Publié le 29 septembre 2025 09:55:00. Une analyse génétique approfondie des souches du virus de la maladie de Newcastle (VMN) circulant en Russie révèle une évolution constante du virus, avec une prédominance récente de souches similaires à celles observées en Europe de l’Est et au Moyen-Orient.
- Entre 2003 et 2023, les analyses phylogénétiques ont identifié deux principaux sous-génotypes du VMN en Russie : VII.1.1 et VII.2.
- Depuis 2019, le sous-génotype VII-L est devenu dominant, présentant une forte similarité avec des isolats détectés en Pologne et en Iran.
- L’étude met en évidence une possible voie d’évolution du virus, avec une origine en Chine et une propagation via le Moyen-Orient et l’Europe de l’Est.
Des recherches menées par le FGBI « Arriah » ont permis d’établir un profil génétique précis des souches du virus de la maladie de Newcastle (VMN) qui affectent la volaille en Fédération de Russie. L’analyse, portant sur le fragment du gène F des isolats identifiés depuis 2003, a révélé une dynamique complexe de circulation virale et une adaptation continue du virus.
L’étude a porté sur un total de 54 séquences nucléotidiques du gène F, toutes appartenant au génotype VII. Ces séquences ont été comparées à des données de GenBank et à un ensemble de données de référence, « NDV_CLASS_II_PILOT_128_MAY_09_2022 » [GenBank]. L’analyse a permis de distinguer deux principaux sous-génotypes : le sous-génotype VII.1.1, qui représente un groupe génétiquement diversifié impliqué dans la quatrième panzootie de maladie de Newcastle, et le sous-génotype VII.2 (VII-i, VII-h). Entre 2003 et 2004, les souches détectées appartenaient principalement aux sous-génotypes VII-B, VII-D et VII-E. Au fil des années, la prédominance a évolué : VII-D entre 2005 et 2006, VII-H en 2013, VII-I en 2016-2017, et enfin, exclusivement VII-L à partir de 2019.
Les chercheurs notent que le nombre relativement faible d’isolats VII-H et VII-I détectés en 2013 et 2016-2017 pourrait être lié à une diminution des efforts de surveillance épidémiologique durant ces périodes. En revanche, la surveillance accrue à partir de 2019 a permis d’identifier un nombre important d’isolats étroitement liés, principalement dans les élevages avicoles de petite taille à travers différentes régions de la Russie.
Une analyse plus poussée, incluant le séquençage complet des gènes F et HN pour les isolats collectés entre 2019 et 2023, a révélé une proximité génétique frappante avec des souches détectées en Pologne en 2023-2024 (99,58–99,16% d’identité nucléotidique dans le gène F). Des similitudes significatives ont également été observées avec des isolats iraniens (jusqu’à 97,95% d’identité) et irakiens (96,33–97,05%).
Les arbres phylogénétiques construits à partir des séquences des gènes F et HN présentent une forte congruence, suggérant l’absence d’événements de recombinaison. L’analyse suggère que le sous-génotype VII-L dériverait d’un groupe ancestral de sous-génotypes VII-D, apparu en Chine au début des années 2000 et propagé via le Moyen-Orient et l’Europe de l’Est, potentiellement par l’intermédiaire de l’Irak. Les isolats russes, ainsi que ceux polonais et iraniens, semblent former des groupes distincts ayant divergé peu après l’émergence du sous-génotype VII-L.
L’étude a également identifié des substitutions nucléotidiques spécifiques dans les gènes F et HN, communes à tous les isolats russes, permettant de les distinguer génétiquement. Ces substitutions, majoritairement synonymes, incluent néanmoins des mutations non synonymes qui pourraient influencer les caractéristiques du virus.
À lire aussi
