Pour suivre les changements du virus qui cause Covid-19, les scientifiques utilisent une technologie appelée séquençage génomique. Le processus commence par un test Covid-19.
Certains échantillons testés positifs pour le coronavirus dans un laboratoire sont retirés et envoyés pour séquençage, un examen du matériel génétique du virus qui peut prendre aussi peu qu’une journée ou plus d’une semaine. Le génome du SRAS-CoV-2 compte environ 30 000 éléments constitutifs individuels à décoder, contre environ trois milliards dans le génome humain.
Parfois, les chercheurs disposent d’un équipement pour séquencer les échantillons en main ou à proximité. Mais souvent, les échantillons doivent être expédiés ailleurs, ce qui peut prendre des jours. “Juste la simple logistique d’expédier ces échantillons de l’endroit où ils sont testés à l’endroit où ils vont être séquencés, cela peut être énorme”, a déclaré Pavitra Roychoudhury, instructrice par intérim au département de médecine de laboratoire et de pathologie de l’Université de Washington. .
Parce que le séquençage est relativement coûteux et prend du temps, les laboratoires attendent parfois de commencer jusqu’à ce qu’ils aient suffisamment d’échantillons pour remplir une machine, a déclaré Peter Iwen, directeur du Nebraska Public Health Laboratory. Certains séquenceurs peuvent exécuter quelques dizaines d’échantillons à la fois, tandis que d’autres sont capables de traiter des centaines d’échantillons à la fois. Les machines peuvent fonctionner pendant des heures ou des jours, après quoi les résultats sont analysés et partagés avec les scientifiques et les autorités sanitaires.
Voici comment le processus fonctionne à l’intérieur du laboratoire :
Personne infectée
Une personne atteinte de Covid-19 subit un test et l’échantillon positif est envoyé pour séquençage.
Goûter
L’ARN du virus est extrait de l’échantillon du patient.
Segments ciblés
De petits morceaux du génome du SRAS-CoV-2 sont ciblés et amplifiés en millions de copies.
Machine de séquençage
Le séquenceur décode le matériau en un code de lettres qui représente les unités chimiques.
Assembler des pièces
Les morceaux sont réassemblés pour former le génome du virus.
Identification des variantes
La variante peut être identifiée et suivie.
Écrire à Brianna Abbott à [email protected] et Alberto Cervantes à [email protected]
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