Identification de modifications différentielles d’ARN à partir du séquençage direct d’ARN nanopore avec xPore

  • 1.

    Zheng, G. et al. ALKBH5 est une ARN déméthylase de mammifère qui a un impact sur le métabolisme de l’ARN et la fertilité de la souris. Mol. Cellule 49, 18-29 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 2.

    Wang, Y. et al. N6-la modification de la méthyladénosine déstabilise les régulateurs du développement dans les cellules souches embryonnaires. Nat. Cell Biol. 16, 191-198 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 3.

    Zhao, X. et al. Déméthylation dépendante de FTO de N6-méthyladénosine régule l’épissage de l’ARNm et est nécessaire à l’adipogenèse. Rés. 24, 1403-1419 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 4.

    Geula, S. et al. Cellules souches. m6Une méthylation d’ARNm facilite la résolution de la pluripotence naïve vers la différenciation. La science 347, 1002–1006 (2015).

    Article CAS Google Scholar

  • 5.

    Chen, T. et al. m6Une méthylation d’ARN est régulée par des microARN et favorise la reprogrammation vers la pluripotence. Cellule souche 16, 289-301 (2015).

    Article PubMed Google Scholar

  • 6.

    Xu, K. et al. Mettl3-médié m6A régule la différenciation des spermatogonies et l’initiation de la méiose. Rés. 27, 1100-1114 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 7.

    Mathiyalagan, P. et al. Dépendant du FTO N6-méthyladénosine régule la fonction cardiaque pendant le remodelage et la réparation. Circulation 139, 518-532 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 8.

    Li, Z. et al. FTO joue un rôle oncogène dans la leucémie myéloïde aiguë en tant que N6-méthyladénosine ARN déméthylase. Cellule cancéreuse 31, 127-141 (2017).

    Article Google Scholar

  • 9.

    Su, R. et al. Le R-2HG présente une activité anti-tumorale en ciblant la signalisation FTO/mA/MYC/CEBPA. Cellule 172, 90-105 (2018).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • dix.

    Deng, X. et al. ARN N6-la modification de la méthyladénosine dans les cancers : état des lieux et perspectives. Rés. 28, 507-517 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 11.

    Wang, X. et al. N6-régulation dépendante de la méthyladénosine de la stabilité de l’ARN messager. Nature 505, 117-120 (2014).

    PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 12.

    Meyer, KD et al. 5 ′ UTR m6A favorise la traduction indépendante du majuscule. Cellule 163, 999-1010 (2015).

    Lire aussi  Mary, reine d'Écosse, a scellé sa dernière missive avec un cadenas en spirale complexe

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 13.

    Alarcón, CR, Lee, H., Goodarzi, H., Halberg, N. & Tavazoie, SF N6-méthyladénosine marque les microARN primaires pour le traitement. Nature 519, 482–485 (2015).

    PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 14.

    Alarcon, CR et al. HNRNPA2B1 est un médiateur de m6Événements de traitement de l’ARN nucléaire dépendant de A. Cellule 162, 1299-1308 (2015).

    PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 15.

    Koh, CWQ, Goh, YT & Goh, WSS Atlas de résolution quantitative à base unique N6-méthyl-adénine méthylomes. Nat. Commun. dix, 5636 (2019).

  • 16.

    Zaccara, S. & Jaffrey, SR Un modèle unifié pour la fonction des protéines YTHDF dans la régulation m6ARNm A-modifié. Cellule 181, 1582-1595 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 17.

    Goh, YT, Koh, CWQ, Sim, DY, Roca, X. & Goh, WSS METTL4 catalyse m6Am méthylation dans U2 snRNA pour réguler l’épissage pré-ARNm. Acides nucléiques Res. 48, 9250-9261 (2020).

  • 18.

    Yankova, E. et al. Inhibition par petites molécules de METTL3 comme stratégie contre la leucémie myéloïde. Nature 593, 597-601 (2021).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • 19.

    Zaccara, S., Ries, RJ & Jaffrey, SR Lecture, écriture et effacement de la méthylation de l’ARNm. Nat. Rév. Mol. Cell Biol. 20, 608-624 (2019).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • 20.

    Linder, B. et al. Cartographie à résolution d’un seul nucléotide de m6A et m6Am dans tout le transcriptome. Nat. Méthodes 12, 767-772 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 21.

    Meyer, KD DART-seq : une méthode sans anticorps pour la détection globale de m6A. Nat. Méthodes 16, 1275-1280 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 22.

    Garalde, DR et al. Séquençage direct d’ARN hautement parallèle sur un réseau de nanopores. Nat. Méthodes 15, 201-206 (2018).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • 23.

    Stoiber, M. et al. Identification de novo des modifications de l’ADN permises par le traitement du signal des nanopores guidé par le génome. Préimpression à bioRxiv https://doi.org/10.1101/094672 (2017).

  • 24.

    Léger, A. et al. Détection de modifications d’ARN par séquençage comparatif d’ARN direct Nanopore. Préimpression à bioRxiv https://doi.org/10.1101/843136 (2019).

    Lire aussi  Les scientifiques partagent l'analyse des premiers échantillons frais de la lune depuis plus de 40 ans - -
  • 25.

    Parker, MT et al. Le séquençage direct de l’ARN Nanopore cartographie la complexité de Arabidopsis traitement de l’ARNm et m6Une modification. eLife 9, e49658 (2020).

  • 26.

    Liu, H. et al. Détection précise de m6A Modifications d’ARN dans des séquences d’ARN natives. Nat. Commun. dix, 4079 (2019).

    PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 27.

    Li, H. Minimap2 : alignement par paires pour les séquences nucléotidiques. Bioinformatique 34, 3094-3100 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 28.

    Loman, NJ, Quick, J. & Simpson, JT Un génome bactérien complet assemblé de novo en utilisant uniquement des données de séquençage nanopore. Nat. Méthodes 12, 733-735 (2015).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • 29.

    Simpson, JT et al. Détection de la méthylation de la cytosine de l’ADN à l’aide du séquençage des nanopores. Nat. Méthodes 14, 407-410 (2017).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • 30.

    Corduneanu, A. & Bishop, CM Sélection de modèles bayésiens variationnels pour les distributions de mélanges. dans Actes de la huitième conférence internationale sur l’intelligence artificielle et les statistiques 27-34 (Morgan Kaufmann, 2001).

  • 31.

    Lorenz, DA, Sathe, S., Einstein, JM & Yeo, GW Le séquençage direct de l’ARN permet m6Une détection dans les isoformes de transcrits endogènes à une résolution spécifique à la base. ARN 26, 19-28 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 32.

    Liu, N. et al. Sondage N6Statut de modification de l’ARN -méthyladénosine à la résolution d’un seul nucléotide dans l’ARNm et l’ARN long non codant. ARN 19, 1848-1856 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 33.

    Chen, Y. et al. Une référence systématique du séquençage d’ARN à longue lecture Nanopore pour l’analyse du niveau de transcription dans les lignées cellulaires humaines. Préimpression à bioRxiv https://doi.org/10.1101/2021.04.21.440736 (2021).

  • 34.

    McIntyre, ABR et al. Limites dans la détection de m6A change à l’aide de MeRIP/m6A-séq. Sci. représentant dix, 6590 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 35.

    Dominissini, D. et al. Topologie de l’homme et de la souris m6Un ARN méthylomes révélé par m6A-séq. Nature 485, 201-206 (2012).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

    Lire aussi  Comment les experts utilisent la modélisation et les satellites pour prévoir et lutter contre les incendies de forêt

  • 36.

    Meyer, KD et al. Une analyse complète de la méthylation de l’ARNm révèle un enrichissement en 3’UTR et des codons quasi-stop. Cellule 149, 1635-1646 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 37.

    Ke, S. et al. Une majorité de m6Les résidus A sont dans les derniers exons, ce qui permet une régulation potentielle de l’UTR 3′. Gènes Dev. 29, 2037-2053 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 38.

    Garcia-Campos, MA et al. Déchiffrer le ‘m6Un code’ via un profilage quantitatif indépendant des anticorps. Cellule 178, 731-747 (2019).

    Article de CAS PubMed Google Scholar

  • 39.

    Shu, X. et al. Une méthode de marquage métabolique détecte m6Un transcriptome à une résolution de base unique. Nat. Chem. Biol. 16, 887-895 (2020).

  • 40.

    Ueda, H. nanoDoc : détection de modification d’ARN à l’aide de lectures brutes Nanopore avec Deep One-Class Classification. Préimpression à bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.09.13.295089 (2020).

  • 41.

    Ding, H., Bailey, AD, Jain, M., Olsen, H. & Paten, B. Détection non supervisée du nombre de modifications de nucléotides basée sur un modèle de mélange gaussien à l’aide de lectures de séquençage de nanopores. Bioinformatique 36, 4928-4934 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 42.

    Prix, AM et al. Le séquençage direct de l’ARN révèle m6Des modifications sur l’ARN d’adénovirus sont nécessaires pour un épissage efficace. Nat. Commun. 11, 6016 (2020).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 43.

    Kim, D. et al. L’architecture du transcriptome du SARS-CoV-2. Cellule 181, 914-921 (2020).

  • 44.

    Workman, RE et al. Séquençage d’ARN natif nanopore d’un transcriptome poly(A) humain. Nat. Méthodes 16, 1297-1305 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 45.

    Koboldt, DC et al. VarScan 2 : découverte d’une mutation somatique et d’une altération du nombre de copies dans le cancer par séquençage de l’exome. Génome Res. 22, 568-576 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar

  • 46.

    Grozhik, AV, Linder, B., Olarerin-George, AO & Jaffrey, SR Cartographie m6A à une résolution de nucléotide individuel en utilisant la réticulation et l’immunoprécipitation (miCLIP). Méthodes Mol. Biol. 1562, 55-78 (2017).

  • Leave a Reply

    Your email address will not be published. Required fields are marked *

    This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.

    Recent News

    Editor's Pick