Publié le 25 mai 2024 14:35:00. Une étude génétique révèle que l’histoire des populations de cochons à travers l’Indonésie et le Pacifique est intimement liée aux migrations humaines, remettant en question les notions traditionnelles d’espèces envahissantes et indigènes.
- Des analyses génomiques de plus de 700 cochons montrent que les humains ont transporté ces animaux à travers les îles pendant des dizaines de milliers d’années.
- Les premiers déplacements de porcs remonteraient à 50 000 ans sur l’île de Sulawesi, en Indonésie.
- L’étude souligne la complexité de la notion d'”espèce envahissante” et la nécessité d’adapter les politiques de conservation en conséquence.
Depuis plus d’un siècle, la « ligne Wallace », une frontière biologique majeure à travers l’Indonésie, divise deux mondes fauniques distincts. À l’ouest, l’Asie est peuplée de léopards, de singes et de cerfs, tandis qu’à l’est, l’Australasie est dominée par les marsupiaux et les casoars. La plupart des espèces n’ont jamais franchi naturellement cette ligne de partage, à l’exception notable du cochon, dont le voyage à travers les îles s’avère être le fruit d’une longue collaboration avec l’homme.
Une nouvelle étude, basée sur l’analyse du génome complet de plus de 700 cochons, révèle que pendant des dizaines de milliers d’années, les populations humaines ont activement transporté des porcs à travers les îles, disséminant ainsi des lignées qui se sont répandues de l’Asie du Sud-Est jusqu’aux confins de la Polynésie. En comparant l’ADN des porcs dans le temps et dans l’espace, les chercheurs ont pu reconstituer l’histoire de ces migrations assistées par l’homme, identifiant les moments clés de l’arrivée de différentes lignées sur des îles spécifiques, les croisements avec les espèces locales et les mouvements humains qui ont rendu ces déplacements possibles.
Les résultats dressent une chronologie détaillée de cette dispersion, marquée par de multiples vagues migratoires, des origines diverses et un métissage important. En d’autres termes, là où les humains allaient, les cochons les suivaient.
Le signal génétique le plus ancien détecté remonte à environ 50 000 ans sur l’île de Sulawesi, réputée pour abriter les plus anciennes peintures rupestres figuratives connues au monde. Les artistes de cette époque n’ont pas seulement immortalisé les cochons verruqueux de Sulawesi sur les parois des grottes, ils les ont également transportés vers d’autres régions. Les analyses génomiques suggèrent que les humains ont déplacé ces espèces de porcs verruqueux vers le sud et l’est, jusqu’à Timor, probablement dans le but de constituer une réserve de gibier pour l’avenir. Cette simple décision – déplacer un animal robuste et omnivore vers un nouvel environnement – a établi un modèle qui allait se répéter pendant des millénaires.
Il y a environ 4 000 ans, le rythme de ces déplacements s’est accéléré avec l’émergence des premières communautés agricoles. Les porcs domestiques ont alors été transportés à travers les îles d’Asie du Sud-Est, suivant un itinéraire qui a débuté à Taïwan, traversé les Philippines et les Moluques (au nord de l’Indonésie), avant de s’étendre à la Papouasie-Nouvelle-Guinée, au Vanuatu et aux confins de la Polynésie. Partout où les populations s’installaient, les cochons les accompagnaient, transportés dans des pirogues vers de nouvelles côtes.
Comme il arrive souvent, certains porcs domestiques se sont échappés et sont redevenus sauvages, se croisant avec des populations sauvages ou introduites plus tôt. Sur les îles Komodo, par exemple, les porcs actuels sont le résultat d’un mélange entre des porcs domestiques et d’anciens porcs verruqueux de Sulawesi, formant une population hybride qui constitue désormais une source de nourriture importante pour les dragons de Komodo, une espèce menacée.
Cette situation rappelle que le terme « envahissant » ne signifie pas toujours « écologiquement insignifiant ». Parfois, les espèces introduites deviennent des éléments centraux du nouveau réseau trophique.
L’histoire ne s’arrête pas à la préhistoire. L’équipe de recherche a également identifié des traces génétiques de porcs européens introduits pendant la période coloniale, ajoutant une nouvelle couche de complexité à l’ascendance des populations insulaires et créant un véritable « creuset » génétique témoignant de siècles de commerce, de conquête et de colonisation.
« Les sangliers sont présents dans toute l’Eurasie et l’Afrique du Nord et n’ont certainement pas besoin de l’aide de l’homme pour se disperser dans de nouvelles zones. Lorsque les humains ont donné un coup de main, les porcs n’ont pas hésité à se répandre sur les îles nouvellement colonisées d’Asie du Sud-Est et du Pacifique. »
Greger Larson, professeur à l’Université d’Oxford
En séquençant les génomes de populations anciennes et plus récentes, nous avons pu relier ces dispersions assistées par l’homme à des populations humaines spécifiques dans l’espace et dans le temps.
Si les porcs des deux côtés de la ligne Wallace ont été principalement transportés par les humains, quelles sont les implications de cette découverte aujourd’hui ? L’étude souligne à quel point – et depuis combien de temps – les humains ont façonné les écosystèmes du Pacifique. Dans certaines régions, les cochons sont vénérés et intégrés à la vie rituelle, tandis que dans d’autres, ils sont considérés comme des ravageurs qui dévastent les cultures. Sur certaines îles, ils sont présents depuis tellement de générations que les habitants les considèrent comme faisant partie de la faune indigène. Les étiquettes simplistes telles que « envahissant » et « natif » commencent à perdre de leur pertinence.
Les politiques de conservation devront tenir compte de cette complexité. Sur les îles soumises à un stress hydrique où les porcs dévastent la végétation et les nids d’oiseaux, le contrôle ou la suppression peuvent encore être nécessaires. Dans d’autres endroits, où les porcs constituent désormais la base du régime alimentaire des prédateurs ou des moyens de subsistance locaux, l’éradication pourrait causer plus de tort que de bien.
« La grande question maintenant est : à quel moment considérons-nous quelque chose comme indigène ? Et si les gens avaient introduit des espèces il y a des dizaines de milliers d’années, est-il pertinent de faire des efforts de conservation ? »
Laurent Frantz, professeur de paléogénomique animale à l’Université Queen Mary de Londres
Démêler cette histoire complexe n’a pas été facile. L’équipe a dû séparer les signaux qui se chevauchaient : les anciens porcs verruqueux de Sulawesi, les porcs domestiques de l’ère austronésienne, les importations européennes ultérieures et les sangliers spécifiques à une région. Cela a nécessité un échantillonnage dense sur les îles et à travers le temps, ainsi qu’une modélisation minutieuse pour identifier les moments où les lignées se sont séparées, se sont mélangées et où le flux génétique a eu lieu.
« Ces mouvements ont donné naissance à des porcs avec un mélange d’ascendances. Ces modèles étaient techniquement très difficiles à démêler, mais ils nous ont finalement aidés à comprendre comment et pourquoi les animaux ont été répartis dans les îles du Pacifique. »
David Stanton, généticien à l’Université de Cardiff
Au-delà des porcs, cette étude offre une leçon plus large : la migration humaine est une force biologique puissante. Lorsque les marins ont traversé le Pacifique, ils n’ont pas seulement transporté des styles de poterie et des cultures, ils ont également déplacé des génomes. Certains passagers, comme les cochons, ont remodelé les écosystèmes insulaires. D’autres, introduits plus tard, ont ajouté de nouveaux traits et de nouveaux effets écologiques.
Cette longue histoire de mouvements nous confronte aujourd’hui à des choix difficiles. D’un côté, la protection des biotes indigènes reste essentielle. De l’autre, certaines lignées introduites sont arrivées il y a si longtemps et sont devenues si étroitement liées aux écologies locales qu’une règle universelle consistant à « supprimer les non-autochtones » ne convient plus. Une conservation efficace dans le Pacifique nécessitera probablement des décisions locales éclairées par la génétique, l’écologie et les besoins des communautés.
Ce qui est clair, c’est que l’histoire du cochon n’est pas seulement une curiosité concernant des animaux robustes qui font de l’auto-stop. C’est un miroir que l’on nous tend, montrant comment nos migrations, nos économies et nos valeurs se répercutent sur le monde vivant, île par île et siècle après siècle.
L’étude complète est publiée dans la revue Science.
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