Bien que le séquençage du génome viral ait progressé rapidement, l’annotation fonctionnelle d’éléments telles que les régions traduites est toujours incomplète pour la plupart des virus. Les approches de calcul sont confrontées à des défis dans le profilage des cadres de lecture ouverts (ORF) et les méthodes expérimentales sont limitées par un faible débit. Écrivant en science, Weingarten-Gabbay et al. Maintenant, signalez une méthode de profilage ribosome massivement parallèle pour dépister les régions traduites dans des centaines de virus dans une seule expérience. Les auteurs ont transfecté une bibliothèque synthétique d’oligonucléotide – dans laquelle chaque oligonucléotide contenait une séquence virale de 200 nucléotides flanquée de amorces constantes et cloné dans un vecteur de surexpression – dans deux lignées cellulaires humaines puis a effectué un profilage de ribosome. Les oligonucléotides ont duré la région non traduite 5 ‘et le début de la séquence codante de 3 976 gènes dans 679 génomes viraux.
Le profilage des ribosomes a identifié 4 208 ORF non canoniques. Lorsque les auteurs ont comparé le schéma des empreintes de ribosomes dans la bibliothèque synthétique avec quatre infections virales natives, ils ont trouvé un fort alignement entre l’emplacement des empreintes provenant de chaque analyse.
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