Le microbiote, cet ensemble de micro-organismes qui cohabitent avec nous, est au cœur d’une révolution scientifique. Des recherches récentes suggèrent que ces bactéries, virus et champignons pourraient non seulement influencer notre santé, mais aussi ouvrir la voie à de nouveaux traitements contre des maladies complexes.
Un biome, au sens large, est une communauté d’êtres vivants interagissant dans un environnement spécifique, qu’il s’agisse d’une forêt tropicale ou d’un récif corallien. Le terme « microbiote » applique ce concept à l’échelle microscopique : il désigne l’ensemble des micro-organismes – bactéries, champignons, virus – qui colonisent notre corps.
Le Projet Microbiome Humain, initié par les National Institutes of Health (NIH), ambitionne de cartographier et de comprendre le rôle de ces micro-organismes. À l’instar du Projet Génome Humain qui a décrypté l’ADN humain, ce projet vise à identifier et à séquencer les milliards de micro-organismes qui vivent en nous et à la surface de notre corps.
Notre microbiote commence à se former dès la naissance. Pendant la grossesse, le microbiote de la mère évolue pour préparer l’accouchement et le transfert de bactéries essentielles au nouveau-né. Au cours des trois premières années de vie, l’enfant enrichit son propre microbiote par le biais du lait maternel, de l’alimentation et de l’environnement. Ce microbiote continue ensuite d’évoluer tout au long de la vie, influencé par notre mode de vie, notre alimentation, les médicaments que nous prenons et notre lieu de résidence.
Il est estimé que les micro-organismes qui nous habitent sont 1,3 fois plus nombreux que nos propres cellules. Ce microbiote n’est pas uniforme : des communautés spécifiques se développent dans différentes parties du corps, comme l’intestin, les voies respiratoires et la peau. Sans ces micro-organismes, notre santé serait compromise, nous étant plus vulnérables aux infections et aux carences nutritionnelles.
Les recherches récentes révèlent des liens de plus en plus étroits entre le microbiote et des pathologies variées. Des études suggèrent un impact sur le poids, avec certaines communautés bactériennes associées à l’obésité. Des liens sont également explorés avec la dépression, l’autisme et le diabète. Par ailleurs, il semblerait que certains microbiotes puissent améliorer l’efficacité de la chimiothérapie et d’autres traitements médicamenteux.
Ces découvertes ouvrent la voie à des interventions médicales innovantes. La transplantation fécale, déjà utilisée avec succès pour traiter les infections à Clostridioides difficile, en est un exemple concret. À l’avenir, il pourrait être possible de moduler le microbiote pour améliorer la santé mentale, contrôler le poids, traiter le diabète et d’autres maladies chroniques. Des recherches plus poussées pourraient même permettre de modifier génétiquement des bactéries spécifiques pour cibler des maladies précises.
Paradoxalement, les professionnels de la lutte contre les infections ont traditionnellement cherché à éliminer les micro-organismes. Les mesures d’hygiène, comme le lavage des mains et la désinfection, visent à prévenir les infections, mais aussi à protéger le microbiote endogène du patient. Un déséquilibre du microbiote peut en effet augmenter la vulnérabilité aux infections opportunistes. L’objectif pourrait donc, à terme, être de mieux comprendre comment utiliser le microbiote pour renforcer les défenses naturelles de l’organisme et lutter contre les infections nosocomiales.
Note de la rédaction : cet article a été initialement publié en avril 2019 et a été mis à jour pour plus de fraîcheur, d’exactitude et d’exhaustivité.
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