Publié le 6 octobre 2025 19h37. Des chercheurs ont identifié un nouveau composé prometteur pour lutter contre le Covid-19 et développé une plateforme innovante pour la découverte de médicaments ciblant un large éventail de maladies infectieuses, notamment la grippe, Ebola et Zika.
- Une nouvelle molécule, baptisée composé 6, a démontré une capacité à perturber le fonctionnement du virus SARS-CoV-2 en laboratoire.
- L’équipe de recherche a mis au point une méthode systématique pour identifier les « poches médicamenteuses » dans le matériel génétique viral.
- Cette approche pourrait ouvrir la voie à de nouveaux traitements pour de nombreuses maladies virales à ARN, pour lesquelles les options thérapeutiques sont actuellement limitées.
Dans le cadre de la recherche de nouvelles thérapies antivirales contre le Covid-19 et d’autres maladies infectieuses, des scientifiques du Wertheim UF Scripps Institute ont annoncé la découverte d’un composé prometteur capable de neutraliser le virus responsable du Covid-19. Cette avancée s’accompagne du développement d’une nouvelle plateforme de découverte de médicaments, potentiellement applicable à un large spectre d’agents pathogènes.
L’équipe de chercheurs a commencé par identifier des zones spécifiques, appelées « poches médicamenteuses », au sein de la structure stable du matériel génétique viral. Ces poches, comparables aux serrures, offrent des cibles potentielles pour l’intervention de molécules médicamenteuses. Ils ont ensuite utilisé une combinaison de chimie, de modélisation informatique et de robotique pour concevoir et optimiser des composés capables de se lier à ces cibles.
Le composé ainsi raffiné, surnommé composé 6, a induit un dysfonctionnement des protéines virales SARS-CoV-2 lors de tests en laboratoire, conduisant à leur destruction et à leur élimination par les cellules. Selon le professeur Matthew D. Disney, directeur du département de chimie du Herbert Wertheim UF Scripps Institute for Biomedical Innovation & Technology, cette découverte pourrait avoir des implications significatives pour le traitement d’autres maladies virales.
« La méthode que nous avons développée peut être appliquée à un certain nombre de virus basés sur l’ARN qui représentent un fardeau pour la société et pour lesquels les options de traitement sont limitées, notamment la grippe, le norovirus, le MERS, le Marburg, Ebola, Zika et bien d’autres. Nous avons déjà commencé à travailler sur plusieurs d’entre eux. »
Matthew D. Disney, professeur d’institut et président du département de chimie
La collaboration comprenait également la participation d’Arnab Chatterjee, vice-président directeur de la chimie médicinale au Skaggs-Calibr Institute for Innovative Medicines (La Jolla, Californie), et de Sumit Chanda, qui dirige le Center for Antiviral Medicines & Pandemic Preparation à Scripps Research, dans le cadre du programme de médecine pandémique national.
« Cette plateforme représente une approche transformatrice de la découverte de médicaments. Elle nous fournit une feuille de route non seulement pour concevoir des antiviraux contre les coronavirus, mais aussi pour étendre rapidement cette stratégie à d’autres cibles d’ARN prioritaires dans le domaine des maladies infectieuses et au-delà », a déclaré Arnab Chatterjee, vice-président principal de la chimie médicinale à l’Institut Skaggs-Calibr for Innovative Medicines.
Les co-auteurs de l’étude sont Sandra Kovachka et Amirhossein Taghavi, du Wertheim UF Scripps Institute, ainsi que Jielei Wang, étudiant diplômé au laboratoire de Disney.
Le virus SARS-CoV-2, d’une taille minuscule – il faudrait mille virus alignés pour égaler la largeur d’un cheveu humain – renferme dans son génome les instructions pour la production de 27 protéines virales. Un mécanisme particulier, appelé élément de décalage de cadre, optimise l’utilisation de l’espace limité au sein du virus. Ce dernier agit comme un levier, modifiant le point de départ de la construction des protéines et ordonnant à la cellule d’assembler une nouvelle protéine essentielle à la réplication virale.
Selon Disney, cet élément de décalage de cadre, présent dans de nombreuses variantes de SARS-CoV-2, constitue une cible idéale pour un médicament ciblant l’ARN. Jusqu’à récemment, les structures d’ARN étaient considérées comme des cibles médicamenteuses difficiles à atteindre. Le groupe de Disney s’est concentré sur l’identification de structures d’ARN facilement accessibles aux médicaments, ainsi que sur le développement des technologies et des bibliothèques de composés nécessaires pour y parvenir.
Dans cette nouvelle étude, l’équipe de Disney a combiné des approches informatiques et expérimentales pour cartographier les poches de liaison et les mutations de l’élément de décalage de cadre. Ils ont notamment utilisé une technique innovante développée par Disney, appelée Chem-Clip (réticulation chimique et isolement par tir-down), pour identifier ces poches de liaison.
Une analyse approfondie a révélé qu’un composé existant, la mirafloxacine, interfère avec l’assemblage de l’élément de décalage de cadre, mais de manière imparfaite. Le criblage robotique à haut débit a permis d’identifier huit structures chimiques apparentées capables de se lier aux structures cartographiées de la même manière. Des expériences menées sur des cellules vivantes infectées par le SARS-CoV-2 ont confirmé leur activité antivirale, le composé 6 s’avérant le plus efficace. L’équipe travaille actuellement à améliorer la puissance et l’efficacité de ce composé.
Pour Disney, le principal atout de cette collaboration réside dans la démonstration de la manière dont l’expertise et les technologies combinées peuvent conduire à une nouvelle approche puissante pour lutter contre les maladies virales basées sur l’ARN.
« Cette stratégie offre un moyen ciblé et non biaisé de concevoir rationnellement des antiviraux de petite molécule », a déclaré Disney, qui dirige le centre d’excellence de l’Institut dédié à l’ARN : de la biologie à la découverte de médicaments. « En combinant une expertise approfondie en biologie structurale avec les capacités de découverte de médicaments, nous accélérons le processus de transformation de la recherche fondamentale sur l’ARN en médicaments potentiels. »
Sumit Chanda, dont l’équipe a réalisé les tests cellulaires, a souligné que ce projet illustre les progrès rapides et significatifs accomplis au cours des trois premières années du programme Avidd (Antiviral Discovery and Development) du NIH, dédié à la préparation aux pandémies.
« Ce travail illustre parfaitement la mission d’Avidd : faire progresser des stratégies innovantes qui élargissent l’arsenal antiviral », a déclaré Chanda. « En démontrant qu’il est possible de cibler systématiquement l’ARN avec des molécules de type médicament, l’équipe a ouvert la voie à de nouveaux traitements contre de nombreux virus, et pas seulement le SARS-CoV-2. »
Source :
Référence de l’article :
Kovachka, S., et al. (2025). Covalent probes reveal small-molecule binding pockets in structured RNA and enable bioactive compound design. Journal of the American Chemical Society. doi.org/10.1021/jacs.5c11898
