Microbiologie

Publié le 21 décembre 2025 04:30:00. Notre flore intestinale, un écosystème complexe peuplé de milliards de micro-organismes, joue un rôle bien plus important dans notre santé que ce que l’on pensait. Des recherches récentes mettent en lumière l’influence cruciale de cette communauté bactérienne sur l’obésité, les maladies cardiovasculaires et même certains cancers, ouvrant la voie à une nutrition personnalisée.

• Une étude menée sur 34 000 personnes révèle un lien étroit entre la composition du microbiote intestinal, l’alimentation et la santé métabolique.
• Les personnes en meilleure santé présentent une plus grande diversité d’espèces bactériennes bénéfiques et une moindre présence d’espèces défavorables.
• Des interventions alimentaires ciblées pourraient permettre d’améliorer la composition du microbiote et de prévenir certaines maladies.

Longtemps négligée, la complexité de notre relation avec les micro-organismes qui nous habitent est désormais au cœur de recherches intensives. La sagesse populaire, qui préconise une alimentation légère pour maintenir la ligne, se heurte à la réalité : les raisons de la prise de poids sont bien plus complexes et pourraient résider dans l’équilibre délicat de notre flore intestinale. L’épidémie d’obésité, qui a doublé dans de nombreux pays depuis 1980, souligne l’urgence de comprendre ces mécanismes.

Ces dernières années, les avancées scientifiques ont permis de mieux cerner les interactions entre notre alimentation et les bactéries qui colonisent notre corps. Comprendre les liens entre le microbiome et des maladies telles que les maladies cardiovasculaires ou le cancer nécessite une collaboration étroite entre informaticiens, biologistes, statisticiens et cliniciens. L’analyse des données massives issues des techniques de séquençage génétique est essentielle pour transformer ces informations en outils concrets d’amélioration de la santé.

Nicola Segata, chercheur italien de 43 ans, est l’un des pionniers de cette révolution scientifique. Il a fondé en 2013 un laboratoire à l’Université de Trente, réunissant des experts de différentes disciplines pour étudier la diversité du microbiome humain et son rôle dans les maladies. Une récente publication dans la revue Nature présente les résultats d’une analyse approfondie des données de 34 000 personnes, dressant ainsi la carte la plus détaillée à ce jour des relations entre l’alimentation, les microbes intestinaux et la santé.

Après avoir classé des centaines d’espèces bactériennes en fonction de leur association avec des indicateurs de santé tels que l’indice de masse corporelle (IMC) ou le taux de glucose, les chercheurs ont constaté que les individus les moins susceptibles de souffrir d’obésité ou de maladies métaboliques présentaient une plus grande diversité d’espèces bactériennes bénéfiques et une plus faible proportion d’espèces défavorables. Ils ont également observé qu’il était possible d’améliorer cette composition grâce à des interventions alimentaires adaptées. De plus, de nombreuses bactéries considérées comme « bonnes » restent encore inconnues ou non cultivées, ce qui souligne l’immensité du champ de recherche et le potentiel d’une nutrition de précision basée sur ces découvertes.

Question : Dans vos travaux les plus récents, vous soulignez qu’il reste encore beaucoup à apprendre sur les écosystèmes bactériens de notre intestin. Êtes-vous déjà convaincu de l’efficacité des nombreux produits commercialisés à base de connaissances sur le microbiome ?

Réponse :

« Oui, je pense que le domaine a considérablement progressé dans la compréhension de la composition et de la fonction du microbiome, même s’il reste encore beaucoup d’inconnues. Chacun de nous abrite des espèces de microbes totalement inconnues, et même pour les espèces que nous connaissons, au moins par leur nom ou certaines de leurs fonctions, la plupart de leurs rôles restent à élucider. Mais nous n’avons pas besoin de tout comprendre pour utiliser le microbiome en clinique, car même en médecine, de nombreux traitements sont efficaces sans que nous en connaissions le mécanisme exact. Un exemple est la greffe de microbes fécaux , qui s’avère très efficace contre certaines maladies, même si nous ne comprenons pas encore précisément comment elle agit. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Vous avez constaté que les personnes ayant une proportion plus élevée de bactéries nocives ont tendance à avoir un IMC plus élevé. Mais comment déterminer ce qui vient en premier ?

Réponse :

« Nous sommes un système complexe composé à la fois de nos cellules et de notre microbiome. Et l’alimentation agit sur les deux en même temps, il est donc parfois difficile de distinguer la cause de l’effet, et l’on observe souvent une simple association. Un cas où il est possible de séparer les deux est celui du café, étudié dans une publication récente. Nous avons montré que le café favorise la prolifération d’une bactérie intestinale appelée Lawsonibacter asaccharolyticus. Nous savons qu’il ne s’agit pas seulement d’une association, car cette bactérie se développe beaucoup mieux in vitro en présence de café. Mais le café est un aliment particulier, car on peut en consommer plusieurs fois par jour ou pas du tout. Dans la plupart des cas, il est impossible de démêler les causes et les effets. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Y a-t-il des situations où certains aliments sont bénéfiques, mais associés à des bactéries nocives ?

Réponse :

« Tout d’abord, il semble qu’il n’existe pas de régime alimentaire universellement bon, du moins du point de vue du microbiote. Le même régime alimentaire peut avoir un impact différent sur différents individus, car le microbiote de chacun est très différent et influence la façon dont nous traitons les aliments. De plus, certaines bactéries peuvent être bénéfiques pour certains individus et moins efficaces pour d’autres, en raison de variations au sein de la même espèce. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Ce type de recherche permettra-t-il de personnaliser les régimes alimentaires ?

Réponse :

« L’objectif est de tendre vers une nutrition personnalisée, car différents aliments auront un effet différent sur différents microbiotes. L’idée est de comprendre quels aliments modifient le microbiome de la bonne manière pour vous. Mais je dois souligner deux points. Premièrement, cela n’aura un impact significatif que si votre régime alimentaire de base est déjà relativement sain. Comparer quelqu’un qui mange de la restauration rapide tous les jours à quelqu’un qui a une alimentation équilibrée, le problème de la première personne n’est pas la personnalisation. Mais entre deux régimes alimentaires sains, la différence peut se faire grâce à la personnalisation. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Les probiotiques peuvent-ils être utiles pour améliorer notre microbiome et notre santé ?

Réponse :

« Il faut distinguer les prébiotiques, qui sont des fibres ou d’autres composés qui peuvent modifier le microbiote, des probiotiques, qui sont des organismes vivants censés coloniser notre intestin. Les deux approches peuvent modifier le microbiote, mais il est difficile de savoir laquelle de ces interventions réussira et provoquera les changements souhaités. Certains probiotiques ne survivent pas dans notre intestin, tandis que d’autres, de nouvelle génération, peuvent le faire. Je ne dis pas que cela ne peut pas fonctionner, mais il faut les considérer comme des compléments qui fonctionneront pour certaines personnes et pas pour d’autres, tout comme certains aliments sont plus adaptés à certaines personnes. Il sera probablement plus facile de modifier le microbiote à partir de prébiotiques ou d’aliments, également d’un point de vue réglementaire, car les probiotiques les plus susceptibles de réussir sont ceux de nouvelle génération ou les bactéries déjà présentes dans le corps des individus, mais il est difficile de les introduire chez d’autres personnes. Nous devons être capables de cultiver et de produire ces microbes et de nous assurer qu’ils ne sont pas nocifs. Au contraire, de nombreux prébiotiques présents dans les aliments, comme les produits laitiers, ne posent pas de problème, même si leur effet peut être limité. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Vous avez montré qu’une partie de la composition de notre microbiome dépend des personnes avec lesquelles nous interagissons. L’amélioration de notre microbiote intestinal dépend-elle de décisions individuelles ou nécessite-t-elle des politiques agissant à l’échelle de la population ? Peut-on changer son microbiote si tous ses amis ou sa famille ne le font pas ?

Réponse :

« Les microbes sont des organismes vivants qui ne sont pas générés dans notre corps, ils viennent de quelque part. Tout comme nous transmettons des agents pathogènes, nous transmettons également des bactéries bénéfiques. On pourrait aller jusqu’à dire qu’il faut choisir ses partenaires en fonction du microbiote qu’ils peuvent nous transmettre, mais cela n’a pas beaucoup de sens. Les microbes proviennent également de la nourriture. Les produits fermentés en contiennent beaucoup, les légumes moins, et lorsque nous mangeons ces produits, nous ingérons également les bactéries ou les champignons qu’ils contiennent, et certains d’entre eux ont un impact sur notre intestin. Nous avons cartographié la composition du microbiome alimentaire et il existe un chevauchement avec le microbiome intestinal. Toutefois, la plupart des microbes ne proviennent pas de l’alimentation. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Vous avez également constaté que les maladies non transmissibles, comme le cancer ou le diabète, sont, dans une certaine mesure, transmissibles par le microbiome.

Réponse :

« Oui, cela peut aussi être le cas avec l’obésité. Mais dans le cadre de cette étude, l’effet de l’alimentation sur le microbiote est quelque chose que nous avons quantifié et qui est bien supérieur à celui de nos interactions sociales sur le risque de développer un diabète ou de devenir obèse. Certaines bactéries qui nous sont transmises par d’autres individus peuvent augmenter le risque de maladies métaboliques, mais les principaux facteurs de risque proviennent de notre alimentation et des interactions au sein de chaque individu entre alimentation et microbiome. »

Nicola Segata, chercheur

Question : Avez-vous constaté des effets non intuitifs de ces relations entre l’alimentation et le microbiome ?

Réponse :

« Nous avons observé que l’aspect alimentaire qui a l’impact le plus positif sur notre microbiote est la diversité des aliments que nous consommons. Il ne s’agit pas nécessairement de la quantité de chaque légume sain, mais plutôt du nombre de types différents de légumes sains que nous consommons chaque jour. Il est plus important de manger un peu de légumes sains et variés que d’en manger beaucoup, un ou deux. En effet, même les bons aliments ont des effets différents sur les différents microbiotes, et nous voulons une diversité de microbes sains, pas seulement quelques-uns. »

Nicola Segata, chercheur