent survivre et même proliférer à l’intérieur d’amibes, des micro-organismes présents dans l’eau, remettant en question les méthodes actuelles de traitement et de surveillance de la qualité de l’eau.
- Les norovirus et les adénovirus peuvent persister dans les amibes libres, des organismes unicellulaires communs dans les systèmes d’eau naturels et artificiels.
- Ces amibes pourraient agir comme des réservoirs et des vecteurs de transmission pour ces virus, expliquant leur présence prolongée dans l’eau.
- Cette découverte suggère la nécessité d’évaluer plus précisément les risques liés à la contamination virale de l’eau et d’adapter les stratégies de gestion.
Des virus pathogènes présents dans l’eau et les aliments contaminés continuent de poser des problèmes de santé publique à l’échelle mondiale, malgré les progrès significatifs réalisés dans le traitement de l’eau potable et des eaux usées. Le norovirus humain est notamment la cause la plus fréquente de gastro-entérite virale aiguë, même de faibles quantités de virus pouvant suffire à provoquer une infection. Les adénovirus humains sont également fréquemment détectés dans les eaux usées et les cours d’eau contaminés.
Jusqu’à présent, les virus étaient considérés comme des entités flottant librement dans l’eau ou liées à des particules. Cependant, des recherches récentes ont montré que les amibes libres – des organismes unicellulaires auparavant connus uniquement pour héberger des bactéries et d’autres micro-organismes – peuvent également servir d’hôtes à des virus pathogènes. C’est dans ce contexte qu’une équipe de l’Université privée Karl Landsteiner (KL Krems), en collaboration avec des partenaires du Canada, d’Asie et d’Australie, a étudié la survie des norovirus et des adénovirus au sein de différentes espèces d’amibes et l’impact potentiel sur le risque d’infection.
« En microbiologie aquatique, nous connaissons depuis longtemps les amibes comme hôtes de bactéries telles que les légionelles, explique le Dr Mats Leifels, scientifique au département de qualité de l’eau et de santé de KL Krems et premier auteur de l’étude. Cependant, leur rôle dans les virus gastro-intestinaux humains a été étonnamment négligé. »
« Nos expériences montrent que les amibes communes ne se contentent pas de digérer et donc d’inactiver ces virus. Elles peuvent les protéger, les transporter et, dans le cas des adénovirus, peut-être même soutenir les premières étapes de la reproduction virale. »
Dr. Mats Leifels, scientifique au département de qualité de l’eau et de santé de KL Krems
Selon le Dr Leifels, cette interaction entre les organismes unicellulaires et les virus gastro-intestinaux modifie notre compréhension de la manière dont l’eau peut servir de voie de transmission et de l’efficacité réelle des processus de traitement existants pour inactiver les virus.
L’équipe de recherche a co-cultivé des norovirus et des adénovirus humains avec trois espèces d’amibes libres courantes dans les systèmes d’eau : Vermamoeba vermiformis, Acanthamoeba polyphaga et Willaertia magna. En utilisant la PCR quantitative (permettant de mesurer le matériel génétique des virus) et la microscopie à fluorescence (visualisant la localisation des virus dans les cellules), les chercheurs ont suivi l’évolution des virus pendant douze jours. Ils ont découvert des génomes de norovirus dans le cytoplasme et les vacuoles de V. vermiformis et A. polyphaga, tandis que des adénovirus ont été observés dans le noyau cellulaire de W. magna. Des virions intacts – c’est-à-dire des particules virales complètes et infectieuses – sont restés détectables tout au long de l’expérience, à différents stades du cycle de vie des amibes et dans les vésicules qu’elles avaient absorbées. De plus, des virus infectieux ont pu être détectés après le transfert d’amibes contenant des adénovirus dans des cultures cellulaires, ce qui indique que le passage via les amibes ne les rend pas inoffensifs. L’équipe a également détecté de l’ARN messager d’adénovirus, suggérant une possible réplication virale au sein de l’hôte amibe.
Les amibes libres sont particulièrement résistantes. Sous forme de kystes, elles peuvent survivre à des doses élevées de désinfectants chimiques courants, tels que le chlore, tout en inactivant de nombreux autres micro-organismes. Par conséquent, les virus pathogènes capturés et transportés par les amibes pourraient échapper aux barrières des systèmes de traitement et d’assainissement.
« Du point de vue de l’évaluation des risques microbiologiques, nous devons désormais considérer les amibes libres comme des réservoirs et des vecteurs potentiels – en quelque sorte des ‘chevaux de Troie viraux’ – lors de l’évaluation de la persistance et de l’efficacité de l’élimination des virus d’origine hydrique et fécale », souligne le professeur Andreas Farnleitner, chef du département de qualité de l’eau et de santé à KL Krems et ICC Water & Health, et co-auteur de l’étude. Publication originale. « Ce n’est qu’alors que nos concepts de sécurité de l’eau refléteront la complexité réelle des systèmes aquatiques. »
Avec le changement climatique, l’urbanisation et la raréfaction croissante de l’eau, la pression sur les ressources en eau de surface et souterraines s’intensifie, soulignant la nécessité de mieux comprendre ces interactions microbiennes cachées. Les auteurs précisent que ces résultats sont basés sur des modèles de laboratoire et que des études supplémentaires sont nécessaires pour déterminer les quantités réelles de virus présentes dans les amibes des eaux naturelles. Ils estiment toutefois qu’il est déjà pertinent d’intégrer les amibes libres dans les futures recherches sur la sécurité de l’eau et la réutilisation de l’eau, et d’adopter des approches de surveillance permettant de distinguer les virus véritablement inactivés des virus infectieux présents à l’intérieur des protozoaires.
Cette étude s’inscrit dans la stratégie de recherche de KL Krems, qui se concentre sur des domaines interdisciplinaires ayant un impact significatif sur la politique de santé, notamment l’axe de recherche Exposome & Environmental Health, qui englobe les sciences de la nutrition, l’allergologie, ainsi que la qualité de l’eau et la santé.
Grâce à ces nouvelles données sur l’interaction virus-amibe, KL Krems et ses partenaires espèrent aider les autorités de régulation à développer des mesures durables et scientifiquement fondées pour protéger la santé publique.
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