Publié le 24 octobre 2025 05:04:00. Des chercheurs ont considérablement enrichi les connaissances sur le coronavirus humain 229E (HCoV-229E) grâce à l’analyse de plus de 120 génomes isolés en France, révélant de nouvelles informations sur son évolution et sa diversité génétique.
- Une étude récente a permis de séquencer 123 génomes du HCoV-229E, identifiant une lignée émergente et deux sous-lignées distinctes.
- Les analyses ont révélé des milliers de mutations par rapport au génome de référence du virus, notamment dans les gènes codant pour la protéine Spike et Nsp3.
- Cette recherche double quasiment le nombre de génomes HCoV-229E disponibles à l’échelle mondiale et fournit les premières données génomiques françaises sur ce virus.
Le coronavirus humain 229E est l’un des sept coronavirus connus pour provoquer des infections respiratoires chez l’homme. Bien que moins médiatisé que le SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, le HCoV-229E peut entraîner des symptômes allant du simple rhume à des infections plus graves, en particulier chez les personnes âgées ou immunodéprimées. Les données génomiques disponibles sur ce virus étaient jusqu’à présent limitées, entravant la compréhension de son évolution et de sa propagation.
Pour pallier ce manque d’informations, une équipe de chercheurs a mis en place une stratégie de PCR multiplex, une technique permettant d’amplifier simultanément plusieurs fragments du génome viral à partir d’échantillons prélevés dans les voies respiratoires supérieures (nasopharynx). Ces fragments ont ensuite été séquencés à l’aide des technologies de nouvelle génération Nanopore ou Illumina. L’analyse des génomes obtenus a permis d’identifier une lignée émergente du HCoV-229E, initialement détectée en Chine, et de la subdiviser en deux sous-lignées distinctes.
Les analyses phylogénomiques ont révélé un nombre important de mutations par rapport au génome de référence NC_002645.1 (datant de 2001). Au total, 1 167 substitutions nucléotidiques, 72 insertions et 34 délétions ont été identifiées. Au niveau des acides aminés, les chercheurs ont recensé 415 substitutions, 39 délétions et 14 insertions. Les gènes présentant la plus grande diversité génétique étaient ceux codant pour la protéine Spike, essentielle à l’entrée du virus dans les cellules hôtes, et Nsp3, impliquée dans la réplication virale.
Ces découvertes, qui ont permis d’augmenter significativement le nombre de génomes HCoV-229E disponibles à l’échelle mondiale, ouvrent la voie à de nouvelles études sur la phylogénomique et la dynamique évolutive de ce virus. Une meilleure compréhension de ces mécanismes pourrait contribuer à améliorer les connaissances sur les coronavirus en général et à anticiper l’émergence de nouvelles souches potentiellement plus virulentes ou résistantes aux traitements.
Les chercheurs soulignent la nécessité de poursuivre les investigations pour affiner les connaissances sur ce virus et mieux comprendre son impact sur la santé publique.