Le premier cas humain d’infection par le virus Shamonda a été identifié en France en octobre 2026 chez un patient fortement immunodéprimé pris en charge à Lyon pour une atteinte neurologique grave, entraînant son décès au début du même mois, selon les autorités sanitaires.
Un virus d’origine animale détecté dans les élevages français
Jusqu’alors exclusivement documenté chez l’animal depuis son identification au Nigeria dans les années 1960, le virus Shamonda appartient au genre des orthobunyavirus et au sérogroupe Simbu, comme l’explique Yannick Simonin, virologue. Le pathogène cible principalement les ruminants, notamment les bovins, les ovins et les caprins, provoquant de la fièvre, des diarrhées, une baisse de production laitière, ainsi que des avortements ou des malformations congénitales chez les nouveau-nés, d’après les données rapportées par Mutualistes.
Depuis l’été 2026, une nouvelle lignée baptisée Shamonda-Europe s’est propagée sur le continent. Selon les données communiquées par Santé sur le Net, Santé publique France recense, au 20 octobre 2026, la présence du virus chez des bovins répartis dans 52 départements français, chez des ovins dans l’Aveyron et l’Oise, ainsi que chez un cheval dans l’Hérault. Dans l’Est de la France, des cas de vaches présentent des diarrhées aiguës, résumant l’inquiétude professionnelle face aux insectes piqueurs dans les champs, ainsi que le rapporte Doctissimo.
La prise en charge hospitalière du patient lyonnais
Le patient décédé était hospitalisé aux Hospices civils de Lyon pour une pathologie très grave provoquant une immunodépression importante. Lors de son hospitalisation pour une pathologie grave, le patient a présenté une dégradation de son état clinique avec des symptômes neurologiques, comme l’a précisé Grégory Emery, directeur général de la Santé, lors d’un point presse. C’est au détour de ces symptômes que le séquençage génomique a permis d’identifier le virus Shamonda.
Les autorités sanitaires soulignent le caractère exceptionnel de ce cas survenu chez une personne dont les défenses immunitaires étaient fortement affaiblies. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies précise que les investigations se poursuivent pour déterminer le rôle causal ou contributif exact du virus dans le décès, selon les informations publiées par Lesinfos.
Les modes de transmission par les moucherons Culicoides
La transmission du virus s’effectue par l’intermédiaire de la piqûre de moucherons piqueurs du genre Culicoides. En se basant sur les éléments fournis par l’Institut national de la santé et de la recherche médicale et relayés par Le Parisien, les autorités vétérinaires indiquent qu’il n’existe pas de preuve de transmission directe notable entre animaux, mis à part le passage du virus de la mère au fœtus durant la gestation.
Concernant le cas humain, l’hypothèse privilégiée par les autorités sanitaires est celle d’une contamination par la piqûre d’un moucheron infecté. Aucun signal de transmission interhumaine n’a été observé à ce jour par les services sanitaires.
L’évaluation des risques pour la population générale
Face à cette détection inédite, les messages des autorités se veulent mesurés. Le ministère de la Santé a indiqué par la voix de Grégory Emery qu’aucun élément ne suggère, à ce jour, une transmission interhumaine ni aucun risque sanitaire pour la population générale. Santé publique France confirme qu’aucun risque pour la population générale n’a été identifié à ce stade.
Au regard des connaissances disponibles, aucun risque sanitaire pour la population générale n’est identifié à ce jour
Ministère de la Santé
Les recommandations de prévention s’adressent en priorité aux personnes immunodéprimées et aux professionnels en contact rapproché avec les animaux, tels que les éleveurs et les vétérinaires, en privilégiant la protection contre les piqûres d’insectes à l’aide de vêtements couvrants et de répulsifs adaptés.