Publié le 30 octobre 2025 09:10:00. Une étude révèle que le virus SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, a réduit sa diversité génétique interne au fil de la pandémie, une évolution qui pourrait influencer sa transmission et sa sensibilité aux traitements, et qui nécessite une adaptation des stratégies de surveillance épidémiologique.
- Le virus présente désormais une diversité génétique interne plus faible chez les personnes infectées qu’au début de la pandémie.
- Cette réduction de la diversité ne signifie pas une diminution du nombre total de mutations, mais un changement dans la manière dont le virus évolue.
- Cette découverte a des implications importantes pour la surveillance épidémiologique et la conception de nouvelles stratégies de prévention.
Depuis son émergence en 2019, le SARS-CoV-2 a démontré une capacité remarquable à évoluer, donnant naissance à des variants tels que Delta et Omicron, caractérisés par des mutations améliorant leur transmissibilité et leur capacité à échapper à l’immunité. Cependant, une recherche multidisciplinaire menée par le Centre de biologie moléculaire Severo Ochoa (CBM, CSIC-UAM) met en lumière une transformation plus subtile, mais tout aussi significative : le virus semble avoir affiné sa stratégie d’adaptation à l’hôte humain en réduisant sa diversité génétique interne.
Jusqu’à présent, on savait que les virus à ARN, comme le SARS-CoV-2, génèrent une multitude de variantes légèrement différentes au sein d’un même organisme infecté, ce qu’on appelle des « nuages mutants ». Cette diversité interne est cruciale pour permettre au virus de s’adapter aux pressions environnementales, telles que la réponse immunitaire de l’hôte ou l’action des traitements. L’étude du CBM, publiée dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), révèle que ces nuages mutants étaient beaucoup plus larges et diversifiés lors des premières vagues de la pandémie qu’ils ne le sont aujourd’hui, notamment avec le variant Omicron.
« Nos travaux montrent que la diversité interne du virus évolue également, et ce changement peut influencer son mode de transmission ou sa réponse au système immunitaire. Suivre cette dynamique est essentiel pour anticiper son comportement », explique Celia Perales, chercheuse au CBM et co-auteure principale de l’étude.
Pour parvenir à ces conclusions, les chercheurs ont analysé des échantillons de patients infectés à Madrid entre 2020 et 2022, couvrant les sept premières vagues de COVID-19. En comparant la diversité génétique interne des virus présents dans les échantillons nasopharyngés, ils ont constaté une nette diminution de la variété des mutations au fil du temps.
Il est important de souligner que cette réduction de la diversité interne ne signifie pas que le virus mute moins. L’étude précise que le SARS-CoV-2 continue d’accumuler des mutations à l’échelle mondiale, en particulier dans des régions clés comme la protéine S (Spike), qui lui permet de pénétrer dans les cellules humaines. Ces mutations ont souvent favorisé une plus grande transmissibilité et une meilleure capacité à échapper à l’immunité acquise par les infections antérieures ou la vaccination.
Ce qui change, selon les chercheurs, c’est la manière dont le virus génère et maintient sa diversité interne. Ils ont exclu l’hypothèse d’une amélioration de la précision de la réplication virale en reproduisant en laboratoire des virus des première et sixième vagues. Les résultats ont montré que la capacité à générer de la diversité restait intacte. Cela suggère que la réduction observée chez les patients est liée à des facteurs d’adaptation du virus à l’organisme humain, tels que les organes dans lesquels il se multiplie ou la pression exercée par le système immunitaire.
Cette découverte établit un lien inédit entre la biologie moléculaire du virus et son comportement épidémiologique. Comprendre cette dynamique pourrait ouvrir la voie à de nouvelles stratégies de prévention et de traitement.
Selon les auteurs, cette étude souligne la nécessité d’une surveillance épidémiologique plus large, qui ne se limite pas à l’identification de mutations spécifiques, mais qui prend également en compte l’évolution de la structure génétique globale du virus. Un suivi attentif de cette évolution pourrait permettre d’anticiper d’éventuels changements susceptibles de réduire l’efficacité des mesures existantes et de concevoir des traitements plus efficaces.
Ce travail multidisciplinaire, mené en collaboration avec la Fondation Jiménez Díaz de Madrid, l’Université Polytechnique de Madrid et la Northwestern University (Illinois, États-Unis), confirme que le virus continue de s’adapter, non seulement en modifiant sa forme externe avec l’apparition de nouveaux variants, mais aussi en ajustant son comportement interne au sein de l’organisme de chaque patient. Une compréhension approfondie de cette évolution est essentielle pour protéger la population.
Article scientifique
Martínez-González B, et al. La complexité du spectre du mutant SARS-CoV-2 est un trait épidémiologiquement évolutif. Proc Natl Acad Sci US A. 30 septembre 2025;122(39):e2515706122. DOI : 10.1073/pnas.2515706122
