Publié le 24 septembre 2025 10h30. Une nouvelle étude génétique révèle comment la bactérie Mycobactérie avium, responsable de nombreuses infections pulmonaires chroniques, évolue et s’adapte au sein de l’organisme, expliquant la récurrence de ces infections malgré les traitements.
- Les infections pulmonaires chroniques à Mycobactérie avium évoluent génétiquement au fil des années.
- Les chercheurs ont identifié 13 gènes clés impliqués dans l’adaptation de la bactérie aux antibiotiques et au système immunitaire.
- Des souches bactériennes similaires ont été retrouvées en Irlande, au Royaume-Uni et en Allemagne, suggérant des sources de contamination environnementales communes.
Les infections pulmonaires chroniques causées par la bactérie Mycobactérie avium, particulièrement difficiles à éradiquer, présentent un défi majeur pour les médecins. Une équipe de chercheurs irlandais, britanniques et allemands a mené une étude approfondie pour comprendre les mécanismes qui permettent à cette bactérie de persister et de réapparaître chez les patients, même après des traitements antibiotiques prolongés.
L’étude, publiée ce mois-ci dans la revue Médecine du génome, s’est appuyée sur l’analyse génomique complète de près de 300 échantillons bactériens prélevés sur des patients en Irlande, au Royaume-Uni et en Allemagne, dont 20 suivis à l’hôpital St James de Dublin. Les chercheurs du Trinity Translational Medicine Institute (TTMI) et du laboratoire irlandais de référence mycobactérienne ont ainsi pu observer en détail comment M. avium se transforme au fil du temps dans les poumons des patients.
Leur analyse a révélé que les infections ne sont pas toujours dues à une seule souche bactérienne persistante, mais plutôt à des réinfections successives par de nouvelles souches. Certaines de ces souches se sont avérées génétiquement très proches de celles identifiées dans d’autres pays européens, ce qui suggère l’existence de sources de contamination environnementales communes.
L’étude a également mis en évidence que la bactérie accumule en moyenne une modification génétique par an. Plus important encore, les chercheurs ont identifié 13 gènes spécifiques qui présentent des signes d’adaptation à l’action des antibiotiques, à l’attaque du système immunitaire et au faible taux d’oxygène présent dans les poumons.
« Nos recherches montrent que Mycobactérie avium évolue en temps réel à l’intérieur des poumons. Comprendre les gènes qui l’aident à survivre pourrait ouvrir la voie à de nouveaux traitements pour cette infection de plus en plus courante et difficile. »
Dr Aaron Walsh, chercheur au Trinity Translational Medicine Institute
Cette étude est la première à suivre l’évolution des infections à M. avium sur une longue période grâce au séquençage génomique complet, démontrant ainsi la capacité de la bactérie à s’adapter aux conditions rencontrées dans l’organisme humain. Les chercheurs ont notamment identifié des gènes impliqués dans la gestion du stress oxydatif et dans la formation de biofilms – des couches protectrices de cellules qui rendent les antibiotiques moins efficaces.
« Ces résultats mettent en évidence d’importantes voies biologiques qui pourraient être ciblées par de nouveaux traitements. Il était surprenant de voir à quel point les souches d’Irlande, du Royaume-Uni et d’Allemagne étaient génétiquement proches, même si les patients n’étaient pas apparentés. »
Dr Emma Roycroft, microbiologiste médicale au laboratoire irlandais de référence mycobactérienne
Les chercheurs prévoient désormais de tester le rôle des 13 gènes identifiés en laboratoire et d’utiliser des technologies de séquençage de nouvelle génération, capables de lire de longs fragments d’ADN, afin de détecter des changements génétiques plus subtils. Ils souhaitent également étudier les sources de réinfection dans l’environnement et étendre leur recherche à d’autres groupes de patients.
Cette étude fournit un aperçu détaillé de la complexité et de la résilience des infections pulmonaires chroniques à Mycobactérie avium, soulignant la nécessité de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques pour lutter contre ces infections de plus en plus difficiles à traiter avec les antibiotiques standards.
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